部分財團法人長期以來無法達到收支兩平，藉由以前年度盈餘來彌補虧損，造成淨值日益減少，恐影響其永續發展
一般而言，政府捐助成立之公設財團法人為能永續發展達成其設置目的，年度收支預算應本量入為出原則，若發生短絀情形，除仰賴政府挹注更多之財源外，若以以前年度保留盈餘或公積來彌補，恐將侵蝕基金額度，不利於財務健全。謹就近5年來(97年度至101年度)政府捐助設立之公設財團法人營運虧損超過3年以上者(詳附表3.5.1)，分述如下：
1.部分財團法人營運虧損狀態已達5年，且無法藉由基金之孳息彌補虧損者：由附表3.7.1資料顯示，政府捐助成立之公設財團法人在97年度至101年度5年間基金營運均處於短絀，且無法由基金孳息彌補短絀之財團法人計有戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會(5年來累計短絀12.98億元)、臺灣省文化基金會、臺灣民主基金會(累計短絀1.10億元)、汽車交通事故特別補償基金會(累計短絀3.50億元)等4家財團法人。
2.部分財團法人盈虧互抵後，仍呈現短絀情形，恐增加政府財政負擔或侵蝕基金額度，不利長期財務結構健全發展者:查部分財團法人在97年度至101年度5年間，營運狀況部分年度或有賸餘、部分年度或有短絀，惟盈虧互抵後仍呈現短絀情形之財團法人計有29家財團法人，其中累計短絀達2億元以上者，國家文化藝術基金會(累計短絀3.51億元)、公共電視文化事業基金會(累計短絀2.96億元)、中華航空事業發展基金會(累計短絀213.98億元)、台灣敦睦聯誼會(累計短絀5.34億元)、保險安定基金(累計短絀148.42億元)、中小企業信用保證基金(累計短絀97.42億元)、海外信用保證基金(累計短絀2.57億元)、國家衛生研究院(累計短絀4.55億元)。由前揭各財團法人盈虧互抵後情形觀之，累計短絀少者數十萬元，多者上百億元以上皆有之，因政府捐助公設財團法人其年度預算絕大多數仍仰賴政府編列挹注其財源，惟長期未能使其營收處於收支兩平，未來恐增加政府財政負擔或侵蝕基金額度，不利財務結構之健全發展。
附表3.5.1：財團法人97年度至102年度營運虧損之一覽表
單位：新台幣千元
主管機關或財團法名稱
會計科目
97年度
98年度
99年度
100年度
101年度
102年度
國防部
國防工業發展基金會
營業餘絀
(21,454)
(33,587)
(24,523)
(5,958)
(21,262)
(30,285)
稅前餘絀
136,595
35,860
11,235
173,665
52,991
48,232
戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會
營業餘絀
稅前餘絀
(301,731)
(161,420)
(158,734)
(533,413)
(142,633)
(231,589)
內政部
賑災基金會
營業餘絀
稅前餘絀
4,936,758
(40,029)
(222,943)
42,764
(27,008)
(14,326)
臺灣營建研究院
營業餘絀
(5,149)
2,158
(645)
(1,612)
(1,870)
(2,857)
稅前餘絀
175
5,581
5,891
1,750
2,146
0
文化部
國家文化藝術基金會
營業餘絀
(251,060)
53,802
(42,794)
(188,652)
44,795
(8,625)
稅前餘絀
(245,279)
60,264
(33,984)
(183,440)
51,373
(2,800)
中法文化教育基金會
營業餘絀
稅前餘絀
44
(241)
(621)
(479)
(374)
0
臺灣省文化基金會
營業餘絀
稅前餘絀
(1,277)
(2,245)
(1,196)
(1,122)
(1,092)
(1,818)
中央通訊社
營業餘絀
(11,863)
2,154
9,791
(1,955)
(10,755)
(10,674)稅前餘絀
64
13,063
15,258
8,016
1,404
0
公共電視文化事業基金會
營業餘絀
(344,211)
651,355
(190,477)
(162,014)
(233,967)
316,400)
稅前餘絀
(577,385)
512,064
539,924
(391,053)
(379,618)
(316,400)
中華民國電影事業發展基金會
營業餘絀
(51,588)
(51,055)
(59,713)
(80,926)
(59,115)
(55,720)
稅前餘絀
(4,119)
4,853
5,488
2,853
5,403
(29,570)
國家電影資料館
營業餘絀
(1,410)
(885)
(4,367)
(2,217)
(1,792)
(4,141)
稅前餘絀
66
(893)
(3,913)
(2,391)
(1,952)
(4,329)
外交部
國際合作發展基金
營業餘絀
(147,407)
(233,157)
(148,671)
(172,691)
(189,018)
(280,923)
稅前餘絀
65,637
306,217
148,163
103,407
(77,531)
(165,561)
臺灣民主基金會
營業餘絀
稅前餘絀
(2,625)
(2,307)
(2,625)
(1,537)
(1,923)
650
交通部
中華航空事業發展基金會
營業餘絀
稅前餘絀
(22,483,280)
(2,292,125)
4,000,753
(533,314)
(89,969)
907,182
台灣敦睦聯誼會
營業餘絀
(158,976)
(246,578)
(140,875)
(61,524)
(20,566)
(5,779)
稅前餘絀
(124,026)
(190,519)
(174,084)
(51,156)
6,210
24,829
法務部
福建更生保護會
營業餘絀
(3,252)
(3,744)
828
◎(7,425)
(2,763)
(4,979)
稅前餘絀
154
(892)
3,146
◎(4,135)
(109)
(2,315)
臺灣更生保護會
營業餘絀
(29,753)
(28,031)
(29,373)
(45,385)
(39,909)
(45,122)
稅前餘絀
41,541
38,250
63,423
28,606
(6,944)
0
金融監督管理委員會
台灣金融研訓所
營業餘絀
44,632
(13,160)
26,402
1,651
(34,792)
(40,134)
稅前餘絀
45,223
21,642
66,073
46,756
8,605
1,000
汽車交通事故特別補償基金
營業餘絀
(96,819)
(61,058)
(103,259)
(27,178)
(61,962)
(130,621)
稅前餘絀
(96,702)
(61,024)
(103,121)
(27,178)
(61,668)
(130,611)
保險安定基金
營業餘絀
-
(5,456,886)
2,232,297
2,350,702
(13,969,984)
(13,620,908)稅前餘絀
-
(5,456,772)
2,232,669
2,351,044
(13,969,383)
(13,620,403)
保險事業發展中心
營業餘絀
21,762
(6,712)
(13,767)
(9,556)
(4,824)
(9,866)
稅前餘絀
22,140
(6,424)
(6,037)
(3,659)
2,185
0
國軍退除役官兵輔導委員會
榮民榮眷基金會
營業餘絀
稅前餘絀
(35,248)
(3,884)
(39,096)
(258,264)
205,597
(26,467)
國家科學委員會
國家實驗研究院
營業餘絀
316,658
174,834
(443,257)
△55,459
(453,389)
△18,297
(287,760)
△71,830
(265,043)
△37,817
稅前餘絀
376,550
191,691
(429,871)
△68,845
(438,564)
△33,122
(276,070)
△83,520
(250,650)
△52,210
國家同步輻射研究中心
營業餘絀
614
140
(24,800)
△2,233
(28,869)
△2,409
(68,203)
△(29,770)
(45,900)
△2,100
稅前餘絀
14,094
5,727
(18,618)
△8,415
(20,361)
△10,917
(60,606)
△(22,173)
(39,900)
8,100
教育部
大學入學考試中心基金會
營業餘絀
稅前餘絀
1,920
(5,291)
(1,696)
(25,602)
28,538
(2,631)
中華幼兒教育發展基金會
營業餘絀
稅前餘絀
160
(200)
(216)
(300)
322
(301)
私立學校興學基金會
營業餘絀
(1,259)
(1,301)
(1,291)
(1,237)
(776)
(1,266)
稅前餘絀
14
(891)
510
145
668
185
國家通訊傳播委員會
台灣網站分級推廣基金會
營業餘絀
(2,251)
(3,158)
248
2,375
(223)
131
稅前餘絀
(2,108)
(3,083)
348
2,337
(237)
176
電信技術中心
營業餘絀
(37,653)
(17,283)
19,253
(14,989)
(4,217)
(3,286)
稅前餘絀
(20,188)
(12,776)
21,106
(8,684)
3,375
571
經濟部
紡織產業綜合研究所
營業餘絀
17,894
17,372
(4,169)
(10,307)
(5,038)
1,850
稅前餘絀
42,852
39,458
22,053
10,727
13,799
21,200
中興工程顧問社
營業餘絀
(197,016)
(181,363)
(166,031)
(151,290)
(163,560)
(160,905)
稅前餘絀
4,820
15,172
40,753
12,980
10,426
9,025
中華經濟研究院
營業餘絀
(5,412)
(13,002)
(3,351)
(21,939)
(7,423)
(18,498)
稅前餘絀
31,025
4,323
17,818
2,528
22,957
6,952
中小企業信用保證基金
營業餘絀
(3,118,711)
(5,380,922)
(1,025,370)
895,668
(1,112,252)
(3,670,556)
稅前餘絀
商業發展研究院
營業餘絀
(8,758)
(585)
(333)
(955)
4,112
1,959
稅前餘絀
(7,964)
4,807
1,009
856
6,132
3,289
生物技術開發中心
營業餘絀
(36,993)
(18,378)
3,167
(57,882)
(6,595)
16,753
稅前餘絀
(24,159)
(11,422)
(8,137)
(48,908)
135
24,606
農業委員會
台灣香蕉研究所
營業餘絀
(987)
14,816
(6,380)
(11,049)
(4,402)
0
稅前餘絀
(987)
18,874
(6,290)
(11,031)
(4,390)
0
中華民國對外漁業合作發展協會
營業餘絀
(8,695)
(9,063)
(20,630)
(4,892)
(7,678)
(9,352)
稅前餘絀
3,407
(3,963)
(18,404)
(2,121)
(4,763)
(6,619)
台灣區遠洋鮪魚類產銷發展基金會
營業餘絀
稅前餘絀
(148)
(125)
(131)
67
169
0
台灣區鰻魚發展基金會
營業餘絀
稅前餘絀
516
(237)
705
(98)
(1,314)
(1,877)
台灣動物科技研究所
營業餘絀
(7,768)
(14,468)
2,278
(2,012)
923
64
稅前餘絀
(9,431)
2,116
733
(2,587)
616
0
中央畜產會
營業餘絀
(82,029)
(11,997)
(11,106)
(806)
18,471
(16,050)
稅前餘絀
(58,962)
3,448
5,611
22,088
37,549
0
豐年社
營業餘絀
103
(10,581)
(1,846)
(996)
(4,844)
(1,440)
稅前餘絀
103
(2,631)
324
413
(3,409)
0
台灣區蠶業發展基金會
營業餘絀
(2,616)
(2,187)
(3,013)
(2,579)
(2,744)
(2,500)
稅前餘絀
(1,814)
(3,149)
1,404
(4,124)
(1,858)
(1,420)
中正農業科技社會公益基金會
營業餘絀
(19,841)
(20,365)
(27,711)
(18,452)
(19,247)
(23,056)
稅前餘絀
4,437
7,150
7,815
(1,175)
(26,068)
(14,970)
桃園農田水利研究發展基金會
營業餘絀
稅前餘絀
(2,254)
1,095
1,436
(947)
(742)
(955)
臺中環境綠化基金會
營業餘絀
稅前餘絀
2,634
2,241
(2,319)
(4,393)
(3,214)
(4,073)
僑務委員會
海華文教基金會
營業餘絀
稅前餘絀
703
(2,007)
(1,354)
1,656
(148)
0
海外信用保證基金
營業餘絀
(92,216)
(101,589)
(46,940)
(30,366)
(3,870)
(25,064)
稅前餘絀
(91,192)
(100,499)
(45,067)
(24,632)
4,699
(23,864)
蒙藏委員會
蒙藏基金會
營業餘絀
稅前餘絀
337
(151)
(470)
(705)
(80)
365
衛生署
國家衛生研究院
營業餘絀
29,245
(118,776)
(195,087)
(117,706)
(197,075)
(85,713)
稅前餘絀
30,180
(55,046)
(163,914)
(92,290)
(174,030)
(82,316)
器官捐贈移植登錄中心
營業餘絀
(88)
(83)
(18)
(13)
(64)
(83)
稅前餘絀
254
52
75
136
255
37
鄒濟勳醫學研究發展基金會
營業餘絀
(1,197)
(736)
(548)
(1,193)
(1,892)
(1,768)
稅前餘絀
1,868
1,029
855
516
(60)
0
病理發展基金會
營業餘絀
(18,726)
(14,206)
8,120
(13,837)
(999)
(1,813)
稅前餘絀
7,485
4,512
393
4,230
942
1,017
司法院
法律扶助基金會
營業餘絀
(45,653)
(39,647)
(32,347)
(65,770)
(49,235)
(58,491)
稅前餘絀
1,724
11,759
16,841
(14,192)
5,426
0
※註：1.資料來源，各主管機關提供，預算中心整理。
2.97年度至101年度為決算數，102年度為預算案數。
3.◎符號表示含股票短期投資評價調整未實現損失393萬8千元。
4.△符號表示未計入累計折舊影響數前數據，依行政院99年3月2日院授主孝一字地第090001090號函釋規定，自99年度起將屬於永續經營或擴充基本營運能量之財產轉列基金，因計入該等財產所產生之累計折舊影響數致由盈轉虧。
財團法人之財產總額與法院登記財產總額未列入行政監督報告查察重點，且法院登記財產總額定義有待商榷
財團法人係以財產集合為中心之擬制權利義務主體，故財產之監督管理應是政府監督財團法人之重點，針對政府捐助之財團法人財產登記董監事任期及退場注意事項第2點所稱「財產總額」之範圍及監督權責，依法務部於102年01月18日法律字第10100253632號函釋，所稱「財產總額」係指應向法院登記財產之總額，其範圍如下：一、捐助財產。二、經財團法人董事會決議列入基金之財產。三、依法令規定應列入基金之財產。另具體個案財產總額之增減，係屬目的事業主管機關對財團法人之業務監督及財產檢查等權責範圍，宜由目的事業主管機關本於權責依法核處。以下謹就部分公設財團法人相關財產總額之管理及查核問題，分述如下:
1.部分財團法人之財產總額與其法院登記財產總額不一:詢據部分公設財團法人其財產總額與各該財團法人向法院登記之財產總額有不一致之現象，如國家實驗研究院101年底其財產總額高達106億5,882萬9千元，而法院登記財產總額自成立至今均維持創立基金金額5億元、保險安定基金法院登記財產總額及期末基金餘額均為176億6,306萬元，惟因產生鉅額虧損148億4,244萬2千元，實際財產總額僅剩28億2,061萬千元、國家電影資料館向法院登記之財產總額為原始財產購價1億2,016萬3千元，因提列折舊後財產總額僅剩7,516萬8千元，惟該館期末基金餘額為9,208萬元、台灣省中小學教職員福利文教基金會100年底其財產總額及期末基金餘額均為3,000萬元，但該基金於101年5月18日向法院登記財產總額為1億0,151萬8千元。前揭各財團法人之財產總額與其向法院登記之財產總額不一致之原因，係因兩者分別為法律用語與會計名詞，未具無關聯性或一致性，造成財團法人之財產總額與法院登記財產總額認知不一。
2.各主管機關之行政監督報告僅查核財團法人財產變更登記事宜，並未詳實揭露實際財產總額與法院登記財產總額不符情形:依政府捐助之財團法人財產登記董監事任期及退場注意事項有關第2章財產登記之第3點規定:「主管機關對於財團法人財產實際總額與法院登記財產總額是否相符，應積極加強查察。」惟依101年度各部會所提出之行政監督報告，僅對財團法人法院登記財產總額變更登記之檢討，表示符合主管機關設立許可及監督要點及前揭注意事項第2點第2項之規定辦理，並未揭露實際財產總額與法院登記財產總額不符之情事，其查核顯有流於形式之嫌。
部分財團法人欠缺對其資金之監督管理使用規範，且多數主管機關亦未於行政監督報告提及資金運用現況之查核，顯未盡善督促之責
公設財團法人之經費來源除仰賴政府編列補助及委辦費外，基金孳息及投資收入亦為其來源之一，截至101年底止各財團法人資金運用配置大都採存放銀行之活期、定期存款、外幣存款為主，僅少部分財團法人有購置國內或海外基金、股票、公債、黃金、債券等，如國家文化藝術基金會等27家財團法人(詳附表3.5.2)，各主管機關對於所轄公設財團法人有關資金之投資規範，有於設置條例內規定，有於管理辦法中訂定、亦有於審查財團法人設立許可及監督要點內規範，亦有完全未規範者，分述如下：
1.部分主管機關完全未於行政規則中規範財團法人資金監督管理使用:如內政部、外交部、法務部、原能會、退輔會、國科會、通傳會、蒙藏會等8個部會。
2.部分主管機關之設立許可及監督要點等規定，對財團法人之資金使用限制過於寬鬆：如國防部、教育部、陸委會、農委會及僑委會等5個部會投資額度計算標準不得逾法院登記財產總額二分之一，衛生署及環保署2部會亦有類似規定，惟前揭7個部會並未訂定投資標的篩選條件，僅要求本於安全考量原則或建立投資評估管理及停損相關機制條文，顯較文化部將投資總額不得逾法院登記財產總額二分之一額度降至上一會計年度資產負債表之淨值二分之一額度，並訂定篩選投資標的之條件，另金管會之財團法人在其捐助章程或保管運用要點亦有嚴格規範，顯示各主管機關對於資金投資規範並未有一致性。
3.101年度各部會行政監督報告僅文化部提出資金使用評估報告，其餘部會均未提出資金運用現況之查核，顯未善盡主管機關之責:承前所述，多數部會對於各財團法人資金投資運用均有所規範，惟依101年度各部會提出之行政監督報告中，僅文化部對於國家文化藝術基金會之投資事項提出查核意見，並為保障資金之安全性，於修訂該部審查文化事務財團法人設立許可及監督要點時為更嚴謹之規範。其他部會於財務管理執行成果年度目標之「是否定期實地查核各財團法人財務運作狀況及投資情形等之達成情形」，僅以是、否為表達，並未說明其實際資金運用之成效及是否符合相關規定。另亦有部分財團法人資金運用範圍不符主管機關行政規則或其捐助章程，如交通部之中華顧問工程司、台灣郵政協會、中華航空發展基金會、台灣敦睦聯誼會等4家財團法人投資股票、國內基金或黃金，顯逾越主管機關對其資金存放金融機構或其捐助章程之投資相關聯事業限制，而行政監督報告未表達，多數部會對於所轄公設財團法人亦未提出資金運用查核，顯未善盡主管機關之責。
附表3.5.2：101年底之財團法人資金配置情形(不含銀行存款)
主管機關
財團法人名稱
公債
外幣存款
股票
國內基金
海外基金
其他
國防部
戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會
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內政部
臺灣營建研究院
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文化部
國家文化藝術基金會
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v
中央通訊社
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公共電視文化事業基金會
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短期票券
外交部
國際合作發展基金
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公司債金融債
太平洋經濟合作理事會中華民國委員會
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交通部
中華顧問工程司
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v
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台灣網路資訊中心
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台灣電信協會
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台灣郵政協會
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黃金
中華航空事業發展基金會
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台灣敦睦聯誼會
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法務部
福建更生保護會
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金管會
台灣金融研訓院
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v
v
黃金存摺
汽車交通事故特別補償基金
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v
債券
住宅地震保險基金
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債券
證券投資人及期貨交易人保護中心
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v
金融債券
退輔會
榮民榮眷基金會
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國科會
國家實驗研究院
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國家同步輻射研究中心
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陸委會
海峽交流基金會
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v
通傳會
電信技術中心
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經濟部
臺灣手工業推廣中心
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紡織產業綜合研究所
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金屬工業研究發展中心
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中興工程顧問社
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債券附買回交易
台灣區雜糧發展基金會
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金融商品
工業技術研究院
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船舶暨海洋產業研發中心
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台灣機電工程服務社
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中華經濟研究院
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中衛發展中心
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中小企業信用保證基金
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生物技術開發中心
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農委會
台灣香蕉研究所
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中華民國對外漁業合作發展協會
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台灣區蠶業發展基金會
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農村發展基金會
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中正農業科技社會公益基金會
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銀行次順位金融債券
臺中環境綠化基金會
台中商銀債券
農業信用保證基金
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v
桃園農田水利研究發展基金
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維謙基金會
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僑委會
海外信用保證基金會
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衛生署
國家衛生研究院
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v
醫院評鑑暨醫療品質策進會
v
病理發展基金會
v環保署
環境資源研究發展基金會
v
※註：1.資料來源，各主管機關提供，本研究整理。