我國研發體系之上、中、下游分別為基礎研究、應用研究、技術發展及商品化，因而研發型財團法人位居樞紐，上承政府政策指導及經費補助、下肩負引導創新科技、帶動產業升級之責，角色十分重要，故其研發績效之優劣，影響整個國家產業發展趨勢。謹就97年度至101年度5年間研發型財團法人研發經費之使用效益、專利取得數量、運用等情形，分析如下：
部分研發型財團法人運用研發經費未能獲取專利或具衍生相對收入
政府提供研發經費補助財團法人，使其投入風險性之創新研究，再藉由研發技術或取得專利後移轉廠商，以提升產業技術能力，達到產業創新與國際競爭力提升之目標，故研發成果廣泛應用於產業界，方能達到預期研發投資成效。惟部分研發型財團法人其研發成果，對產業所產生之助益效果有限，顯未能達到政府捐助其設置之目標(詳附表3.6.1)，如：
1.部分研發型財團法人近5年來完全無技轉收入或接受委託之工業服務收入，顯未產生對產業之助益效果：經本中心函查各研發型財團法人於97年度至101年度5年間，所投入之研發經費與其相關技術及專利移轉情形，由附表3.6.1可知，中華工程顧問司近5年來投入研發經費逐年遞增，至101年度已高達9,000餘萬元，惟相關技術及專利移轉、研發技術移轉收入與委託案及工業服務收入均掛零;另台灣電子檢驗中心每年雖僅投入1 、2千萬元之研發經費(99年度取得之2項專利僅供自用)，惟亦未見對產業界有任何之技術移轉或接受業界之委託案及相關服務收入，該等財團法人顯已失去原政府冀望藉由其研發能量來提升國內產業競爭力之目的。
2.部分研發型財團法人雖有技術及專利移轉收入，惟每投入1元之研發經費所產生之技術移轉比率在0.16以下，顯示研發技術效益偏低：研發技術移轉收入比愈大(技術及專利移轉收入/研發經費)，表示研發成效愈佳，政府捐助成立之16家研發型公設財團法人，每年約投入高達180餘億元以上之研發經費，惟詢據相關之研發技術移轉收入比率觀之(詳附表3.6.1)，每投入1元之研發經費所產生之效益，除紡織研究所5年間約在0.13元至0.16元之間、工業技術研究院約在0.08元至0.13元之間，金屬工業研究發展中心約在0.08元至0.12元之間外，其餘13家研發型財團法人之研發技術移轉收入比率均於0.10元以下(除船舶暨海洋產業研發中心100年度為0.1056元、生物技術開發中心99年度0.1612元外)，但其中華顧問工程司、國家同步輻射研究中心、電信技術中心(101年度申請2項專利，尚未核准)及台灣電子檢驗中心等4家財團法人，近5年來完全無技術移轉收入，另國家實驗研究院及國家衛生研究院各年度研發技術移轉收入比更低於0.005，顯示政府捐助成立之研發型公設財團法人技術移轉情形有待加強。
附表3.6.1：97年度至101年度研發型財團法人之研發經費及專利應用情形 單位：新台幣千元；件
財團法人名稱
年度
研發經費
(1)
技術及專利移轉
研發技術移轉收入比(2)/(1)
委託案及工業服務收入
件數
收入(2)
中華顧問工程司
97
27,310
0
0
0
0
98
34,555
0
0
0
0
99
50,097
0
0
0
0
100
63,159
0
0
0
0
101
91,567
0
0
0
0
國家實驗研究院◎
97
2,017,956
14
4,641
0.0023
245,890
98
2,056,308
18
4,120
0.0020
297,833
99
2,140,260
18
3,789
0.0018
310,761
100
2,492,951
29
6,278
0.0025
325,153
101
2,397,580
25
8,714
0.0036
384,985
國家同步輻射研究中心△
97
1,847,521
0
0
0
3,458
98
1,967,384
0
0
011,181
99
2,150,650
0
0
0
19,515
100
2,309,658
0
0
0
10,466
101
2,610,163
0
0
0
10,396
電信技術中心
97
18,649
0
0
0
6,396
98
44,879
0
0
0
13,211
99
47,252
0
0
0
56,309
100
31,433
0
0
0
69,497
101
34,508
0
0
0
66,593
紡織產業綜合研究所
97
552,125
92
73,903
0.1339
46,719
98
531,460
98
80,034
0.1506
25,478
99
511,677
70
67,545
0.1320
29,283
100
510,832
96
70,444
0.1379
44,528
101
497,009
79
69,776
0.1404
31,266
金屬工業研究發展中心
97
621,436
119
59,060
0.0950
199,583
98
891,669
152
74,520
0.0836
180,990
99
836,773
157
77,650
0.0928
186,307
100
903,001
132
102,810
0.1138
194,419
101
867,223
177
90,413
0.1043
201,542
中興工程顧問社
97
80,272
0
0
0
0
98
78,570
0
0
0
0
99
52,903
0
0
0
0
100
61,865
3
3,166
0.0512
0
101
78,748
4
1,122
0.0142
0
工業技術研究院
97
8,571,493
361
989,052
0.1154
1,140,925
98
8,447,983
414
748,609
0.0886
972,528
99
8,680,040
430
1,010,119
0.1164
1,402,959
100
8,033,871
396
988,564
0.1230
1,499,709
101
8,109,109
391
753,101
0.0929
1,445,922
船舶暨海洋產業研發中心
97
82,166
16
8,132
0.0990
55,648
98
85,915
15
7,647
0.0890
61,761
99
93,942
14
8,222
0.0875
35,646
100
75,393
13
7,964
0.1056
45,796
101
112,098
14
10,890
0.0975
45,191
台灣電子檢驗中心
97
16,4390
0
0
0
98
22,800
0
0
0
0
99
12,900
2
0
0
0
100
9,080
0
0
0
0
101
12,737
0
0
0
0
自行車暨健康科技工業研究發展中心
97
98,912
23
6,438
0.0651
3,110
98
84,949
22
5,988
0.0705
2,802
99
77,760
30
6,069
0.0780
1,705
100
99,308
24
3,992
0.0402
2,315
101
149,490
20
6,060
0.0405
2,270
石材暨資源產業研究發展中心
97
70,930
7
4,100
0.0578
3,343
98
95,365
11
4,100
0.0430
4,555
99
109,423
13
4,300
0.0393
19,566
100
96,723
6
3,260
0.0337
33,115
101
147,051
8
4,730
0.0322
7,516
生物技術開發中心
97
572,093
4
11,876
0.0207
80,465
98
651,750
9
10,030
0.0154
84,443
99
639,348
12
103,099
0.1612
128,461
100
687,601
3
15,104
0.0220
74,272
101
593,813
6
28,134
0.0474
64,663
台灣香蕉研究所
97
79,108
2
628
0.0079
0
98
95,246
2
1,036
0.0109
0
99
87,331
3
207
0.0024
0
100
80,025
3
662
0.0083
0
101
71,379
4
445
0.0062
0
台灣動物科技研究所
97
293,153
11
4,317
0.0147
27,860
98
331,018
6
3,677
0.0111
30,117
99
308,924
8
6,515
0.0211
31,767
100
269,859
9
3,501
0.0130
35,546
101
243,324
10
2,192
0.0090
49,853
國家衛生研究院
97
2,916,523
2
6,586
0.0022
13,329
98
3,078,948
2
1,048
0.0003
24,491
99
3,077,972
2
7,724
0.0025
18,787
100
2,851,170
6
13,914
0.0049
28,164
101
3,006,189
2
7,694
0.0025
21,206
※註：1.資料來源，各主管機關提供，預算中心整理。
2.◎表示研發經費決算數以各年度業務支出之40％(97年、98年)、38.3％(38.3％)、44.9％(100年)、39.2％(101年)計之。
3.△表示研發經費決算數計算，年度決算審定數－創立基金－經建預算。
部分財團法人取得專利後授權廠商應用率偏低
取得專利之目的，係為鼓勵、保護、利用發明、新型及設計之創作，來促進產業之發展。換言之，若能將取得之專利應用於產業製程或商品化程度越高，將有助於國內產業之發展，並能提升其競爭力。茲將各研發型公設財團法人近5年(97年度至101年度)在發明、新式樣及新型等3種專利應用情形，分述如下(詳附表3.6.2):
1.部分研發型財團法人專利布局偏重國內，或取得國外專利卻未能移轉產業或協助用於商品化，顯示研發能力有待提升:政府捐助成立之16家研發型公設財團法人，以近5年間(97年度至101年度)其專利取得情形觀之，中興工程顧問社、台灣電子檢驗中心及台灣香蕉研究所等3家財團法人在專利布局上並未有獲取國外專利，顯示其研發能力有待加強;另國家實驗研究院等5家財團法人雖在過去5年間有取得國外專利，惟卻無應用於產業或使其商品化，顯示政府投入鉅額研發經費用於補助該等財團法人，惟研發成果似無法與產業結合，顯無助於我國產業競爭力之提升。
2.部分財團法人雖在取專利上具有成效，惟應用比率仍屬偏低，顯示研發成果未能與產業相結合:由附表3.6.2資料顯示，在過去5年間部分研發型財團法人無論在國內或國外專利布局上雖有斬獲，惟用於移轉產業之件數卻廖廖無幾，如國家實驗研究院獲得國內、外之專利達170餘件，惟應用件數僅10件，應用比率約在5.68％、國家衛生研究院亦有類似情形，在過去5年間其獲得國內、外專利件計有112件，惟應用件數僅15件，應用比率13.39％;另工業技術研究院在國外取得之專利雖高達3,567件，但應用比率卻僅38.74％，紡織產業綜合研究所及台灣動物研究所於取得國外專利件數分別有49件及17件，但應用比率也低於50％以下，分別為48.98％及35.29％，此顯示我國研發型財團法人之研發成果或能取得國外專利，惟其協助產業升級或專利商品化之成效有限，顯示研發成果未能與產業相結合，致空有取得專利權，卻無法有效協助國內產業升級及提升國際競爭力，並達到商品化之目的。
附表3.6.2：研發型財團法人最近5年(97年度至101年度)國內外專利應用情形 單位：件；％
財團法人名稱
國內
國外
合計
獲得件數
應用件數
應用比率
獲得件數
應用件數
應用比率
獲得件數
應用件數
應用比率
國家實驗研究院
107
10
9.34
69
0
0.00
176
10
5.68
國家同步輻射研究中心
7
0
0.00
9
0
0.00
16
0
0.00
紡織產業綜合研究所
105
183
174.28
49
24
48.98
154
207
134.41
金屬工業研究發展中心
133
304
228.57
45
0
0.00
178
304
170.79
中興工程顧問社
5
10
200.00
0
0
0.00
5
10
200.00
工業技術研究院
1,747
1,197
68.52
3,567
1,382
38.74
5,314
2,579
48.53
船舶暨海洋產業研發中心
30
36
120.00
5
0
0.00
35
36
102.86
台灣電子檢驗中心
2
2
100.00
0
0
0.00
2
2
100.00
自行車暨健康科技工業研究發展中心
35
44
125.71
19
21
110.53
54
65
120.37
石材暨資源產業研究發展中心
38
27
71.05
7
0
0.00
45
27
60.00
生物技術開發中心
20
5
25.00
30
26
86.67
50
31
62.00
台灣香蕉研究所
2
1
50.00
0
0
0.00
2
1
50.00
台灣動物科技研究所
15
11
73.33
17
6
35.29
32
17
53.13
國家衛生研究院
43
7
16.28
69
8
11.59
112
15
13.39
※註：1.資料來源，各主管機關提供，預算中心整理。
2.應用比率逾100％，係專利授權採分散授權方式，故授權予多家廠商所致。
政府每年投入鉅資補捐助財團法人進行研發，惟終止繳納智慧財產相關維護費之專利未曾運用比率偏高，另有效專利件數應用比率亦屬偏低，顯示研發型財團法人之研發成果未能契合產業需求
依經濟部科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法第22條規定:「研發成果公告後達3年以上，經執行單位認定不具有運用價值者，執行單位得發布讓與之公告;3個月內無人請求受讓時，經本部核准後，得終止繳納與智慧財產權相關之維護費用。」詢據各研發型財團法人在97年度至101年度5年間，依經濟部科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法申請終止繳納智慧財產相關維護費用之專利情形(詳附表3.6.3)，分述如下:
1.近5年間申請終止繳納智慧財產相關維護費之專利，超過6成以上之專利均未曾運用，顯示研發方向未能契合產業需求:經查各研發型財團法人在97年度至101年度向主管機關申請終止繳納智慧財產相關維護費之專利件數應用情形，部分財團法人取得之專利甚至未曾被運用過，如國家實驗研究院於97年度至99年度分別終止繳納件數36件、10件及3件全數均未曾運用，台灣動物科技研究所97年度、98年度、100年度及101年度分別申請終止繳納4件、2件、4件及3件也均未曾被運用，國家衛生研究院99年度終止繳納2件也未曾被運用;其餘如工業技術研究院99年度及100年度申請終止繳納件數高達92％以上之專利未被運用、自行車暨健康科技工業研究發展中心申請終止繳納專利約有67％至77％未曾被運用、生物技術開發中心約在81％至90％之間，顯示政府每年投入鉅額研發經費補助各該研發型公設財團法人進行研發，惟不僅多數財團法人於取得專利成果有限，即或取得各項專利卻又無法有效協助產業應用，顯示各研發型財團法人之研發方向似未能契合產業之需求。
2.各研發型財團法人持有之有效專利件數應用比率亦屬偏低:由附表3.6.3資料顯示，截至101年底止各該研發型財團法人有效專利運用占截至當年底有效專利件數之比率超過6成以上者，計有4家如自行車暨健康科技工業研究發展中心截至101年底有效專利件數231件，被運用之件數221件，有效專利被運用比率高達95.67％;另亦有有效專利件數被運用比率低於1％以下者，如國家實驗研究院截至101年底有效專利件數293件，但僅2件曾被運用;工業技術研究院雖有高達上萬件之有效專利件數，惟被運用之專利件數也僅1,800餘件，被運用比率約在17.85％，另國家同步輻射研究中心雖持有23件有效專利，惟卻全數乏人問津。其餘如台灣電子檢驗中心及中華顧問工程司有效專利分別為4件及2件，其中被運用者分別為2件及1件，故前揭2家財團法人其有效專利運用比率50％;金屬工業研究中心及中興工程顧問社之有效專利被運用比率均在44％之間，其餘如紡織產業綜合研究所、生物技術開發中心及國家衛生研究院其有效專利應用比率分別為17.24％至、41.08％及24.28％。
附表3.6.3：研發型公設財團法人97-101年度各年底之終止、有效及運用之專利情形 單位：件；%
財團法人名稱
年度
申請終止繳納智慧財產相關維護費件數(1)
第1欄未曾運用專利件數(2)
未曾運用專利件數占終止繳納專利件數之比率(3=2/1)
截至當年度有效專利件數(4)
截至當年度運用專利件數(5)
截至當年度運用專利件數占有效件數比率(6=5/4)
中華顧問工程司
97
0
0
0.00
2
1
50.00
98
0
0
0.00
2
1
50.00
99
0
0
0.00
2
150.00
100
0
0
0.00
2
1
50.00
101
0
0
0.00
2
1
50.00
國家實驗研究院
97
36
36
100.00
175
4
2.28
98
10
10
100.00
188
1
0.53
99
3
3
100.00
218
1
0.46
100
0
0
0.00
256
2
0.78
101
0
0
0.00
293
2
0.68
國家同步輻射研究中心
97
0
0
0.00
7
0
0.00
98
0
0
0.00
11
0
0.00
99
0
0
0.00
12
0
0.00
100
0
0
0.00
15
0
0.00
101
0
0
0.00
23
0
0.00
紡織產業綜合研究所
97
0
0
0.00
112
35
31.25
98
0
0
0.00
132
38
28.78
99
0
0
0.00
167
41
24.55
100
0
0
0.00
207
48
23.19
101
0
0
0.00
261
45
17.24
金屬工業研究發展中心
97
0
0
0.00
171
85
49.71
98
11
8
72.73
209
93
44.50
99
0
0
0.00
230
105
45.65
100
0
0
0.00
269
119
44.24
101
0
0
0.00
320
141
44.06
中興工程顧問社
97
0
0
0.00
5
1
20.00
98
0
0
0.00
5
1
20.00
99
1
0
0.00
4
1
25.00
100
0
0
0.00
8
3
37.50
101
0
0
0.00
9
4
44.44
工業技術研究院
97
0
0
0.00
6,950
1,348
19.40
98
0
0
0.00
7,826
1,441
18.41
99
228
210
92.10
8,476
1,562
18.43
100
514
494
96.11
8,879
1,664
18.74
101
0
0
0.00
10,093
1,802
17.85
台灣電子檢驗中心
97
0
0
0.00
5
2
40.00
98
0
0
0.00
5
2
40.00
99
0
0
0.00
7
2
28.57
100
0
0
0.006
2
33.33
101
0
0
0.00
4
2
50.00
自行車暨健康科技工業研究發展中心
97
20
15
75.00
214
199
92.99
98
52
40
76.92
190
150
78.95
99
0
0
0.00
212
205
96.70
100
0
0
0.00
232
223
96.12
101
15
10
66.67
231
221
95.67
石材暨資源產業研究發展中心
97
1
0
0.00
30
14
46.67
98
0
0
0.00
35
20
57.14
99
0
0
0.00
37
25
67.57
100
0
0
0.00
46
28
60.87
101
0
0
0.00
48
34
70.83
生物技術開發中心
97
0
0
0.00
415
94
22.65
98
30
26
86.67
410
99
24.15
99
36
29
80.55
389
108
27.76
100
10
9
90.00
380
115
30.26
101
0
0
0.00
387
159
41.08
台灣香蕉研究所
97
0
0
0.00
2
2
100.00
98
0
0
0.00
2
2
100.00
99
0
0
0.00
3
3
100.00
100
0
0
0.00
3
3
100.00
101
0
0
0.00
4
3
75.00
台灣動物科技研究所
97
4
4
100.00
33
10
30.30
98
2
2
100.00
37
13
35.14
99
7
5
71.43
40
23
57.50
100
4
4
100.00
43
26
60.46
101
3
3
100.00
43
27
62.79
國家衛生研究院
97
0
0
0.00
45
13
28.89
98
0
0
0.00
65
19
29.23
99
2
2
100.00
83
27
32.53
100
0
0
0.00
107
32
29.91
101
0
0
0.00
140
34
24.28
※註：1.資料來源，各主管機關提供，預算中心整理。
101年度行政監督報告僅國科會對研發成果提出查核
行政院國家科學委員會科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法第4條第1項第4款規定，執行研究發展之單位應建置利益迴避、權益保障、風險控管及處理機制，設立專責單位受理申報作業、管理揭露資訊、處理迴避事項，並落實人員、文件及資訊等保密措施。另經濟部於經濟部科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法於第5章中訂有研發成果及人員管理制度專章，以對執行單位進行制度評鑑，執行單位未通過制度評鑑者，該部得限制其執行科技計畫。詢據16家研發型公設財團法人分屬國科會、經濟部、交通部、農委會及衛生署所轄，惟僅國科會101年度查核後，於行政監督報告績效評估指出國家實驗研究院及國家同步輻射研究中心目前尚未建置相關利益迴避、權益保障、風險控管、處理機制及作業程序;另兩者成果收入繳交時程及金額控管機制及規定也尚未建置，該管主管機關允應督促其儘速建置補正並將研發專利列為績效評估。其餘如經濟部僅於行政監督報告績效評估將財團法人其專利取得、應用、授權數量金額列為整體運作成效並未實質考評，衛生署僅於行政監督報告單列績效評估年度目標：專利獲證件數、產學合作案數及技術移轉案數41件，而整體運作成效未區分表達也未作實質考評，而交通部及農業委員會之行政監督報告對相關專利之管理及運用說明付之闕如。