依行政院訂定之政府捐助之財團法人財產登記董監事任期及退場注意事項第9點規定:「主管機關審酌數財團法人之設立目的、財務狀況、服務區域、服務項目及未來服務發展情形等事項，認為宜合併者，得輔導其分別依法定程序修訂捐助章程，合併為一財團法人。」另本院102年度中央政府總預算案審查報告通案決議第19項：「…。爰此，要求各該主管機關於6個月內針對所捐助財團法人之設置目的、工作計畫、經費運用、財務狀況、營運績效等，以及任務已達成、設立目的已不復存在或已無營運實益等財團法人，應向立法院提出評估報告及退場計畫。」故政府捐助之公設財團法人若其設置任務已達成、或因時空環境變遷致設立目的已不復存在、或已無營運實益、或性質或業務相近者應有退場或整併機制，以使國家有限資源為最佳配置，惟迄今僅見公設財團法人不斷設置，卻未見有退場或整併者，分述如下:

法律訂存續期限已屆滿仍藉由再延長存立期限，致未予退場者:如國防部依戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例設立之財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判補償基金會，原87年5月28日通過之補償條例第2條規定施行日起2年內辦理申請給付補償金，後分別於89年12月15日、91年12月13日及95年12月15日三度修法將存立期間由原來2年一再修為存立期間8年，得再延長4年，該基金會若依95年12月15日修訂之補償條例第2條規定應於99年12月16日屆滿，惟國防部又申請再延長存立期間15年，至103年3月日屆滿，故該基金會至今仍未能如期退場。

財務狀況惡化仰賴借貸維持營運，且已不具政策性及公益性者:如內政府所轄財團法人亞洲土地改革與農村發展中心其財務狀況嚴重惡化(原捐助財產總額為70萬元，102年度預算案財務淨值為負1,400餘萬元)，仰賴借貸維持其營運，且內政部亦評定其與一般民間顧問公司功能相同，已不具政策性及公益性，故內政部於102年6月27日內授中辦地字第1026651287號函解散該中心。

研發型財團法人績效不彰，因應產業發展及競爭力之提升，考量政府資源有限，主管機關應令退場或整併，以利資源之統籌運用:政府捐助成立之研發型公設財團法人，原係冀望利用其研發能量，帶動國內產業發展及提升其國際競爭力，故政府每年均於科專預算中編數百億元之補助或委辦經費用以維持其營運，惟承前所述，部分研發型財團法人未能發揮其應有研發能量，協助國內產業發展或提升其國際競爭力，主管機關不應僅令其轉型，應有考核退場機制，避免政府有限資源之浪費，如經濟部所轄石材暨資源產業研究發展中心及船舶暨海洋產業研發中心等財團法人，主管機關應儘速建立退場機制之考核，以利政府資源為最佳之配置。

業務或功能性質相近之財團法人，主管機關考量行政資源之有效利用，應檢討其整併之可行性:如內政部主管之財團法人臺灣營建研究院、國土規劃及不動產資訊中心、台灣建築中心及中央營建技術顧問研究社等財團法人，似可就其所辦理業務與營建相關部分予以檢討整併;又如文化部主管之財團法人臺灣省文化教育基金會與國家文化藝術基金會、農委會主管之財團法人七星農業發展基金會及七星環境綠化基金會等其業務性質及功能相近，為減少人力及行政資源之浪費，主管機關似宜檢討其整併之可行性。

基金規模或業務大幅萎縮者，亦應有退場或整併機制，避免行政資源之重覆浪費:如文化部主管之財團法人臺灣美術基金會及臺灣博物館文教基金會，因營運規模及業務量極少，主要係以基金孳息為收入主要來源，已未能達成基金會之設立目的，主管機關應有退場或整併機制。另如教育部所轄之財團法人中華幼兒教育發展基金會、社教文化基金會、臺灣省童軍文教基金會、台灣省中小學校教職員福利文教基金會、教育部接受捐助獎學金基金會、農委會所轄台灣區鰻魚發展基金會、台灣地區遠洋魷魚類產銷發展基金會、台灣區遠洋鮪魚類產銷發展基金會、維謙基金會、臺中環境綠化基金會、台灣區蠶業發展基金會、七星環境綠化基金會、水利研究發展中心等財團法人其基金規模或業務已大幅萎縮，主管機關應依民法第65條：「因情事變更，致財團之目的不能達到時，主管機關得斟酌捐助人之意思，變更其目的及其必要之組織，或解散之。」，避免行政資源之重覆浪費。