審計部101年度中央政府總決算審核報告指出，各主管機關決算編製之「對各部門捐助財團法人之效益評估表」所列財團法人共有153家，基金總額2,366億餘元，而該年度列入行政監督之122家財團法人，其接受政府補助及委辦金額合計達384億餘元及捐助金額約17億餘元，顯示政府部門挹注相當多之資源，故該等財團法人營運之良莠除攸關設置目的達成與否外，亦反映政府投入資源之成效。各主管機關雖於101年度起實施公設財團法人行政監督，然其營運、管理、人事及研發等方面，尚有諸多未盡完善處，仍需賡續檢討精進，茲提出改進建議如下：