各機關自行提出計畫爭取科技預算
依政府科技發展計畫先期作業要點，科技發展計畫之經費分配取決於各機關提出計畫之審議結果，以102年度為例，行政院核定各機關提出計畫經費通過率平均為92.73％(附表4.3.1)。
附表4.3.1：102年度科技發展計畫經費核定通過率
主管機關
通過率
主管機關
通過率
主管機關
通過率
中研院
94.06
內政部
92.31
勞委會
92.67
科技會辦
100.00
教育部
92.92
研考會
92.41
文化部
(文建會)
79.70
法務部
92.41
人事總處
92.42
文化部
(新聞局)
78.20
經濟部
90.58
經建會
92.41
故宮博物院
87.28
交通部
90.58
體委會
92.42
衛生署
89.09
國科會
94.35
陸委會
92.41
環保署
91.01
科發基金
93.49
保訓會
92.43
工程會
92.41
原能會
89.78
總計
92.73
客委會
92.41
農委會
92.92
※註：1.資料來源，102年度中央政府科技發展計畫審查結果。
科技預算分配較欠缺國家整體政策之引導
1.韓國科技政策原則採由上而下之整體規劃，並落實於預算分配：韓國於2008年提出「577計畫」，對其科技發展提出具體之規劃方案，目標於2012年研發經費投入占GDP之5％，集中培育7大技術重點研發領域及實施7大系統改革，設定韓國2012年成為世界7大科技國之一，除議題挑選、策略規劃外，乃至於研發投入資源配置，政府預算、獎勵業者投入之政策作法，均系統化提出。復於2010年提出「科學技術未來願景2040」，規劃透過25項未來核心技術，5大政策基調，以躍居全球第5大科技強國為追求目標，顯示韓國政府於科技政策原則採由上而下之整體規劃，並落實於國家於科技發展之資源分配。
2.科技預算分配較欠缺國家整體政策之引導
中研院102年1月第9號高等教育與科技政策建議書就科技計畫之現況與問題提及，「然綜合以觀，政府對於臺灣科技優勢領域之發展規劃不足。在學術研究方面缺乏從國家整體由上而下進行規劃之策略思考與作為，導致科技研發缺乏可應用的創新；研究主題自主且發散，未能聚焦，且無法有效強化優勢領域及回應社會發展需求；新興的生醫產業發展又未掌握全球關鍵技術。…。」
承前所述，我國科技政策形成多元，且實際執行時，受限於計畫審議與預算編列之運作方式，多係各機關依職掌多方規劃計畫爭取預算，致預算分配較缺乏國家整體前瞻之願景規劃及政策引導。
我國由上而下之科技計畫，主要為國家型計畫，最近5年度經費占整體科技預算約12.1％至16.2％間，即使係採由上而下之規劃性研究，運作迄今仍有缺乏通盤性考量、多由各部會編列預算形成帶槍投靠現象、計畫整合不足等問題(附表4.3.2)。
附表4.3.2：最近5年度國家型計畫經費
單位：新臺幣千元
年度
國家型計畫
整體科技計畫
國家型計畫占比
98
11,014,407
91,029,684
12.1%
99
12,557,534
92,392,920
13.6%
100
14,706,242
90,702,682
16.2%
101
14,972,566
92,722,380
16.1%
102
13,100,361
91,070,662
14.4%
※註：1.資料來源，國科會提供，預算中心整理。
2.本表經費為法定預算數。
科研計畫與產業脫勾，科技預算缺乏對各領域、研發類型等合理配置之分配準則
1.科技預算分配以國科會及中研院成長較多，經濟部成長趨緩，且與國科會差距逐年擴增
科技研發之分工，目前是國科會、教育部負責上游研究，經濟部、衛生署、農委會、交通部等負責中游研發，再進行跨部會整合。以102年度政府科技預算之配置，國科會(48％)、經濟部(28％)及中研院(12％)科技預算合計即占88％，由大專校院、財團法人及中研院等機構負責計畫之執行。
國科會科技預算由91年度之220億元，逐年成長至102年度之435億元，12年間成長98％；經濟部科技預算91年度為210億元，之後呈現波動狀態，98年度達294億元之高峰後，即逐年降至102年度之256億元，12年間成長22％；中研院則由91年度47億元，至102年度達107億元，12年間成長128％(圖3.1.3及附表3.1.3)。近10餘年來國科會及中研院之研發經費逐年成長，經濟部研發經費呈現波動且成長趨緩，與國科會差距逐年擴增。
2.許多科研計畫與產業脫勾，預算資源未能有效發揮：依據調查結果顯示，國科會科技發展補助大學校院進行研究計畫之成果與效益，主要展現在研究者研究能力之提升及學術成就，其次是對於學門之持續發展，至於研發成果之後續衍生活動，絕大多數仍以論文發表為主，或支持後續之研發活動，其研發成果對促成企業投資、新創公司或專利之產生與運用之比率相對低很多；另依監察院調查意見，我國2010年SCI學術論文發表量已達全球第16名，但被引用次數卻未有如此佳績，而許多科研計畫與產業脫勾，對國內產業關鍵技術提升未有助益，造成科研成果與提高國民福祉無關，致珍貴預算資源未能發揮效益，以提升國計民生水準。
3.科技預算缺乏各領域、研發類型等資源配置之分配準則：各國因應科技創新環境之變化下，研發經費配置強調聚焦、強化優勢領域發展，現行我國科技預算之配置，卻實質決定於各機關科技計畫之提出，欠缺對各領域及研發類型等分配準則，值國家財政困難之際，科技預算成長受限，相關資源配置之合理性愈顯重要。
科技預算分配由學者主導，未廣納業界及國外專家參與
由於科技預算分配未有明確之分配準則，各機關研提之科技計畫能否獲得經費決定於國科會之審議結果。以101年度及102年度國科會遴聘審議委員之背景觀之，審議委員未有國外專家，且來自業界之專家僅占11％，其餘均為政府、學者及研究機構代表，尤以學者居多，占審議委員7成以上(附表4.3.3)，導致研發計畫偏重學術研究，未能切合產業需求。
附表4.3.3：101年度及102年度政府科技發展計畫審議委員統計
年度
官
研
產
學
總計
101
人數
24
30
41
272
367
比率
7%
8%
11%
74%
100%
102
人數
25
31
38
241
335
比率
8%
9%
11%
72%
100%
※註：1.資料來源，國科會提供。
綜上，我國科技政策形成多元，且受限於計畫審議與預算編列之運作方式，多係各機關依職掌多方規劃計畫爭取預算，致預算分配較缺乏國家整體前瞻性之願景規劃及政策引導，既無分配準則，審議委員又多為官學研代表，致研發計畫偏重學術研究，未能切合產業需求，投入資源未能發揮效益。