我國歷年來僅有科學技術白皮書訂有總體科技發展之投入與產出指標，惟所訂績效指標難以具體衡量政策推動成效，且未有專責機關追蹤執行成果。允應研訂國家科技發展之績效指標，責成最高科技決策機關追蹤成效，以彰顯整體資源投入產出之效益，並作為各部會推動科技計畫之目標。

至於計畫層面之指標，國科會雖訂有諸多績效指標之量化建議，惟實務上各計畫擇定之指標仍偏重初級產出量，各機關及國科會審議時允應確實要求績效指標之設定，依據技術發展階段(基礎研究、應用研究、技術發展等)之不同，應有不同之衡量指標，且著重產出帶來之效益及對經濟社會之影響層面，以利研發重點由科學知識之發掘，回歸至社會民生之應用需求。