科技計畫績效評估與預算分配之連結仍有待改進，允應調整預算分配機制，增加計畫以前年度執行成果之權重及新興計畫之分配比例，並充分落實退場機制，若計畫有延續必要，亦應提出新計畫，與其他計畫競爭，而非長期保障額度，以落實零基預算之精神。至於科技計畫之執行成果評估，國科會與各主管機關間之評核標準似有落差，允應取得共識，並確實辦理執行期間之績效評估。

此外，科技計畫績效評估重視當期之年度績效，僅部分重大計畫評估全程效益，計畫結束後，亦未追蹤科技計畫後續對社會與經濟產生之效益。允應儘速建構長期性之績效追蹤機制，如產業效益、社會效益及外溢效果等衝擊影響評估，俾完整呈現研發績效，並作為未來科技政策評估、科技計畫再規劃、計畫管控及資源分配之參據。