藥品支出目標制度是當藥品支出超出上限時，將進行藥價調整，惟若藥品支出不超出上限，不管健保給付價格是否合理均照樣給付，故單靠藥品支出目標無法解決藥價黑洞。衛生福利部若擬抑制藥費支出，除實施藥品支出目標制度並持續辦理藥價調查外，應採「實支實付」之透明核付機制，並將每年藥價節餘款自健保總額內扣除，以切實解決藥價黑洞問題，並防止藥價總額每年無謂增加。

另我國健保藥品支出約占醫療支出總額25％，明顯高於國際間其他國家，包括亞洲鄰近國家日本及韓國（詳圖2），爰建議衛生福利部及健保署在不影響醫師用藥品項或減縮重大疾病用藥之前提下，提出降低藥品費用占比之目標，亦即將藥品費用占醫療支出比率控制在低於25％之水準，俾徹底解決藥品費用過高問題。

又目前我國於二代健保修法時，對於藥商與醫療院所之藥品交易在超過一定金額以上，必須簽訂定型化契約，其契約內容必須符合衛生福利部及公平交易委員會所公告之應登載事項及不得登載事項，在藥品交易透明化方面仍嫌不足；建議參考日本做法，立法規範藥商與醫院間之贊助與相關利益活動應由藥商與醫院主動揭露，以確保藥品銷售能公平競爭，並抑止不合理之銷售行為。