依公益彩券回饋金運用及管理作業要點第4點規定，公益彩券之主辦機關包括勞委會、原民會、內政部、衛生署及財政部，各年度回饋金分配前開主辦機關情形如附表6。該預算自99年度起，由財政部將回饋金20億8,680萬元全數編列歲入預算，財政部獲配部分編入公務預算之歲出預算，採收支併列方式辦理；至內政部、勞委會、原民會及衛生署就獲配額度編列其歲出預算後，納入其主管之特種基金(詳附表7)循預算程序辦理。
附表6:97年度至103年度公益彩券回饋金分配情形表
單位:新台幣千元
業務主辦機關
96及97年度(註2)
98年度
99年度
100年度
101年度
102年度
103年度
內政部
衛生署
1,543,906
951,374
1,168,158
1,155,744
1,223,929
1,206,750
1,190,869
0
523,659
411,858
411,858
354,336
431,532
431,791
原民會
325,682
472,066
317,000
340,182
286,155
287,894
307,452
財政部
109,087
109,796
111,093
109,504
167,380
105,242
100,000
勞委會
78,353
29,905
78,691
69,512
55,000
55,382
56,688
總 計
2,057,028
2,086,800
2,086,800
2,086,800
2,086,800
2,086,800
2,086,800
※註:1.資料來源，國庫署網站。
2.回饋金運作自96年度起辦理97年度計畫審議；96年度僅就較急迫性計畫補助勞委會及原民會辦理計1,256萬3,187元(亦即96年度及97年度計畫經費係由97年度之回饋金支應)。
3.97年度未分配款項2,977萬2,035元依審計部修正財政部國庫署97年度決算，於98年7月7日解繳國庫。
4.97年度內政部獲配15億4,390萬6,240元，其中4億元係轉撥衛生署辦理「協助弱勢民眾繳納全民健康保險保險費」計畫，爰內政部97年度實際獲配11億4,390萬6,240元。
5.本表分配數為公益彩券回饋金運用及管理作業小組委員會審議決議數。
附表7:業務主辦機關編列公益彩券回饋金預算之特種基金明細表
業務主辦機關
特種基金名稱
內政部
衛生署
社會福利基金
原住民就業基金
原民會
全民健康保險紓困基金
勞委會
就業安定基金
※註:1.資料來源，各業務主辦機關。
公益彩券回饋金之運用與管理存有下列問題：