內政部為歷年度獲配公益彩券回饋金額度最高之主辦機關，獲配回饋金主要用於補助各機關團體進行社會福利之推展，惟依審計部100年度中央政府總決算審核報告指出，內政部97年度至100年度運用公益彩券回饋金辦理社會福利補助計畫之執行情形，核有：（1）未執行計畫案件，或計畫執行率未達80％之案件計693案，占總核定案件數之22.98％；（2）98年度至100年度尚未核銷之案件數共419案，占總核定案件數之13.89％，且未核銷金額達7億6千5百餘萬元等情事。顯示部分受補助單位未能依計畫進度執行，加以內政部未有效管控督促其辦理核銷結案，已影響公益彩券回饋金之運用成效。