實施之方式

法令：90年代我國在面臨成為WTO正式會員後所帶來的挑戰及因應全球貿易自由化之趨勢，行政院於91年5月宣示「挑戰2008─國家發展重點計畫」，該計畫所列第7項子計畫「營運總部計畫」之重要執行策略之一即為「規劃自由港區」；我國「自由貿易港區」採「境內關外」之特殊區域，港區內事業享有免徵關稅、貨物稅及營業稅等高度自由優惠措施，爰採另立特別法-自由貿易港區設置管理條例方式辦理，並於92年7月經本院三讀通過，同年月經總統公布實施。

選擇方式：採「申請制」，包含於國際航空站、國際港口管制區域內；或「毗鄰」地區劃設管制範圍；或與國際航空站、國際港口管制區域間，能運用科技設施進行周延之貨況追蹤系統者，另位於海空港管制區外者，其面積原則上應達30公頃以上。申請程序係由國際航空站、國際港口之管理機關（構），或國際航空站、國際港口管制區域內、外之公、私有土地管理機關、所有權人或使用人等，擬具開發可行性規劃報告及營運計畫書向主管機關-交通部提出申請，並由主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，核轉行政院核定。

管理架構：92年度制定公布自由貿易港區設置管理條例時，原規定行政院應設自由港區協調委員會，並由相關部會首長及相關業者代表組成，審議自由貿易港區發展政策、自由貿易港區劃設案件、跨自由貿易港區業務協調，及其他經行政院指定之重要事項等；為利政策推動、業務協調與實際管理機關合一，以提高行政效率，98年度修正刪除該協調委員會之設置，明定主管機關為交通部。另為統籌自由貿易港區之營運管理，自由貿易港區設置管理條例第5條及第9條規定主管機關並應選定各港區之管理機關報經行政院核定，辦理港區內之運作、安全維護，業務財務狀況之查核及港區內外事業之營運輔導等，目前海港部分之管理機關為交通部航港局、營運機關為國營事業臺灣港務股份有限公司，空港部分之管理機關為為交通部民用航空局、營運機關為民間企業遠雄航空自由貿易港區股份有限公司（以下簡稱遠雄公司）。

設置情形：截至102年6月底經行政院核定之自由貿易港區共計有五海港、一空港，分述如下：

海港部分：分別為基隆港（93年3月18日行政院核定籌設、93年9月營運）、高雄港（93年3月18日行政院核定籌設、94年1月營運）、臺中港（94年1月13日行政院核定籌設、94年10月營運）、臺北港（94年5月25日行政院核定籌設、94年9月營運）及蘇澳港（99年5月6日行政院核定籌設、99年9月營運），截至102年6月底總開發面積為1,215.49公頃，共計71家廠商進駐。

空港部分：桃園航空自由貿易港區係採由政府進行土地徵收、興建相關公共建設後，交由民間企業投資興建並為營運，營運期間屆滿後，移轉建設所有權予政府之BOT方式辦理；全案於92年5月由民航局與得標廠商遠雄公司簽定「桃園航空貨運園區興建營運契約」，遠雄公司取得地上權興建營運50年，第1期興建工程已完成，並於95年1月1日起正式營運；另配合桃園機場公司自99年11月1日成立，該營運契約並由桃園機場公司繼受；全區預計107年底開發完成，預計總投資金額約268億元，截至102年6月底總開發面積為34.79公頃、35家廠商進駐。

租稅之優惠

採「境內關外」之政策，輸入區內供營運之貨物及自用機器、設備免徵關稅、貨物稅、營業稅、煙酒稅、煙品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。

港區事業就營利所得仍應繳交營利事業所得稅，我國營利事業所得稅自99年度起已全面調低為17%；另為吸引外國事業利用港區事業加值服務之誘因，外國營利事業於港區從事貨物儲存或簡易加工，並將貨物售與國內、外客戶者，其所得免徵營利事業所得稅。但當年度售與國內客戶之貨物超過其當年度售與國內、外客戶銷售總額10%者，其超過部分不予免徵。

發展產業之類型

港區事業可從事包括貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修理、裝配、加工、製造、檢驗、測試、展覽或技術服務共19種多樣態業務；並可透過「前店後廠」方式委託港區外廠商為貨物之深層加工製造，俾以結合及發揮我國高附加價值產品製造方面的優勢，並帶動鄰近工業區及關聯產業之發展。

截至102年6月底經行政院核定之6大自由貿易港區，主要發展產業類型，摘述如下：

基隆港：發展公共倉儲及以亞洲為腹地之配銷中心。

台北港：發展海空聯運及國際型物流之配銷及加值服務中心。

蘇澳港：發展綠能產業之加值服務中心。

台中港：中部區域之加值服務中心，可發展能源、重工、石化原料進口港及油品配銷中心。

高雄港：知名航商群聚，有助發展物流加值轉運及配銷樞紐中心。

桃園空港：發展以空運為主、海運為輔之高科技業運籌中心，適合高附加價值零組件及電子關聯產業進駐。