鑑於我國各自由貿易港區腹地有限，及為充分發揮我國在高附加價值產品製造方面之優勢，我國自由貿易港區除如同其他國家採「境內關外」朝向自由開放市場之作法外，並得以委託區外廠商進行深層加工，以港口是前店，地方加工區是後廠之「前店後廠」運作方式，希望進一步擴大自由貿易港區之影響範圍，並進帶動後端地方關聯產業之發展。
目前港區事業向海關申請將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託加工之方式，依自由貿易港區貨物通關管理辦法第8條第1項規定主要分為三大類：
從事加工、製造之自由港區事業得因製程垂直、橫向整合，或彌補產能不足時之需求申請委託港區外廠商加工。
從事物流之自由港區事業，得申請委託區外保稅區或課稅區廠商作重整或簡單加工。但以貨物經重整或簡單加工後，仍能辨識其原狀者為限。
從事物流之自由港區事業，其委託加工對國家經濟有重大影響，經主管機關專案核准者，得委託區外廠商作實質轉型加工。
前二大類僅涉及貨務之淺層加工，由港區業者逕向港區所在海關提出申請，第三類列屬委外實質轉型加工，則由各港區管理機關召開會議進行專案審查。
依財政部關務署所提供各自由貿易港區辦理前店後廠之委外加工情形（詳附表4-3），近幾年申請並有實際辦理之港區事業數除101年度有16家外，其餘年度均僅約10家，區外受委託業者僅約60家，其中臺北港及桃園航空即占高達8成。
準此，依經濟部之統計資料，截至101年底加工出口區內已營運生產之廠商家數高達542家、列屬經濟部編定並開發之工業區內設廠總家數為1萬1,000家，惟自由貿易港區事業接受港區事業委外加工之業者僅約60家，政府於自由貿易港區所規劃之「前店後廠」功能並未發揮，對於促進港區所在之地方關聯產業的發展，顯未見具體成效。
附表4-3：自由貿易港區辦理「前店後廠」委外加工情形統計表
單位:家
年度
基隆港
臺北港
臺中港
高雄港
桃園航空
合計
港區事業
區外受託加工業者
港區事業
區外受託加工業者
港區事業
區外受託加工業者
港區事業
區外受託加工業者
港區事業
區外受託加工業者
港區事業
區外受託加工業者
93
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
94
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
95
-
-
1
14
-
-
-
-
1
1
2
15
96
1
1
1
15
1
2
2
2
3
9
8
29
97
0
0
1
36
1
2
1
3
4
8
7
49
98
2
2
1
36
1
2
1
3
6
17
11
60
99
2
2
1
36
1
2
2
4
5
13
11
57
100
4
4
1
36
1
2
2
4
4
7
12
53
101
4
4
1
36
2
3
3
5
6
13
16
61
102.06
1
1
1
35
2
3
3
5
3
3
10
47
※註：1.資料來源，財政部關務署；本中心彙製。所列廠商為經申請核准並於當年度有實際辦理委外加工業務之港區事業數。