有關自由貿易港區與我國其他各類產業園區租稅優惠之比較（詳附表4-7），除與其他產業園區一樣享有自國外輸入自用機器、設備及貨物免徵關稅、貨物稅與營業稅，以及適用產業創新條例等租稅優惠外，另自由貿易港區設置管理條例第29條並增加有下列租稅優惠措施：
外國營利事業委託自由貿易港區物流業者從事貨物儲存、簡易加工並出售者，其所得免徵營利事業所得稅；惟為避免國內製造、銷售同一種貨物之營利事業面臨不公平競爭之環境，及防止國內營利事業假借免稅天堂子公司明義來臺銷售貨物享受免稅，爰於但書規定售與國內客戶之貨物，超過售與國內、外客戶銷售總額10％之部分不予免稅。
為推動高雄港加入倫敦金屬交易中心（LME）之遞交港，外國營利事業銷售儲存於自由港區內，經認可之國際金屬期貨交易所認證且經主管機關核定之商品或同一稅則號別之商品，其銷售所得免徵所得稅（高雄港業經LME董事會審查同意，於102年6月17日起列為LME亞洲地區第9個遞交港）。
前2項租稅優惠措施實施期限至民國131年年底。
為執行前開租稅優惠政策，交通部訂定有「外國大陸地區香港或澳門營利事業於自由貿易港區從事貨物儲存或簡易加工免徵營利事業所得稅辦法」，以為相關申請及核發符合外國營利事業於自由港區從事貨物儲存或簡易加工證明函等規範。
附表4-7：我國各類產業特區租稅優惠措施比較表
名稱
進口稅捐優惠措施
所得稅優惠措施
自由貿易港區
1.自國外輸入自由港區內供營運之貨物、自用機器、設備保稅。
2.課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區供營運之貨物及自用機器、設備，營業稅稅率為零。
1.依現行產業創新條例之規定適用租稅優惠，投資於研究發展支出金額15％限度內，抵減當年度營利事業所得稅額，並以不超過當年度應納營利事業所得稅額30％為限。
2.外國貨主在自由港區内委託物流事業從事儲存或簡易加工之所得免稅。
3.外國、大陸地區、香港或澳門營利事業銷售儲存於經核准自由港區內之處所，經認可之國際金屬期貨交易所認證且經主管機關核定之商品或同一稅則號別之商品，免徵所得稅。
加工出口區
1.自國外輸入自用機器、設備、原料、燃料、物料、半製品、樣品、實驗用動植物及供貿易、倉儲轉運用貨品保稅。
2.課稅區廠商售與區內事業之貨品，視同外銷。
依現行產業創新條例之規定適用租稅優惠，投資於研究發展支出金額15％限度內，抵減當年度營利事業所得稅額，並以不超過當年度應納營利事業所得稅額30％為限。
科學工業園區
1.自國外輸入自用機器、設備、原料、物料、燃料、半製品、樣品及供貿易用之成品保稅。
2.課稅區廠商售供園區事業自用之機器、設備、原料、物料、燃料、半製品及樣品，視同外銷。
依現行產業創新條例之規定適用租稅優惠，投資於研究發展支出金額15％限度內，抵減當年度營利事業所得稅額，並以不超過當年度應納營利事業所得稅額30％為限。
農業科技園區
1.自國外輸入自用機器,設備、原料、物料、燃料、半製品、樣品及經核准兼營貿易之成品保稅。
2.課稅區廠商售供園區事業自用機器、設備、原料、物料、燃料、半製品及樣品，視同外銷。
依現行產業創新條例之規定適用租稅優惠，投資於研究發展支出金額15％限度內，抵減當年度營利事業所得稅額，並以不超過當年度應納營利事業所得稅額30％為限。
※註：1.資料來源，財政部提供。
2.自由貿易港區適用法源為自由貿易港區設置管理條例第21條至第31條、加工出口區適用法源為加工出口區設置管理條例第13條、科學工業園區適用法源為科學工業園區設置管理條例第20條、農業科技園區為農業科技園區設置管理條例第22條。
經洽財政部提供近年來依自由貿易港區設置管理條例第29條第1項享有營利事業所得稅之租稅減免情形（詳附表4-8），98年度及99年度僅2家申辦、100年度及101年度僅4家申辦，減免營利事業所得稅金額分別為98年度0.15億、99年度0.4億元、100年度0.47億元、101年度0.05億元，茲以交通部於101年度所辦理之「100年自由貿易港區事業營運概況調查結果」，自由貿易港區事業99年度及100年度總利潤金額分別為33.28億元及29.48億元等推算（詳本報告第21頁），自由貿易港區99年度及100年度之營利事業所得稅減免金額占港區事業總利潤金額比率約1.21％及1.60％。
附表4-8：依自由貿易港區設置管理條例第29條所享營利事業所得稅優惠情形彙整表 單位:新臺幣千元
年度
家數
營業收入淨額
免稅所得額
營利事業所得稅
減免金額98
2
641,198
58,273
14,568
99
2
1,605,719
236,833
40,262
100
4
1,409,510
277,315
47,144
101
4
1,516,577
32,193
5,473
※註：1.資料來源，財政部提供；98年度至99年度為結算申報書之核定數資料，100年度及101年度為結算申報書之申報數資料。
2.99年6月修正公布所得稅法第5條第1項規定，自99年度起，營利事業所得稅率由25％調降為17%；表列營所稅減免金額98年度為免稅所得額*25％、99年度至101年度為免稅所得額*17％。
準此，以近年來外國營利事業申辦於自由貿易港區從事貨物儲存或簡易加工免徵營利事業所得之案件數及金額甚小，有關擴大租稅優惠以吸引外資，似未產生具體成效。