現行我國自由貿易港區之中央主管機關為交通部、管理機關為交通部航港局及民用航空局、營運單位除桃園航空以BOT方式委由民間經營外，海港部分則為國營事業-臺灣港務股份有限公司；對外招商作業依臺灣港務股份有限公司之說明，係由各港區所在之港務分公司自行辦理。

茲以交通部係屬海運及空運之主管機關，並非我國產業政策之主政單位，且我國自由貿易港區之規劃政策非如香港及新加坡完全以轉口貿易為主，係與韓國及中國大陸較為相近之發展模式，尚具有加工、製造等連接及促進我國關聯產業發展之功能；比較韓國之管理架構係於其產業部門-知識經濟部下成立經濟自由區域委員會，負責有關經濟自由區域指定、協調及政策之擬定等，並在每一經濟自由區設置有經濟自由區域廳隸屬地方政府；中國大陸則由海關負責審核指定，港區之開發、建設及營運則由各地方政府成立之管委會辦理；惟以我國現行對於港區之管理及招商係由交通所屬單位兼營，雖設有單一窗口架構，卻明顯缺乏完善及有效率之跨部會整合機制，亦未見配合我國產業政策擬定積極之對外招商計畫，致自由貿易港區實施近10年，進駐廠商家數未見明顯成長。

準此，以現行我國自由貿易港區進駐廠商家數及進出口貿易量值未見明顯成效，外國企業進駐者更是寥寥無幾，行政院允應檢討現行單一窗口之運作效率，強化跨部會之整合機制，並配合我國產業政策，建立完整之廠商輔導機制，並擬定積極之對外招商策略，以利自由貿易港區之營運發展。