自由貿易港區的運作，其核心概念是要將貨物或勞務以最經濟的方式，從生產者手中送到消費者手中，故其中的生產、加工、檢測、運送、保險、服務等等，門檻越少越好，利潤越大越好，故除降低政府行政管制及減免稅賦之政策為外，建置便利之港區基礎設施及關務系統，亦為自由貿易港區能否成功之關鍵因素之一。

茲以近年來我國國際商港及國際機場之排名呈衰退之情勢，及依行政院所核定之「臺灣地區商港整體發展規劃(101~105 年)」有關「自由貿易港區之發展面臨瓶頸」乙節，亦提出三大問題包含：（一）土地面積不足，各港區劃設之自由貿易港區除臺中港尚有較大面積可引進製造業外，其餘各港區在原有港口裝卸倉儲作業之基礎下，可供引進其他作業之空間有限；（二）關務作業過於繁瑣，進口或轉口櫃卸儲作業流程過於繁複及對委託加工審查標準不明確；（三）開發方式及開發主體欠缺效率，採分散性開發方式並由國籍航商或港務公司主導，規模偏小且專業性不足，以國外物流中心大多採用集中式開發再分租給業者，開發之風險由開發單位負責；建議成立專責單位協助廠商進駐及相關開發事宜，並適時投資部分公共倉儲設施，再租予民間業者，或以BOT 方式進行開發，以降低物流業者之初期營運成本藉以產生群聚效應。

準此，為提振我國自由貿易港區之經營績效，行政院允應併同檢討現行各港區基礎設施及關務系統之便利性，惟有我國國際商港及國際機場之經營效率大幅有效提升，始能吸引業者進駐投資。