面對激烈之全球競爭，政府體制需與時俱進，始能因應國家未來發展，行政院遂於98年度起推動組織改造。其中行政院組織法、中央行政機關組織基準法、中央政府機關總員額法、行政院功能業務與組織調整暫行條例及行政法人法等重要法案，陸續於99年2月及100年4月公布，確認未來行政院設14部、8會、3獨立機關、1行、1院及2總處，由37個二級機關精簡為29個，自101年1月1日開始施行，行政院並於101年2月16日將二級機關及所屬相關組織法案函送本院審議。惟部分部會卻私下遊說本院委員，或修正原報本院草案內容，徒增本院審議困擾，影響立法進度，且部分未法制化機關依然存在。截至102年8月6日本院第8屆第3會期第2次臨時會止，已完成立法並施行者有17個二級機關，已完成立法尚未施行者為2個二級機關，未及完成立法者仍有10個二級機關（詳附表2-2）。茲以迄102年8月6日尚未經本院三讀通過之環境資源部組織法草案、交通及建設部組織法草案為例說明如下：

農委會移入環境資源部業務內容調整

按行政院101年2月16日函送本院之組織法草案，基於以污染防治、氣候變遷、流域管理、災害防治及自然保育為主軸，進行「水、土、林、空氣及生態橫向整合」及「專業職能垂直分工」，環境資源部下設氣象局（移入交通部中央氣象局）、水利署（移入經濟部水利署）、森林及保育署（移入行政院農業委員會【以下簡稱農委會】林務局及行政院國軍退除役官兵輔導委員會榮民森林保育事業管理處）、水保及地礦署（移入農委會水土保持業務、經濟部礦業司、礦務局及中央地質調查所）、下水道及污染防治局（移入環保署環境督察總隊、環境檢驗所、內政部營建署下水道業務）、國家公園署（移入內政部營建署國家公園業務）等6 個三級行政機關，以及森林及自然保育試驗所（移入農委會林業試驗所）、生物多樣性研究所（移入農委會特有生物研究保育中心）、環境教育及訓練所（移入環保署環境保護人員訓練所）等3 個三級機構。

102年1月3日本院第8屆第2會期司法及法制、經濟委員會第2次聯席會議，農委會基於林產及林農為農林漁牧中農業不可或缺之一環，為完整輔導林農，提出林產及林農政策規劃部分回歸農業部，林務局天然林部分仍按行政院函送本院版本等修正意見，並表示經行政院副院長同意。

營建署移入交通及建設部業務改為留於內政部

按行政院101年2月16日函送本院之組織法草案，基於業務完整性及關連性，將內政部營建署有關公共工程執行管理、道路工程、建築工程等業務，暨行政院公共工程委員會有關技師及工程顧問公司之管理等業務移入交通及建設部辦理，以統一管理基礎建設，並將交通部中央氣象局暨所屬各測報站業務移出至環境資源部

行政院原規劃將內政部營建署公共工程、道路工程、建築工程等業務移入交通及建設部，嗣考量都市計畫及市區道路與道路排水設施之一致性，將公共工程及道路工程劃歸交通及建設部，將致執行窒礙，乃決議留於內政部。

部分機關尚未法制化，並將預算隱藏於其他計畫或基金下

部分機關組織法或組織條例未明定設置之單位，卻自行設置，如交通部所屬之鐵路改建工程局、高速鐵路工程局、國道新建工程局。因政府組織再造進度緩慢，未法制化機關依然存在。按預算法第92條規定：「未依組織法令設立之機關，不得編列預算。」惟部分未法制化機關遂將預算隱藏於其他計畫或基金之下，如鐵路改建工程局、高速鐵路工程局之預算均編列於交通部單位預算，國道新建工程局之預算則編列於國道公路建設基金。

綜上，政府推動組織再造多年，迄102年8月6日仍有10個二級機關組織法草案尚未完成立法，政府組織再造之推動進度緩慢。究其原因，係因政府組織改造牽涉甚廣，且單一部會組織法草案之更動連帶影響其他部會組織法案，然行政院組織改造未能有效協調各部會，確立合理組織架構及各部會職掌，致相關組織法草案已函送本院審議，部分部會卻私下遊說而罔顧行政院版本，或於本院委員會審議時，始提出更改組織法草案有關業務歸屬內容，凸顯組織改造規劃不周，行政效能欠佳，徒增本院審議困擾，影響立法進度，並致部分機關依然未法制化。