控管公務人力、打造精實政府組織，係本次行政院組織改造主要目的，惟部分機關藉保障員工權益為由，將未具任用資格之現職員工轉任公務員，或以優厚條件留任現職人員，引發外界質疑。茲說明如下：
未具任用資格之現職員工欲藉組織改造轉任公務人員或以優厚條件留任之人數多逾千人
勞保局及健保局以機關改制、保障員工權益為由，將未具任用資格之金融雇員、專技人員及技術人員轉任公務人員
勞保局以人事管理制度比照公營事業機構有矛盾與不合適為由，於本次組織改造改制為行政機關之際，於組織法草案明訂，隨同移撥人員具任用資格者，比照健保局改制成例，採「補足待遇差額」方式轉任公務人員，而業務助理、業務佐理等未具任用資格者，繼續留任原職至離職或退職為止，至具行政院金融保險事業機構雇員升等考試及格之金融雇員，則賦予得轉任為該機關公務人員之資格
健保局98年改制行政機關後，具任用資格之現職人員已採「補足待遇差額」方式轉任公務人員，本次組織改造原以人事體制不同、造成工作士氣低落為由，於組織法草案訂定將行政院金融保險事業機構雇員升等考試及格之金融雇員、依技術人員任用條例任用之技術人員、專門職業及技術人員高等及普通考試及格之專技人員等未具任用資格之現職員工，賦予得轉任為該機關公務人員之資格；惟該項措施甚具爭議，遭外界質疑為「黑官漂白」，故本院審議中央健康保險署組織法並未同意渠等轉任公務人員。
交通部所屬公路總局等機關以機關法制化、保障權益為由，欲賦予未具任用資格之派用人員10年內毋需受原職續任限制
交通部所屬國道新建工程局、高速鐵路工程局、鐵路改建工程局等，原屬臨時編制機關，本次組織改造予以法制化，整併為高速公路局、公路局及鐵道局，而港務局亦由事業機構改制成立，成為該部之三級機關。
上述機關改制導致員工任用制度變更，該部遂以保障員工權益為由，於各該三級機關組織法草案明訂，依交通事業人員任用條例任用之資位制人員及依派用人員派用條例進用之派用人員，於轉任時權益受損者，得於各該組織法施行日起10年內選擇適用原相關法令。
除健保局外，未具任用資格之員工轉任公務人員或以優厚條件留任之派用人員人數尚有1,012人
迄102年4月底止，勞保局之金融雇員計483人，平均年資約26年，交通部所屬高速鐵路工程局等三級機關，派用人員計529人，平均年資約20年（詳附表4-27），除健保局之金融雇員、專技人員及技術人員600人，業經審議不同意其轉任公務人員外，其餘人員於組織法通過後，未具任用資格之金融雇員可轉任公務人員，退休後得領取月退休金，派用人員亦優於其他機關，10年內毋需受到原職續任限制，得領取較多退休金；藉組織改造獨厚特定資格員工，殊欠合理。
附表4-27：勞、健保局金融雇員、技術人員、專技人員及交通部所屬派用人員人數一覽表 單位：人
機關別及人員類別
人數
平均年資
平均年齡
勞保局
483
金融雇員
483
26.62
54.58
健保局
600
金融雇員
473
27
53
技術人員
32
32.7
55.9
專技人員
95
27.4
53.2
交通部所屬機關派用人員
529
國道新建工程局
137
20.5
50.05
高速鐵路工程局
209
19.4
48.7
鐵路改建工程局
183
19.4
48
合計
1,612
※註：1.資料來源，勞保局、健保局、交通部提供，截至102年4月底。
2.交通部所屬公路總局西部濱海公路北區臨時工程處等四級機關，組織改造後仍屬派用機關，截至102年4月底，派用人員人數為750人。
金融雇員轉任公務人員，在職待遇優渥，退休亦較具保障
金融雇員待遇較一般公務人員優渥，轉任後退休尚可領取月退休金
勞保局之金融雇員目前待遇係比照實施用人費率之國營事業機構員工待遇標準支給，退休時則支領一次退休金。如組織改造後轉任為公務人員，其中選擇不要補足差額者，同一般公務人員待遇並可請領生活津貼，若選擇補足待遇差額者，仍以原待遇標準支給，差額隨同待遇調整併銷；惟退休時均可依公務人員退休法規定，領取月退休金（詳附表4-28）。簡言之，金融雇員如轉任為公務人員，在職時待遇較一般公務人員優渥，退休時又可領取月退休金，顯較國營事業機構員工具有保障。
未受原職續任限制之派用人員，待遇及退休金均較優厚
交通部所屬機關之派用人員，由於10年內毋需受到原職續任限制，故其升遷不限於原職等，致在職時待遇相較其他機關派用人員為佳，退休時亦得領取較多退休金。
附表4-28：金融雇員、派用人員與公務人員待遇福利事項比較表
人員區分
待遇事項
福利事項
退撫事項
一般公務人員
依公務人員俸給法、公務人員加給給與辦法規定辦理。
依全國軍公教員工待遇支給要點規定請領生活津貼（如：子女教育補助）
依公務人員退休法規定，得領取月退休金。
勞保局金融雇員
轉任前
比照實施用人費率之國營事業機構員工待遇標準支薪
無
比照財政部所屬國營金融保險事業人員退休撫卹及資遣辦法，領取一次退休金。
轉任後
選擇補足待遇差額者，隨同待遇調整併銷。
選擇不要補足差額者，依公務人員俸給法、公務人員加給給與辦法規定辦理。
選擇補足待遇差額者，不得請領生活津貼。
選擇不要補足差額者，同一般公務人員，得請領生活津貼。
同一般公務人員，依公務人員退休法規定，得領取月退休金。
交通部所屬機關之派用人員
組改前
依公務人員俸給法、公務人員加給給與辦法規定辦理。
同一般公務人員，依全國軍公教員工待遇支給要點規定請領生活津貼。
同一般公務人員，依公務人員退休法規定，得領取月退休金。
組改後
10年內得照原規定升遷，10年後以原職續任。
同一般公務人員，依全國軍公教員工待遇支給要點規定請領生活津貼。
同一般公務人員，依公務人員退休法規定，得領取月退休金。
※註：1.資料來源，勞保局、交通部，本研究整理。
藉維護權益之名獨厚特定資格員工，不符公平正義原則
根據最高行政法院判決，金融雇員不具公務人員任用資格，不得轉任一般行政機關
有關金融雇員身分，勞保局及健保局以該等人員係經公開招考，其升等亦依「行政院所屬金融保險事業機構雇員升等考試規則」考試及格後始得以晉升，故並非為未具任用資格之人員。惟最高行政法院92年間曾對金融雇員轉任公務人員之適法性作出判決，略謂：司法院釋字第405號解釋指出，憲法第85條規定，公務人員的選拔，應實行公開競爭之考試制度，非經考試及格者不得任用，明示考試用人之原則；而包括行政院所屬金融保險事業機構雇員升等考試在內之各項升等升資考試，其應考資格、成績計算、錄取標準等均與公務人員初任考試不同，且該類考試適用對象均為現職人員，屬封閉性之內升制考試，故應是類考試及格人員均非屬公務人員任用法所稱升官等考試及格人員，無法依各該升等升資考試及格逕行擔任或調任一般行政機關相當官等職務，僅能從事當初考試所限定之範圍。
另據考選部提供資料顯示，金融雇員升等考試舉辦年度自66年至89年，錄取總人數達1萬6,119人，平均錄取率45.41％，遠較同期間舉辦之高考、普考平均錄取率7.59％、5.80％為高（詳附圖4-5）。準此，由於雇員升等考試並無適用之法律依據，金融雇員若藉組織改造轉任公務人員，對同期間參與高、普考試未合格者，或同屬金融雇員升等考試及格卻未任職勞保局者，顯欠公允。
因機關不同而對擁有相同資格之人員予以差別待遇，不符平等原則
派用人員派用條例第9條規定：「本條例施行前，各機關現任派用人員，經認定合於第2條規定而未具第4條、第5條、第6條規定之派用資格者，准予繼續任職至期限屆滿為止。」
附圖4-5：歷年金融雇員升等考試與公務人員高普考試錄取率比較圖
※註：1.資料來源，考選部提供。
2.67年、84年、86年、88年未舉辦金融雇員升等考試。
行政程序法第6條規定：「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇。」
派用人員之進用，係以臨時機關或有期限之臨時專任職務為限，且派用人員派用條例明文規範，遇機關改制或合併，派用人員得續任原職等至期限屆滿為止。鑒於交通部所屬高鐵局等機關，原均屬臨時機關，派用人員本就需視專案任務結束與否，而決定是否續任，如遇機關改制或合併，則依法續任原職等；惟交通部於組織法草案卻保障渠等10年內毋需受到原職等續任限制之規定，顯已逾越法制。
另國家發展委員會及中央選舉委員會組織法有關派用人員之續任，係規定未具公務人員任用資格之派用人員，得繼續留任原職稱原官等之職務至離職為止，惟交通部所屬三級機關之派用人員10年內卻毋需受到原職等續任限制，擁有相同資格之人員卻因機關不同而有差別待遇，有欠公允。
此外，交通部所屬鐵路改建工程局等三級機關，由派用機關改制為任用機關，組織法草案遂保障該等機關之派用人員10年內毋需受到原職等續任限制；惟該部公路總局、鐵路改建工程局所屬工程處等四級機關，本次組織改造並未改制，仍屬派用機關，其派用人員仍得援用派用人員派用條例規定，並未受到原職等續任之限制。故交通及建設部暨所屬三級機關組織法通過後，恐肇致同一部會之派用人員，如於三級機關任職者，10年內得照原規定升遷，10年後以原職續任，而於四級機關任職者，則可照原規定升遷，並無期限限制之差別待遇，為免造成派用人員發生異常流動而影響業務推行，允應預先擬訂因應對策。
增加政府人事費負擔，與組織改造「精實」目標背道而馳
政府人事費負擔未減反增
有關金融雇員轉任公務人員對政府負擔之影響，據勞保局及銓敘部提供現職第10職等15級非主管人員為例，該等人員轉任前每月待遇為9萬1,482元，轉任後職級為薦任第7職等年功俸6級，若選擇補足待遇差額方式，其與同等級非主管一般公務人員待遇6萬0,800元相較，差距約3萬元，至少需10年以上始完全得以調整併銷；而其轉任後得領取月退休金，若任職年資30年，退休後平均餘命27.4年，可領取之月退休金扣除需補繳退撫基金後為1,622萬餘元，與轉任前領取一次退休金457餘萬元相較，大幅增加1,165萬餘元（詳附表4-29）。
附表4-29：金融雇員轉任公務人員職級、待遇及退休金比較表
單位：新台幣千元
職級
月薪待遇
退休金
轉任前
轉任後
轉任前
轉任後
差額
轉任前
轉任後
差額
第7職等15級
委任第5職等年功俸10級
59
53
6
3,333
14,328
10,995
第9職等15級
薦任第6職等年功俸6級
80
56
24
4,065
14,733
10,668
第10職等15級
薦任第7職等年功俸6級
91
61
30
4,573
16,226
11,653
第12職等13級
薦任第8職等年功俸6級
116
66
50
5,224
17,311
12,087
※註：1.資料來源，勞保局、銓敘部提供。
2.月薪待遇均以非主管人員列示，轉任後退休金係列示月退休金。
3.月退休金之計算以平均餘命27.4年計列，並扣除補繳退撫基金費用。
未來退休金負擔大幅增加，不符合組織改造之精實目標
勞保局金融雇員如轉任為公務人員，據人事行政總處表示，由於轉任人員不得再晉級及發給相關績效獎金，故勞保局薪資及獎金約可減少10億元；惟據銓敘部估算，渠等人員如選擇領取月退休金，未來退休金負擔將增加53億餘元。綜合上述兩機關估算結果，勞保局之金融雇員如轉任為公務人員，政府未來增加之人事費支出將超逾40億元，意即平均每人增加之人事費支出超過800萬元。
鑒於控管公務人力、打造精實政府組織，乃本次行政院組織改造所楬櫫之主要目標，惟將未具任用資格之現職員工轉任公務員，數年內或可減少部分人事成本，卻產生未來退休金負擔大幅增加之後遺症，為免造成「愈減愈肥」之結果，實有檢討必要。
綜上，政府組織改造需適度保障員工權益，惟不宜過度擴張；上述勞保局擬將未具任用資格之現職員工轉任公務員，不僅對同為金融雇員升等考試及格，卻未任職勞保局者造成不公，亦使政府未來退休金負擔大幅增加，與組織改造目標背道而馳；至交通部所屬機關對留用之派用人員，訂定10年內毋需受到原職續任限制規定，亦有逾越法制之虞，且對其他機關之派用人員，因機關不同而有差別待遇，有欠公允；允一併檢討改進。