本院自審查92年度中央政府總預算案起，即針對中央政府所屬訓練機構林立問題，要求考試院協調行政院儘速解決，並應整併或整合訓練機構，雖經考試院於92年間協調行政院並獲致共識，行政院以外機關所屬訓練機關(構)4所予以維持，及行政院所屬訓練機關(構)部分，依92年12月19日「行政院所屬訓練機關轉型規劃案」分兩階段辦理轉型，預計於轉型後，行政院所屬訓練機關(構)將由52所調整為29所；惟實際執行結果，僅減少13所訓練機關(構)，且目前中央機關所屬訓練機關(構)仍多達50所，整併成效欠佳，足證考試院及行政院未確實依本院歷年來關於整併訓練機關(構)決議辦理。

再者，成立國家文官學院宗旨之一乃在解決當前訓練機關(構)系出多門所造成學習重複等問題，然99年3月26日改制設立之國家文官學院，卻未達到整併統合訓練資源之目的，名不符實，且人事總處逕自藉由認定標準之調整，主張迄今行政院所屬訓練機關(構)已調整至12所，計減少40所，容有虛飾執行成效之嫌，且未賡續掌握各訓練機關(構)現況，管控機制闕如，均欠妥適。