鑒於政府組織再造，係為達到精簡人力、減少財政支出及提升行政效能，惟於本次行政院組織再造之際，卻成立新訓練機構及增加編制員額，如：法務部廉政署廉政研習中心、內政部消防署訓練中心等，悖精簡之道而行；另國家文官學院之設立，除未能解決當前訓練機關(構)系出多門之現象外，反著重於提升組織位階，就地升格改制及將副首長職等提高為簡任13職等且增置1人，並增設中區培訓中心(分別為中央3級機關及4級機關)。

又本次政府組織改造工程雖以行政院所屬機關為主，然政府機關本屬一體，且依保訓會組織法第2條第9款規定，保訓會掌理關於培訓機關(構)之資源共享、整合之協調事項，惟目前多達50所中央政府所屬訓練機關(構)，顯示仍呈多元並存現象，迄未能妥善整合，且新增設訓練機構及增加編制員額，亦與組織再造精簡人事之精神，背道而馳，故保訓會應依法定職掌，儘速與人事總處協商解決之道，俾利整合訓練資源，避免資源之浪費。