(一)背景與現況
為建立低稅負、無障礙投資環境，發展我國成為亞太營運中心，提升國家競爭力，並建立公平合理稅制，財政部86年提出所得稅法部分條文修正草案(兩稅合一制度)，即營利事業繳納之所得稅，得由獨資資本主、合夥事業合夥人或公司之股東，扣抵其應納之綜合所得稅，至營利事業所得稅率未調整，最高稅率仍維持25％，經完成立法程序後，自87年1月1日施行。當時所得稅法部分條文修正草案總說明揭示，兩稅合一欲達到「消除營利所得之重複課稅，提高投資意願」、「降低稅制對企業財源籌措方式之影響」、「降低公司藉保留盈餘規避股東稅負誘因，促進資源合理分配」等3個目標。
98年度財政部參據行政院賦稅改革委員會議之決議，以提升我國產業競爭力及增進招商誘因為由，提出調降營利事業所得稅率至20％並採單一稅率之所得稅法部分條文修正草案，經完成立法程序後，自99年1月1日施行。惟99年因配合制定產業創新條例，修法再調降營利事業所得稅率至17％，經完成立法程序後，並追溯自99年度起施行。復經4年後，考量兩稅合一制度自87年實施以來，採完全設算扣抵制度，對以股利收入為主之高所得者受惠較多，致國庫稅收流失嚴重，為改善所得分配及增加國庫稅收，財政部於103年提出所得稅法修正草案，經完成立法程序後，自104年度起施行。由完全設算扣抵制改採部分扣抵制，中華民國境內居住之個人股東（或社員）獲配之股利淨額或盈餘淨額，其可扣抵稅額為原可扣抵稅額之半數。惟實施後，加重本國個人股東稅負負擔，以未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅為例，本國個人股東及外國股東股利稅負差距由7.23％擴大至15.4525％。
(二) 實施迄103年度已造成約1.29兆元稅收損失
依據財政部提供資料，截至103年度為止，兩稅合一制度個人股東累計之可扣抵稅額高達1兆2,865億元(詳附表3-1)，由於此可扣抵稅額可完全抵繳個人綜合所得稅之應納稅額，造成國庫鉅額稅收流失。附表3-1顯示可扣抵稅額從88年度387億元，上升至103年度1,447億元，增幅273.9％。又88年度國內生產毛額(Gross Domestic Product, GDP)為9兆8,156億元，103年度為16兆0,974億元，增幅僅64.0％，GDP之成長遠不及可扣抵稅額急速增加導致之稅收損失。財政部為減少個人可扣抵稅額對稅收流失之衝擊，103年提出之財政健全方案中，將兩稅合一「完全設算扣抵制」修正為「部分設算扣抵制」，使境內居住個人股東獲配股利淨額之可扣抵稅額，僅能扣抵半數其應納之綜合所得稅，經擬具所得稅法第66條之6修正草案報請行政院函轉立法院完成審議後，於104年1月1日施行。上揭修法導致部分營利事業於103年度競相分配股利，致該年度上市櫃公司發放現金股利高達8,970億元，僅次於100年度之9,641億元，為歷史次高紀錄，連帶使可扣抵稅額增加為1,447億元，亦較前一年度之902億元，增加545億元，增幅高達6成。
附表3-1：88-103年度綜合所得稅個人股東申報股利所得、可扣抵稅額及當年度綜所稅實徵額統計表 單位：新台幣億元；％
年度
股利所得
可扣抵稅額
當年度綜所稅實徵額
可扣抵稅額占綜所稅比率
88
2,366
387
2,381
16.25
89
3,489
528
3,035
17.40
90
3,627
551
2,450
22.49
91
2,986
482
2,272
21.21
92
3,429
573
1,974
29.03
93
4,116
604
2,148
28.12
94
5,129
740
2,965
24.96
95
5,138
793
3,343
23.72
96
5,873
916
3,475
26.36
97
6,952
1,090
3,897
27.97
98
4,586
865
3,068
28.19
99
5,795
1,009
3,047
33.11
100
7,261
1,003
3,430
29.24
101
6,630
975
3,931
24.80
102
6,062
902
3,922
23.00
103
8,759
1,447
4,109
35.22
合計
82,198
12,865
49,447
26.02
※註：1.資料來源，財政部賦稅署。
(三) 屢次修法加重納稅義務人之稅務依從成本及稅捐機關之稽徵成本
兩稅合一制度從87年實施迄今，營利事業所得稅稅率歷經多次修正，由原先最高25％，98年為配合促進產業升級條例租稅減免措施施行至98年12月31日止，修法降為20％，99年復以配合制定產業創新條例、提升我國租稅環境國際競爭力、增進投資誘因為由，再次修法調降至17％，並回溯自99年度施行。至稅額扣抵比率上限受到稅率調整為17％之影響，由原先33.33％及48.15％兩種比率，增加20.48％及33.87％兩種，合計4種比率。又營利事業若適用不正確稅額扣抵比率導致超額分配可扣抵稅額時，依所得稅法第114條之2相關規定，除將遭稅捐機關限期補繳外，並須按超額分配之金額，處1倍以下之罰鍰。104年度營利事業所得稅結算申報書第15頁，即在說明如何正確計算稅額扣抵比率，顯見稅額扣抵比率計算之繁複，加重納稅義務人稅務依從成本。財政部102年度委託研究報告亦指出，兩稅合一制度實施迄今，不但造成政府稅收損失增加，也使徵納雙方均面臨稅制上所衍生之若干稅務行政問題，包括提高營利事業依從成本與稽徵機關行政成本。
另獨資或合夥組織營利事業，在兩稅合一制度下之稅務遵循亦歷經多次變更。87-97年度，該類營利事業與公司組織營利事業相同，均需計算並繳納營利事業所得稅，但因增加徵納雙方稅務行政作業引發諸多不滿，98年度修法放寬該等營利事業僅須辦理所得稅申報，無須計算暨繳納其應納之結算稅額；惟自104年度起，又規定該類營利事業除小規模營利事業者外，應以全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額為其應繳納之結算稅額，並於申報前自行繳納。
(四) 對於增進投資之效果並不顯著
兩稅合一制度原先政策目標預期可以消除營利所得之重複課稅，提高投資意願。然而資料顯示，我國在實施兩稅合一制度、降低資本稅後，投資未因此增加。由附圖3-1可知，自87年實施兩稅合一制度後，固定資本形成占國民所得毛額(Gross National Income, GNI)之比率，不但未逐年攀升，反呈下降態勢。87年度該項比率為26.3％，然迄103年度僅21.0％；另聯合國發布之國民經濟會計制度(System of National Accounts, SNA)於97年再次修訂，行政院主計總處103年配合SNA修訂內容進行我國國民所得改編，將研發支出(不論是否研發成功)由中間消費改列為固定資本形成，經估計使89年度至101年度固定資本形成每年平均增加3,348億元。以101年度為例，中央研究院前計算該比率為15.6％，按改編後新定義重新計算之固定資本形成增加5,097億元，比率增為21.7％，上升6.1％，惟兩種方式所計算出之比率均低於兩稅合一制度實施當年度之26.3％，顯見兩稅合一實施逾18年來，對於增進投資之效果並不顯著；且中研院亦指出，國內外相關研究文獻皆發現實施兩稅合一制度對提高投資意願之效果極為有限。
附圖3-1：73-103年度我國固定資本形成占國民所得毛額比率
※註：1.資料來源，中華民國統計資訊網。
(五) 實施後所得分配情況更加惡化
另從統計資料觀察，兩稅合一制度施行後，不但未帶來更多固定資本形成，我國所得分配情形似更趨惡化。附圖3-2分別顯示近30餘年來我國最低、次低、中間、次高及最高20％之家戶平均年所得占該年度總所得之比率，其中最低20％平均家戶所得占整體所得比率呈下降趨勢，由87年度之7.12％，下降至103年度之6.63％，而所得最高之2個群組(即最高20％及次高20％)家戶平均年所得占該年度總所得的比率呈上升趨勢，分別由87年度之23.24％、39.26％，上升至103年度之23.59％、40.13％。
附圖3-2：73-103年度我國戶數五等分位組-家戶平均年所得占該年度總所得比率概況圖 單位：%
※註：1.資料來源，中華民國統計資訊網。
中研院亦指出我國自87年起，所得分配變得更惡化。附圖3-3顯示我國73-103年度最高20％家戶所得與最低20％家戶所得之倍數，於兩稅合一87年度實施後仍持續上升，由87年之5.51倍上升至103年之6.05倍。另衡量所得分配不均程度之指標吉尼係數亦從87年之0.324上升至103年之0.336(按：吉尼係數愈大，表示所得分配不均等程度愈高)。
附圖3-3：73-103年度我國最高20%家戶所得為最低20%家戶所得之倍數及吉尼係數概況圖 單位：倍數；％
※註：1.資料來源，行政院主計總處統計資料庫。
另據財政部賦稅署提供103年度綜所稅申報統計資料(詳附表3-2及3-3)，股利所得納稅單位占比、股利所得占所得總額之比率、平均每戶股利所得及每戶股利所得可扣抵稅額，均隨課稅所得級距上升而增加；又課稅所得級距1,000萬元以上之高所得族群所得結構中，股利所得占其總所得比率高達73.6％，故可用於扣抵綜所稅之可扣抵稅額也隨之攀升，平均每戶股利所得可扣抵稅額高達約540萬元，均顯示兩稅合一之減稅利益主要由高所得者享有。財政部102年度委託研究亦指出，股利所得在我國綜所稅申報金額中，占有相當之重要性，但其分配情形卻是非常不平均集中分配在高所得階層，致現行兩稅合一制度下，股利可扣抵稅額使稅負與所得分配均產生累退現象。
附表3-2：103年度個人居住者股利所得統計分析表 單位：新台幣千元；％
課稅所得級距(萬元)
納稅單位
股利所得納稅單位
各類所得總額
股利所得
平均每戶股利所得
戶數
占比
金額
占比
0以下
2,026,157
1,013,055
50.0
698,579,770
44,666,881
6.4
44
0~52
2,741,461
1,395,465
50.9
1,900,430,044
102,484,784
5.4
73
52~117
810,489
631,475
77.9
1,168,385,090
98,208,127
8.4
156
117~235
344,597
308,836
89.6
835,665,397
105,301,773
12.6
341
235~440
104,347
97,985
93.9
420,774,964
85,677,609
20.4
874
440~1,000
35,224
33,756
95.8
253,629,157
81,641,292
32.2
2,419
1,000以上
12,083
11,754
97.3
486,103,126
357,911,708
73.6
30,450
※註：1.資料來源，財政部賦稅署。
2.股利所得納稅單位占比=股利所得納稅單位戶數/納稅單位*100%、股利所得占比=股利所得金額/各類所得總額*100%、平均每戶股利所得=股利所得金額/股利所得納稅單位戶數。
附表3-3：103年度綜所稅各級距所得總額及可扣抵稅額概況表 單位：新台幣千元；％
課稅所得級距(萬元)
每戶所得總額
每戶股利所得
每戶股利所得可扣抵稅額
金額
占比
金額
占比
0以下
344.78
22.05
6.39
3.01
0.87
0~52
693.22
37.38
5.39
5.40
0.78
52~117
1,441.58
121.17
8.41
18.25
1.27
117~235
2,425.05
305.58
12.60
47.19
1.95
235~440
4,032.46
821.08
20.36
132.55
3.29
440~1,000
7,200.46
2,317.77
32.19
388.13
5.39
1,000以上
40,230.33
29,621.10
73.63
5,398.64
13.42
※註：1.資料來源，財政部賦稅署。
2.每戶所得總額=上表各類所得總額/上表納稅單位、每戶股利所得金額=上表股利所得金額/上表納稅單位、每戶股利所得占比=每戶股利所得金額/每戶所得總額*100%、每戶股利所得可扣抵稅額=可扣抵稅額金額/全體納稅單位、每戶股利所得可扣抵稅額占比=每戶股利所得可扣抵稅額/每戶所得總額*100%。