(一)補貼事業範圍
大眾運輸事業補貼辦法第4條規定：「中央主管機關對第2條之大眾運輸事業補貼優先順序如下：一、市區汽車客運業、公路汽車客運業、船舶運送業、載客小船經營業及民用航空運輸業。二、公營鐵路運輸業。三、民營鐵路運輸業。」、「中央主管機關應視年度預算按前項優先順序分配補貼金額，於列為第一優先之業者獲全額補貼後，再為次一優先順位業者補貼，依此類推。」目前中央政府僅就第一順位業者(「市區汽車客運業」、「公路汽車客運業」、「船舶運送業」、「載客小船經營業」及「民用航空運輸業」)之營運虧損編列預算辦理補貼，「公營鐵路運輸業」及「民營鐵路運輸業」並未實施補貼措施。
(二)辦理機關
1.「市區汽車客運業」由所轄直轄市、縣 (市) 政府辦理，再檢具補貼計畫向中央政府申請部分經費之補助。
2.「公路汽車客運業」、「船舶運送業」、「民用航空運輸業」由中央主管機關辦理。
3.「載客小船經營業」由小船主管機關辦理；小船主管機關為航政主管機關者，由中央主管機關辦理。
4.交通部就所主管之大眾運輸事業補貼事宜，分別訂定「公路汽車客運偏遠服務路線營運虧損補貼審議及執行管理要點」、「離島海運客運固定航線營運補貼作業規定」及「民用航空運輸業離島偏遠航線營運虧損補貼作業規定」等以利業者申辦；至各縣市所主管之「市區汽車客運業」則納入交通部公路總局自99年度起以3年或4年為一期所推動之公共運輸發展計畫中，由地方政府檢具相關補貼計畫據以申辦。
(三)補貼條件及經費分擔方式
考量偏遠及離島地區大眾運輸經營不易，其使用族群多以學生、高齡及弱勢者為主，發展大眾運輸條例第10條第1項明定，對於大眾運輸事業營運虧損之補貼「限於偏遠、離島或特殊服務性之路(航)線業者」。茲彙整大眾運輸事業補貼辦法所訂補貼認定條件、中央及地方政府經費分擔方式等，詳如附表2-1：
附表2-1：政府對大眾運輸事業經營偏遠、離島或特殊服務性路航線營運虧損補貼作業方式彙整表
運輸事業
經費分擔方式
補貼條件
市區汽車客運業
1.直轄市：中央政府1/3、直轄市政府2/3。
2.縣(市)者：中央政府1/2、縣(市)政府1/2。
離島或特殊服務性路線應符合：
1.每日行駛班次2班次以上，60班次以下，且路線里程30公里以下。
2.每日行駛班次超過60班次，且路線里程30公里以下，其申請補貼班次，以60班次為上限。
3.有特殊需求之服務性路線，經主管機關核定者，不受前2點規定之限制。
4.另依交通部106年8月所訂「公路公共運輸多元推升計畫提案原則」規範：
(1)既有路線之補貼以不高於前一年度核列金額為原則。
(2)因地方政府實施免費搭乘措施而產生之營運虧損，應由該地方政府自行負擔。
公路汽車客運業
中央政府負擔。
偏遠、離島或特殊服務性之路線(不含國道客運及旅遊路線)應符合：
1.每日行駛班次2班次以上，30班次以下，且路線里程60公里以下。
2.行經特殊地區之服務性路線，經主管機關核定者，不受60公里限制。
3.平均每車公里載客2人公里以上，15人公里以下(以前一年度度資料為準)。
船舶運
送業
中央政府負擔。
臺灣與離島間，或離島之間航線，並具固定航線及固定航次。
載客小船經營業
1.屬航政主管機關者：中央政府負擔。
2.屬直轄市：中央政府1/3、直轄市政府2/3。
3.屬縣(市)者：中央政府1/2、縣(市)政府1/2。
離島與離島之間航線，並具固定航線及固定航次。
民用航空運輸業
中央政府負擔。
1.經營臺灣往返蘭嶼鄉、綠島鄉、七美鄉、望安鄉、北竿鄕航線或離島之間航線，平均每日航次數為2個單程航次以上，具固定航次，並以固定翼航空器經營者。
2.高雄與望安間航線，不受平均每日航次數之限制。
※註：1.資料來源，整理自大眾運輸事業補貼辦法第2條、第5條第2項及第19條規定、公路汽車客運偏遠服務路線營運虧損補貼審議及執行管理要點第2點。
(四)營運虧損計算方式
依大眾運輸事業補貼辦法第10條規定，虧損路(航)線最高補貼金額=﹝(合理營運成本×W1)+（合理資本設備投資成本×W2）－實際營運收入﹞×（班或航次數）×（路或航線里、浬程）× 路(航)線補貼分配比率。(其中W1＋W2＝1；W1為合理營運成本權重值，W2為合理資本設備投資成本權重值。)
1.依路(航)線別計算虧損金額，合理營運成本係經主管機關審定之各路(航)線別每車公里(每船浬、每航次浬)合理營運成本；合理資本設備投資成本為經中央主管機關核定之資本設備投資成本，攤提於各路線別每車公里(每船浬、每航次浬)之資本設備投資合理成本。
2.另主管機關對同業別之補貼分配比率得依(1)路(航)線營運績效、(2)業者整體營運損益、(3)業者經營管理及(4)資本設備投資等條件進行審定；如交通部就公路汽車客運之補貼即將各區監理所辦理之營運與服務評鑑計畫成果及貼補路線上年度載客人數成長率等納入補貼分配比率中考量。