衛福部及所屬健保署皆以「健全健保財務健全及收支連動」為109年度施政重點之一；衛福部109年度預算案於「社會保險行政工作」項下之「全民健康保險管理」、「全民健康保險醫療費用協定及監理」各編列442萬元、600萬元，及健保署109年度預算案於「健保業務」項下之「健保財務收支管理及監控」編列3,134萬1千元，支應辦理健保相關管理、監理及財務等業務所需經費。經查：
(一)健保制度自84年開辦後，為解決財務收支問題，曾2次調升費率，並於102年實施二代健保，建立財務收支連動機制
我國健保制度自84年3月1日開辦後，曾於91年9月及99年4月調升費率，先由4.25%調為4.55%、再升至5.17%，主要係因醫療費用快速成長，保險費收入不足以支應所致，以99年4月為例，在費率調升前，累計短絀已達600餘億元，於費率調升後之101年2月健保財務即產生結餘。
嗣後衛福部推動二代健保改革，全民健康保險法(以下簡稱健保法)於100年1月26日修正公布，並自102年1月1日起實施保費新制，因擴大費基收繳補充保險費及政府總負擔比率提高等財源挹注，財務明顯改善，且該部全民健康保險會於104年11月20日決議訂定「健保財務平衡及收支連動機制」(以下簡稱健保連動機制)，確保健保財務之長期穩定，另於105年1月1日將保險費費率由4.91%降至4.69%，而補充保險費費率連動由2%調整為1.91%。
(二)依最近期健保署評估報告結論，指出健保財務收支存在結構性失衡，且維持現行費率4.69%下，每年財務收支成長逆差將逐年擴大，推估於110年安全準備將全數用罄
依健保法第25條規定，健保財務由保險人至少每5年精算1次，最近期健保署已於106年12月編製「106年度全民健康保險財務評估報告」，該報告結論指出，健保財務收支存在結構性失衡，於維持現行保險費率4.69%情況下，每年財務收支短絀將逐年持續擴大，預估110年財務收支短絀將達994 億元，且保險收支累計餘絀將轉為負數，安全準備於110年全數用罄。
(三)以健保連動機制推估，於110年費率須由4.69%調升為5.57%，並於113年再次調升，且在健保財務收支持續短絀下，恐對健保之永續經營產生負面影響
據健保署提供以全民健康保險會研訂之健保連動機制推估(詳附表1)，預估108年度及109年度仍維持現行保險費率4.69%，於110年費率須調升為5.57%(調幅18.76%)，且預估113年再次調升費率為6.28%，將超過法定上限6%。衡酌健保費率對財務健全影響重大且事涉全民負擔，衛福部及健保署允宜周延審慎研擬相關政策，並及早妥謀因應。
附表1：依健保連動機制推估108年至113年財務收支預估表
單位：新臺幣億元、月
項目
108年
109年
110年
111年
112年
113年
一般保險費率
4.69%
4.69%
5.57%
5.57%
5.57%
6.00%註2
補充保險費率
1.91%
1.91%
2.27%
2.27%
2.27%
2.44%
保險收入
6,182
6,278
7,540
7,654
7,760
8,437
保險成本
6,599
6,941
7,285
7,648
8,032
8,428
當年收支餘絀
-417
-662
255
6
-272
9
累計餘絀
1,692
1,030
1,285
1,291
1,019
1,028
約當保險支出月數
3.08
1.78
2.12
2.03
1.52
1.46
※註：1.資料來源，健保署。
2.108年依醫療給付費用總額協定成長率4.417%，109年起依非協商及協商因素之歷史趨勢推估；依機制預估113年須調升為6.28%，超過法定上限6%，故以6%計算。又因尾數四捨五入致有尾差。
又由歷年健保安全準備餘額資料觀之(詳附表2)，健保於84年開辦初期，全年度安全準備餘額約522.23億元，於91年度大幅滑落至86.63億元、98年度更出現短絀582.24億元，並如前揭(一)2次調升健保費率後，安全準備餘額始穩定累積至105年底之2,474.28億元，嗣因106年度、107年度健保收支再度短絀98.40億元、266.48億元，於107年底安全準備餘額滑落為2,109.40億元。復據健保署推估資料(詳附表1)，預估108年底健保收支仍持續短絀，且攀升至417億元，在健保財務收支短絀下，恐侵蝕安全準備，對健保永續經營產生負面影響。
附表2：歷年健保安全準備餘額概況表 單位：新臺幣億元
項目
84年6月底
85年6月底
91年底
98年底
101年底
餘額
173.07
522.23
86.63
-582.24
210.01
項目
103年底
104年底
105年底
106年底
107年底
餘額
1,259.76
2,288.71
2,474.28
2,375.88
2,109.40
※註：1.資料來源，整理自健保署歷年公告之健保安全準備提列情形表(依權責發生基礎)。
2.因88年度以前會計年度之期間為上年度7月1日至該年度6月30日，經88年下半年及89年度調整後，90年度以後為歷年制，併予敘明。
綜上，健保乃國人健康照護之防護網，永續經營是全民共同期待，惟依健保署最近期財務評估報告指出健保財務收支存在結構性失衡，且以健保連動機制推估，保險費率須於110年調升為5.57%，以維財務健全，若在健保財務收支持續短絀下，亦恐對健保之永續經營產生負面影響；未來伴隨人口高齡化、醫療科技進步及需求日增等影響，健保財務缺口恐持續擴大而損及安全準備，肇致財務隱憂，亟待賡續檢討及確保長期財務之穩健運作，俾利健保永續經營。