為維護國人生命健康，降低流感等疫情影響，疾病管制署(以下簡稱疾管署)109年度預算案於「防疫業務」項下之「充實國家疫苗基金及促進國民免疫力第三期計畫」及「我國因應流感大流行準備第三期計畫」編列所需經費，分別為續編第2年經費10億2,730萬元及續編第5年經費3億4,206萬2千元，分別用於補助疫苗基金辦理疫苗(含流感疫苗)接種計畫，及辦理相關藥劑、防疫物資之儲備與傳染病防治醫療網。經查：
(一)流感疫苗接種計畫實施對象及接種涵蓋率目標
衛福部為維護國人健康，避免其因罹患流感導致嚴重併發症或死亡，於87年試辦「65歲以上高危險群老人流感疫苗接種先驅計畫」，並依衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組建議逐年擴大實施對象，於90年起開放所有65歲以上老人公費接種、93年度增加6個月以上2歲以下之幼兒、96年度增加國小一、二年級學生及衛生保健志工、97年度增加重大傷病患者、2-3 歲幼兒及國小三、四年級學生、98 年度增加3歲至國小入學前之幼兒及實施空中救護勤務人員、101年度增加國小五、六年級學生、105年度新增未滿50歲高風險慢性病人及高BMI(≧30)者、產後6個月內之婦女、50至64歲健康成人及國中學生、高中/職及五專 1-3 年級學生等。
又據疾管署說明，自105年流感疫苗接種計畫擴大實施對象後，流感疫苗採購量由300萬劑倍增至600萬劑，公費流感疫苗接種全人口涵蓋率由104年之13%增至105年之25.6%，其後各年度皆以25%為目標，並自108年度起使用疫苗全面改採四價流感疫苗，提供國民更周全之保護力，降低流感高危險族群因罹患流感導致嚴重併發症或死亡及住院機率，以積極維護高危險群健康，並減少醫療費用支出。
(二)107-108年流感季全國流感併發重症累積病例數為近3個流感季最高紀錄，允宜檢討提升防疫成效
由疾管署之傳染病統計資料查詢系統，以流感季(10月至隔年9月)計算，105-106年流感季全國流感累計1,461例併發重症，106-107年流感季減少為1,117例(減幅23.55%)，惟截至108年9月24日止，107-108年流感季併發重症累積病例數為1,871例，較前1個流感季增幅達67.50%，且為近3個流感季最高紀錄，亦高於近10個流感季流感併發重症平均值1,401例，防疫成效有待提升。
附表1：近3個流感季全國流感併發重症病例數一覽表
單位：病例
月/流感季
105-106年
106-107年
107-108年
10
49
27
51
11
103
24
46
12
65
64
97
1
48
217
254
2
52
246
256
3
46
121
136
4
50
40
133
5
126
40
113
6
347
46
162
7
385
109
240
8
138
99
241
9
52
84
142
總病例數
1,461
1,117
1,871
※註：1.資料來源，疾管署之傳染病統計資料查詢系統(查詢日：108年9月24日)。
(三)受流感疫苗品質等事件影響，107年度疫苗施打進度落後，影響接種效益，且尚未達成疫苗接種全人口涵蓋率25%目標
由於每年流行之流感病毒不一定相同，故每年須重新接種，且接種後至少約需2週時間以產生保護力，保護效果可持續1年，專家建議應於每年9月中旬以後施打，並應儘量在11月下旬前完成接種，以因應每年農曆春節前後及2、3月之流感流行期。而107年度流感疫苗接種計畫，因WHO改變流感疫苗株之組成建議，病毒株培養較預期慢，使疫苗生產時程較往年延後約1個月，影響疫苗交貨期程，致流感疫苗接種計畫開始施打時程延至10月15日，嗣因10月底陸續發生幾起疫苗品質異常事件，除疫苗供應銜接不及外，亦衝擊民眾施打意願。
據疾管署提供統計數據，105年度及106年度流感疫苗接種計畫執行結果，分別接種602萬4,294劑及599萬2,573劑，各占全人口之25.6%及25.4%，惟截至108年7月31日止，107年度流感疫苗接種計畫僅接種531萬3,521劑，占全人口之22.5%，尚未達成疫苗接種全人口涵蓋率25%目標。
綜上，107-108年流感季全國流感併發重症累積病例數較前一個流感季增幅逾六成，為近3個流感季最高紀錄，且受流感疫苗品質等事件影響，107年度疫苗施打進度落後，尚未達成接種涵蓋率目標，允宜研謀強化防治應變措施與效能，俾落實國人生命健康之維護。