依菸害防制法第4條規定，菸品應徵收健康福利捐，菸捐運用範圍明訂於同條第4項，其分配與運作則依菸品健康福利捐分配及運作辦法辦理。109年度衛生福利特別收入基金編列健康福利捐分配收入120.51億元，較108年度110.84億元增加9.67億元(增幅8.72%)。經查：
(一)菸品健康福利捐預算分配情形
「菸品健康福利捐分配及運作辦法」前於105年10月7日經衛生福利部(以下簡稱衛福部)與財政部會銜修正發布，復於108年5月24日修正第4條、第5條及第7條，並自108年4月1日生效。此次主要修正重點係調整菸捐分配項目之比例如下：刪除原補助經濟困難保險費分配比率5%，現改併入健保安全準備金中，兩者共計分配50%、長期照顧與社會福利分配比率自8%下降為5.1%、菸害防制及衛生保健分配比率由24.2%調高至27.2%及預防醫學與臨床醫學醫療品質、補助醫療資源缺乏地區及辦理生產事故救濟分配比率由11.8%調高至16.7%。
109年度衛生福利特別收入基金各分基金獲配菸捐金額以菸害防制及衛生保健基金64.66億元最高，其次為疫苗基金20.34億元及醫療發展基金18.18億元，其餘各分基金獲配數介於0.25億元至12.25億元；與108年度預算數相較，除全民健康保險紓困基金及長照服務發展基金獲配數減少9.05億元及6.65億元外，其餘各分基金之獲配數皆較上年度增加，以菸害防制及衛生保健基金增加10.86億元(詳附表1)，增幅20.19%最高。
附表1：菸捐占衛生福利特別收入基金各分基金來源比率表
單位：新臺幣億元
年度
104
105
106
107
108
109
醫療發展基金
獲配菸捐金額(A)
16.02
30.93
9.25
10.87
8.55
18.18
基金來源(B)
26.07
41.58
15.86
12.21
9.71
19.27
菸捐占比(A/B)
61.45
74.39
58.32
89.03
88.05
94.34
全民健康保險紓困基金
獲配菸捐金額(A)
18.74
17.18
16.17
13.96
11.50
2.45
基金來源(B)
22.60
20.98
19.27
16.69
14.36
5.41
菸捐占比(A/B)
82.92
81.89
83.91
83.64
80.08
45.29
菸害防制及衛生保健基金
獲配菸捐金額(A)
55.00
80.74
75.82
65.70
53.80
64.66
基金來源(B)
55.63
82.83
78.86
66.83
53.81
65.67
菸捐占比(A/B)
98.87
97.48
96.15
98.31
99.98
98.46
疫苗基金
獲配菸捐金額(A)
11.50
9.62
27.81
20.39
16.79
20.34
基金來源(B)
19.43
23.25
35.46
28.31
24.48
30.97
菸捐占比(A/B)
59.19
41.38
78.43
72.02
68.59
65.68
生產事故救濟基金
獲配菸捐金額(A)
-
-
1.10
1.69
1.80
2.40
基金來源(B)
-
-
1.10
1.69
1.80
2.83
菸捐占比(A/B)
-
-
100.00
100.00
100.00
84.81
社會福利基金
獲配菸捐金額(A)
-
-
25.43
13.20
11.50
12.25
基金來源(B)
-
-
44.51
33.83
31.55
32.45
菸捐占比(A/B)
-
-
57.13
39.02
36.44
37.75
長照服務發展基金
獲配菸捐金額(A)
-
-
14.12
9.14
6.90
0.25
基金來源(B)
-
-
118.52
363.46
339.79
325.72
菸捐占比(A/B)
-
-
11.91
2.51
2.03
0.08
※註：1.資料來源，整理自衛福部提供資料。
2.104至107年度為決算數，108至109年度為預算案數；本表億元以下四捨五入之故，故有尾數差異。
3.生產事故救濟基金於106年度設置，社會福利基金、長照服務發展基金及健康照護基金自106年度起整併為衛生福利特別收入基金。
(二)部分菸品健康福利分配項目執行情形未盡理想，允應強化評核機制
截至107年底菸品健康福利捐分配項目累計待運用款項95.95億元(詳附表2)，包括衛生福利特別收入基金各分基金合計87.79億元、公務預算之中央與地方私劣菸品查緝工作3.71億元及農業發展基金4.45億元(詳附表2)，累計待運用款較106年度減少45億餘元，其中以衛生福利特別收入基金各分基金累計待運用款項最高；然就衛生福利特別收入107年度決算執行情形觀之，部分菸品健康福利分配項目執行情形欠佳，如醫療發展基金，其菸品健康福利分配數10.87億元，占該基金來源比率89.06%，惟醫療發展基金獎勵新擴建醫療機構貸款利息補貼計畫執行率僅為59.31%；菸害防制及衛生保健基金之菸品健康福利分配數65.7億元，占該基金來源比率98.31%，惟菸害防制及衛生保健計畫之專業服務費執行率僅75.19%，主要係癌症防治品質精進計畫委辦醫療院所之家數較預計減少所致。
附表2：菸品健康福利捐分配項目累計待運用款項統計表
單位：新臺幣百萬元
獲配機關
預算別
分配項目
累計待運用款項
合計
9,595
中央健康保險署
全民健康保險基金
全民健保安全準備
－
罕見疾病等之醫療費用
－
全民健康保險紓困基金
補助經濟困難者之保險費
1,063
國 民 健 康 署
菸害防制及衛生保健基金
罕見疾病等之醫療費用、癌症防治、中央與地方菸害防制及衛生保健
3,480
疾 病 管 制 署
疫苗基金
提升預防醫學與臨床醫學醫療品質、補助醫療資源缺乏地區及辦理生產事故救濟等
1,537
衛 生 福 利 部
醫療發展基金
2,210
生產事故救濟基金
14
長照服務發展基金
長期照顧資源發展
－
社會及家庭署
社會福利基金
中央與地方社會福利
471
財政部
公務預算
中央與地方私劣菸品查緝
371
防制菸品稅捐逃漏
－
行政院農業委員會
農業發展基金
菸農及相關產業勞工輔導與照顧
445
※註：1.資料來源，摘自107年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告。
衛福部為完善菸品健康福利捐使用管理，業於104年10月15 日修正菸品健康福利捐分配及運作辦法，增訂第5條第3項明定該部應就菸品健康福利捐使用成效、行政配合及預算執行狀況等進行評核，納入未來調整分配比率之參考。惟前開辦法修正後，有關菸品健康福利捐評核機制遲未完成建立，經審計部多次函請衛福部及國民健康署檢討改善，復於107年度中央 政府總決算審核報告中促請其應落實菸品健康福利捐評核機制，俾提升菸品健康福利捐整體運用效率。
(三)部分地方政府執行查緝經費執行率欠佳，或未落實專款專用原則
依菸品健康福利捐供私劣菸品查緝及防制菸品稅捐逃漏經費運用要點第2點規定：「菸品健康福利捐分配1%供中央與地方之私劣菸品查緝及防治菸品稅捐逃漏之用，並依第3點所列支用項目專款專用，不得挪為他用。」惟經審計部查核各地方政府107年度獲配查緝經費之運用，發現部分列支會議禮品、出國考察伴手禮、電動汽車電池租金及分攤員工歲末聯歡活動餐費等項目，核與相關計畫經費支用規範未合；另地方政府於 101 至 107年度合計獲配數 11億餘元，平均每年度獲配數1.57億元，而各年度執行率大多低於8成(詳附表3)；另指出截至107年底止地方政府控留數達3.71億元，為平均每年度查緝經費獲配數之2.36倍，顯見各年度菸品健康福利捐分配於菸品查緝工作執行率欠佳。據此，財政部應本主管機關職責，落實執行前揭要點所定之實地查核機制，促請地方政府改善相關缺失，並檢討分配額度之妥適性。
附表3：101年度至107年度地方政府獲配查緝經費支用統計表
單位:新台幣千元
年度
獲配查緝經費
a
經費支用
執行率
b/a
繳庫率
e/a
實支數b
保留供以後年度使用c
轉入專戶d
繳庫數e
101
160,920
104,852.08
27,198.76
6,665.00
22,204.16
65.16%
13.80%
102
160,920
116,942.15
20,069.88
2,973.00
20,934.97
72.67%
13.01%
103
160,920
106,395.63
32,488.36
2,043.00
19,993.01
66.12%
12.42%
104
170,100
119,817.41
26,836.96
1,902.00
21,543.63
70.44%
12.67%
105
164,700
111,748.69
23,670.67
1,211.00
28,069.64
67.85%
17.04%
106
162,000
126,037.04
20,562.31
11,282.27
4,118.38
77.80%
2.54%
107
121,742
101,597.72
11,795.86
8,348.42
- 0
83.45%
0%
※註：1.資料來源，摘自監察院專案調查報告及財政部國庫署提供資料。
綜上，鑒於菸捐分配與運用備受外界關注，主管機關允宜建立有效之監督機制，落實資訊充分揭露原則，並視各分配項目實際支用情形適時調整分配數，以提升菸品健康福利捐運用成效。