疫苗基金係依傳染病防治法第27 條規定設置，109年度基金來源30億9,739萬6千元，基金用途36億5,227萬6千元，基金來源及用途相抵後短絀5億5,488萬元，較108年度預算案短絀減少3 億5,551萬3千元(減幅39.05%)，移用以前基金餘額支應；該基金辦理疫苗採購及預防接種工作，落實防疫政策之推行，以保障國人之健康。謹將其109年度預算案評估如下: