109年度於疫苗接種計畫編列36億5,076萬9千元，較上年度預算數增加2億9,412萬2千元，係為延續108年度推動疫苗接種政策及接種處置費補助方案，致疫苗採購量及相關經費增加所致。經查:
(一)疫苗購置與接種處置費預算逐年成長，因應防疫需求動支經費應兼顧防疫需求、成本效益與基金可運用財源等，確實依附屬單位預算執行要點辦理
我國流感防疫預算自102年度15億元逐年遞增，迄105年度為因應流感疫情升溫，推動擴大公費流感疫苗接種對象，提升疫苗接種涵蓋率，導致疫苗採購量倍增，故疫苗基金105年度疫苗接種計畫決算數26.42億元，超支併決算金額達7.52億元，其中動支第二預備金6億餘元，補助該基金採購疫苗、接種處置費、行政作業與衛教宣導等經費，以致106年度疫苗購置經費決算數增加至21.48億元。
109年度疫苗接種計畫預估疫苗購置費36.46億元(詳附表1)，其中25.71億元由中央政府負擔部分編入該基金，除賡續推動各項兒童常規疫苗及流感疫苗接種外，並新增75歲以上長者接種23價肺炎鏈球菌疫苗(PPV23)，估計約13萬人，以50%接種率推估約為6萬5,000人，按疫苗每劑600元及疫苗基金分攤約2,730萬元、s抗原陽性嬰兒接種B型肝炎免疫球蛋白(HBIG)約1萬人，按每劑疫苗2,400元及疫苗基金分攤約1,680萬元，以及運用於疫苗等生物藥品之追蹤管理用品耗材等費用300萬元。
鑒於衛福部於107年7月底函報充實國家疫苗基金及促進國民免疫力第三期計畫修正案，業於108年2月1日經行政院以院臺衛字第1070032483號函復原則同意，自108年度起優先推動長者肺炎鏈球菌疫苗及s抗原陽性嬰兒接種B型肝炎免疫球蛋白疫苗之疫苗政策，惟相關購置經費未及編入108年度預算，故有關預算之控管與執行，應兼顧防疫需求、成本效益與基金可運用財源等因素，確實依照附屬單位預算執行要點第26條規定辦理。
附表1：105年度至109年度疫苗購置經費需求表 單位：新台幣千元
負擔者
105年度決算
106年度決算
107年度決算
108年度預算案
109年度預算案
縣市政府
808,728
931,681
730,794
948,284
1,075,241
中央政府
2,056,607
2,148,076
2,074,899
2,280,296
2,570,957
合計
2,865,335
3,079,757
2,805,693
3,228,580
3,646,198
※註：1.資料來源，疫苗基金提供。
(二)部分高風險族群流感疫苗接種率相對偏低，允應研謀改善
依據監察院107年8月份公布之調查報告指出，我國流感防疫預算自102年迄今雖逐年遞增，105年起尤倍增為14億元，然疫情嚴重度卻未隨之逐年顯著降低，無法彰顯預算投入後之執行績效，且居住於社區之65歲以上長者、入學前之幼童及其照顧者等易受感染之高風險族群，流感疫苗接種率長期明顯偏低。以107年度為例，各類高風險群接種率仍低於50%(詳附表2)，且皆低於106年度之接種率，允宜研謀改善。
附表2： 107年流感疫苗接種計畫執行表 單位：接種數；%
接種對象
107應接種數
107年接種數
接種率
107年
106年
65歲以上長者/機構對象
3,367,040
1,496,730
44.5
48.8
50-64歲成人
5,247,886
947,669
18.1
20.8
3歲以上至入學前幼童--未曾接種過(第1劑)
271,678
28,117
10.3
14.3
3歲以上至入學前幼童--未曾接種過(第2劑)
11,304
4.2
7.0
6個月以上3歲以下幼兒--未曾接種過(第1劑)
382,119
123,675
34.3
50.1
6個月以上3歲以下幼兒-未曾接種過(第2劑)
93,754
27.4
37.6
罕見疾病/重大傷病
-
48,679
-
-
19-49歲高風險慢性病人
-
93,557
-
-
孕婦及6個月內嬰兒父母
-
84,196
-
-
托育人員及托育機構專業人員
55,222
14,204
25.7
34.6%
※註：1.資料來源，整理自疫苗基金提供資料。
綜上，配合衛福部推動擴大公費流感疫苗接種對象之措施，疫苗基金投入疫苗購置經費亦逐年增加，如於年度進行間依實際需要新增疫苗接種經費，應確依附屬單位預算執行要點辦理；另部分高風險族群流感疫苗接種率相對偏低，允宜研謀改善，俾提升民眾流感疫苗之接種意願。