疾病管制署為維護國人健康，避免其因罹患流感導致嚴重併發症或死亡，每年辦理流感疫苗接種計畫，並為完善國家疫苗政策，確保接種作業之延續穩定推動及疫苗基金能獲得長期穩定財源，109年度預算案疫苗接種計畫項下編列季節性流感疫苗經費10億5,000萬元，較108年度5億680萬元增加5億4,320萬元。經查：
(一)近年來疫苗接種計畫逾2成用於流感疫苗購置，109年度全面採用四價流感疫苗編列預算，致經費較上年度增加逾1倍
預防接種是最具效益之傳染病介入措施，是國家防疫工作的根基，衛福部自103年度起推動「充實國家疫苗基金及促進國民免疫力第二期計畫」 (103至107年)，除延續推動已導入之疫苗政策外，亦依據國際疫苗發展趨勢及依衛生福利部傳染病諮詢會預防接種組(ACIP)之建議，逐序擴增疫苗項目、擴大接種對象及改用新型疫苗等措施，大幅提升預防接種作業品質。自105年起為有效防治流感疫情，擴大公費流感疫苗接種對象，將ACIP 建議之所有高風險族群納入，全國流感疫苗接種量倍增至 600萬劑，全人口之疫苗接種涵蓋率自13%倍增至 26%；每年度流感疫苗由中央與地方政府負擔金額皆超過5億元者，逾疫苗購置總經費2成以上，迄109年度預算案增加至15億元，較108年度預算增加1.07倍，其中10.5億元由疫苗基金編列(詳附表1)，係全面採用四價流感疫苗估計增加之費用。
另108年度公費流感疫苗原以三價流感疫苗估算600萬劑，採購經費約5億680萬元，疾病管制署為提供國民更周全之保護力，以及順應全球流感疫苗供應及使用趨勢，於108年4月3日報行政院核定108年起全面採用四價流感疫苗，且109年度延續採用四價流感疫苗，接種涵蓋率以維持全人口25％為目標。
附表1：106年度至109年度主要疫苗購置經費統計表 單位：新台幣千元
經費項目
負擔者
106年度決算
107年度決算
金額
%
金額
%
負擔金額
縣市政府
931,681
3,079,757
100.00
730,794
2,805,693
100.00
中央政府
685,012
2,074,899
流感疫苗0.25cc、0.5cc
縣市政府
196,488
645,245
20.95
183,071
597,143
21.28
中央政府
448,757
414,072
經費項目
負擔者
108年度預算
109年度預算
金額
%
金額
%
負擔金額
縣市政府
948,284
3,228,580
100.00
1,075,241
3,646,198
100.00
中央政府
2,280,296
2,570,957
流感疫苗註2
0.25cc、0.5cc
縣市政府
217,200
724,000
23.04
450,000
1,500,000
21.28
中央政府
506,800
1,050,000
※註：1.資料來源，整理自疫苗基金提供資料。
2.109年度係採購0.5cc之4價流感疫苗。
(二)因應全球四價流感疫苗供貨延遲，108年公費流感疫苗將延後分批接種，鑒於107年度發生疫苗生產時程延後及公費流感疫苗異常事件，導致疫苗接種率下滑，亟需妥為研謀因應
依疾病管制署108年9月20日新聞稿，為順應全球流感疫苗供應及使用趨勢，自108年起公費流感疫苗首度由三價升級為四價疫苗，雖已提前於108年5月完成約600萬劑四價流感疫苗採購作業，惟配合疫苗廠供貨時程，108年流感疫苗接種對象將採分批接種，開始時程分別為：11月15日起為國小至高中學生及醫事人員；12月8日起為65歲以上長者及學齡前幼兒；另108年度改採四價流感疫苗增加之經費，除應加強預算控管外，並視基金可運用財源等因素依照附屬單位預算執行要點第26條規定辦理。
經查疫苗基金107年度預算流感疫苗採購經費5億680萬元，實支數4億1,407萬2千元，實際流感疫苗涵蓋率22.4%，低於接種涵蓋率達全人口25%之目標，較106年度下降2.6個百分比；如就近3年度各類計畫對象流感疫苗接種率比較， 65歲以上長者及50-64歲成人接種率逐年下降，而107年6個月至國小入學前幼兒(至少一劑)、醫事防疫人員、禽畜業者及各級學校接種率皆較106年度下降(詳附表2)。
附表2：105年至107年各類計畫對象流感疫苗接種率 單位：%
感疫苗接種率接種對象
105年
106年
107年
65歲以上長者
49.2%
48.8%
44.5%
50-64歲成人
20.0%
20.8%
18.1%
6個月至國小入學前幼兒(至少一劑)
47.9%
49.5%
39.3%
醫事防疫人員
78.2%
80.8%
74.17%
禽畜業者
97.5%
99.9%
95.9%
國小
74.3%
74.6%
67.6%
國中
77.2%
78.4%
73.2%
高中/職a
74.5%
77.4%
72.8%
重大傷病/罕見疾病/高風險慢性病人b (接種數)
102,354
221,817
142,236
孕婦/6個月內嬰兒父母/托育人員及托育機構專業人員c (接種數)
59,982
131,102
98,400
總接種數
6,024,294
5,992,500
5,314,078
公費疫苗全人口涵蓋率
25.5%
25.5%
22.4%
※註：1.資料來源，疫苗基金提供資料。
據該署說明，107年度流感疫苗接種作業囿於世界衛生組織（WHO）改變流感疫苗株之組成建議，病毒株培養較預期慢，疫苗生產時程較往年延後約1個月，影響廠商交貨期程，致接種時程較往年延後2週，迄107年10月15日開始施打，而校園接種作業更延至107年11月1日推動；復因107至108年流感季疫苗開始施打初期，前2週之接種人數雖較106年同期踴躍，惟其後因國內於107年10月25日及28日連續發生疫苗異常事件，影響民眾施打意願下降，又因異常疫苗之同批號疫苗停用，以及食品藥物管理署及藥廠加強疫苗封緘前檢查作業，致疫苗供應銜接不及，須再行延後校園接種作業因應，肇致107年底流感疫苗累計接種量509萬餘劑較106年同期減少75萬餘劑，且其占預定接種量比率僅88.47％。
綜上，疾病管制署108年起公費流感疫苗由三價升級為四價疫苗，惟據該署表示，因世衛組織延後1個月公布流感病毒株組合，影響疫苗廠生產時程，致公費流感疫苗將延後分批接種，鑒於107年度流感疫苗接種計畫之執行受疫苗生產時程延後及公費流感疫苗異常事件影響，使疫苗接種率下滑，允宜研妥應變措施，以降低疫苗短少之衝擊，並積極落實藥品安全監視工作，且強化抽驗及稽查與宣導作業，及時化解民眾對於疫苗安全性之疑慮，提高流感疫苗接種率，俾維護國民生命健康。