食品安全保護基金109年度預算案基金來源2,000萬元，基金用途1,022萬9千元，基金來源用途相抵後賸餘977萬1千元，較108年度預算案賸餘增加272萬7千元(增幅38.71%)。經查：

(一)近3年度基金違規罰鍰收入逐年增加，109年度預算數宜參酌以前年度實際收入調整編列

依食品安全衛生管理法第56條之1規定設立食品安全保護基金，基金來源主要為違反法律罰鍰之部分提撥收入，係依據行政院104年8月27日院臺食安字第 1040045751 號函示，中央主管機關依食品安全法裁處之罰緩，按90%之比例提撥至該基金，餘 10%應解繳國庫，其次尚包括違反食安法科處並繳納之罰金，及因違反規定沒收或追徵之現金或變賣所得等。

該基金近3年度違規罰款收入決算數為105年度1,567萬1千元、106年度3,678萬4千元及107年度2億2,847萬2千元，逐年增加，109年度預算案編列違規罰款收入1,900萬元，雖較108年度預算案增加300萬元，惟除遠低於107年度2.2億餘元外，僅為106年度決算數之51.64%，宜參酌實際情形調整編列。

(二)罰緩案件收繳管控作業欠佳，以致部分裁罰繳款漏未入帳，且未採權責發生制列帳，影響財務報表允當表達

該基金罰緩案件收繳作業自107年10月起由裁處單位承辦人自行控管，每月填報裁處案件繳納情形表，列管案件收繳情形，並於年底彙整後供主計室列帳。惟經審計部進行105至107年度裁罰案件清單比對結果，發現仍核有尚未收繳之裁罰案件 8 件，金額 9,122萬8千元，漏未列帳管理；顯示食安罰緩案件收繳管控機制欠周延，難以掌握管理基金應有之債權。

此外，業者因違反食安法規定經裁處確定後，由裁處單位承辦人自行管控罰緩案件收繳，未知會主計室以「應收帳款」列帳管理，俟業者繳納罰緩後逕列為罰緩收入，核與會計法第 17 條第2項規定，政府會計基礎應採用權責發生制未合。又該署主計室雖於每年年底前通知各單位就已發生權責之各項收入，填報「應收收益明細表」據以列帳；惟仍有以前年度違反食品安全法之罰緩案件計2件，金額124萬餘元，於107年間取得執行憑證後，始得知漏未列帳情事。以上顯示罰緩案件收繳管控作業欠佳，且部分收入未依權責發生制認列，皆影響財務報表允當表達，並不利基金債權管理維護。

綜上，食品安全保護基金於104年度設立，其違規罰鍰收入逐年增加，109年度預算數宜參酌以前年度實際收入調整編列；另罰緩案件收繳管控作業欠佳，且部分收入未依權責發生制認列等缺失，允宜強化內部控制管理機制，俾利財務報表允當表達。