農委會109年度編列歲出預算1,339億8,927萬4千元，較108年度法定預算1,227億1,222萬3千元(含由內政部移入農民保險業務之相關預算)增加112億7,705萬1千元(增幅9.19%)，主要係較上年度增撥予農業特別收入基金(以下簡稱農業特收基金)101億6,753萬9千元所致，鑒於每年度國庫均撥款數百億元補助農業特收基金推動相關農業政策，農委會允宜妥適規劃並檢討各項計畫效益，期以最少經費達成各基金設置政策目標。茲說明如下：
(一)農業特收基金下包含6個分基金，105至107年度國庫總計撥款1,263.71億元，平均每年約421.24億元
農業特收基金下設農業發展基金(以下簡稱農發基金)、林務發展及造林基金、農業天然災害救助基金(以下簡稱天災救助基金)、漁業發展基金、農產品受進口損害救助基金(以下簡稱農損基金)及農村再生基金(以下簡稱農再基金)等6個分基金，其中農發基金、天災救助基金及農損基金分別依農業發展條例第54條第1項、第60條、第52條第3項及第4項設置；農再基金依農村再生條例第7條第1項設置，爰國庫依法每年撥款挹注該等基金，迄107年底國庫累計已撥予農發基金2,669.97億元、農損基金1,631.59億元、農再基金972.40億元，除農再基金預計於109年度編足法定1,500億元外，餘國庫均已編列預算補足。另就105至109年度國庫撥充農業特收基金概況觀之，每年度國庫撥款金額介於396.34億元至548.13億元間(詳附表1)，如以近3年度決算(105至107年度)計算，國庫總計撥款1,263.71億元，平均每年約421.24億元，金額頗鉅，允宜依行政院所訂「落實零基預算精神強化預算編製作業精進措施」，秉零基預算精神檢視各項計畫之執行成效並據以審慎規劃辦理。
附表1：105至109年度國庫撥充農業特收基金概況表
單位：新台幣千元
基金別
105年度
審定決算
106年度
審定決算
107年度
審定決算
105至107年度審定決算合計
108年度
法定預算
109年度
預算案
農業發展基金
11,281,000
11,587,508
8,839,694
31,708,202
9,295,127
15,324,517
林務發展及造林基金
0
0
0
0
0
0
農業天然災害救助基金
7,953,168
1,994,850
5,160,783
15,108,801
1,620,349
1,804,516
漁業發展基金
0
0
0
0
0
0
農產品受進口損害救助基金
9,850,000
10,774,306
7,788,969
28,413,275
8,615,930
10,037,937
農村再生基金
12,966,749
15,277,212
22,896,582
51,140,543
25,114,206
27,646,181
合 計
42,050,917
39,633,876
44,686,028
126,370,821
44,645,612
54,813,151
※註：1.資料來源，農業特收基金105至107年度決算書及農委會、農業特收基金109年度預算書。
2.表列「108年度法定預算」係農委會108年度單位預算所列撥充各基金之法定預算數。
(二)國庫109年度較108年度增撥101.67億元予農業特收基金，主要係撥補農發基金107年度公糧稻穀收購超支之資金缺口及依法撥足農村再生基金1,500億元
依附表1所示，農委會109年度編列撥補農業特收基金預算為548.13億元，包含撥予農發基金153.25億元、天災救助基金18.04億元、農損基金100.38億元及農再基金276.46億元等，總計較108年度預算446.46億元增加101.67億元，其中增加金額最高者為增撥農發基金60.29億元、其次為增撥農再基金25.32億元、再次為增撥農損基金14.22億元、最後為增撥天災救助基金1.84億元。增撥農發基金主要係107年度全面辦理濕穀收購措施且稻作豐收致公糧稻穀收購量較預算增加近1倍，故收購金額超支66.14億餘元，需編列預算歸還向其他分基金調度之短期借款；增撥農再基金係依農村再生條例規定國庫分10年(109年度屆期)撥充1,500億元基金，爰於109年度編足；增撥農損基金主要是執行因應非洲豬瘟疫災之防疫檢疫措施，及調整水稻等政府保價收購作物生產結構所需經費。
綜上，國庫依農業發展條例規定應編列預算設置1,500億元之農發基金及1,000億元之農損基金均早已撥足，近年來國庫每年持續撥款數百億元至該等基金推動農業發展條例所定各項農業措施，期達調整農業產業結構、穩定農業產銷、確保農業永續發展、增進農民所得及福利等目標，惟各項農業政策推行多年，允宜適時檢視各計畫間有無扞格之處並秉零基預算精神編製預算，俾使能以最少經費達成各基金設置政策目標，以降低政府財政負擔。