農委會109年度分別於「農業管理-農田水利管理」及「農業發展」計畫下「農田水利會營運改善」與「加強農田水利建設」兩分支計畫，編列補助農民繳交農田水利會會費22億2,860萬元、補助財務困難之農田水利會5億元、輔導石門、新竹、苗栗、嘉南、宜蘭、北基、南投、彰化、雲林、屏東、臺東及花蓮等農田水利會加強營運改善工作1億4,091萬元、補助辦理農田水利設施興辦改善及灌溉排水營運精進23億4,628萬2千元、辦理農地重劃區緊急農水路改善工程2億3,500萬元等，合共補助各農田水利會經費達54億5,079萬2千元，較108年度法定預算47億2,877萬9千元增加7億2,201萬3千元(增幅15.27%)，主要係增加補助其積極辦理農田水利硬體設施及改善營運環境，惟仍有部分農田水利會財務效能尚待提升。茲說明如下：
(一)全國17個農田水利會仍有部分營運經費高度仰賴政府補助，甚有自籌收入不敷支應其人事費
依農田水利會組織通則第24條第1項及第25條規定，農田水利費之經費來源包含會費收入、事業收入、財產收入、政府補助收入、捐款及贈與收入及其他依法令之收入，而目前會費收入年約22億餘元係由農委會編列預算補助，加計每年補助財務困難及需加強營運改善之農田水利會6億餘元、補助辦理農田水利設施及農地重劃區農水路更新改善約20億元至26億元，總計政府補助全國現有17個農田水利會營運年需預算即達48億元至54億元，惟以各該農田水利會107年度收支餘絀及人事費支出觀之(詳附表1)，該17個農田水利會107年度收支賸餘僅2,363萬3千元，其中宜蘭、桃園、石門、新竹、苗栗、臺中及嘉南等7個水利會收支呈短絀，而宜蘭、北基、苗栗、南投、雲林、嘉南、屏東、臺東及花蓮等9個水利會收入中源自政府補助占比逾50%；另北基、雲林、屏東、臺東及花蓮等5個水利會自籌收入尚不敷人事費所需，財務效能亟待提升。
附表1：全國17個農田水利會107年度決算收支餘絀及人事費支出概況表 單位：新台幣千元
會別
收入(C)
支出(D)
餘絀(E=C-D)
人事費支出
政府補助
(A)
(A)
自籌收入
(B)
合計(C=A+B)
宜蘭
428,969
177,735
606,704
634,760
-28,056
98,198
北基
113,540
25,149
138,689
134,966
3,723
33,009
桃園
715
826,154
826,869
1,722,199
-895,330
218,127
石門
78,845
547,262
626,107
720,987
-94,880
114,949
新竹
73,193
273,167
346,360
393,148
-46,789
67,810
苗栗
178,676
156,784
335,460
463,826
-128,366
85,780
臺中
144,355
800,439
944,794
1,341,083
-396,289
248,242
南投
372,425
213,115
585,540
414,077
171,463
103,664
彰化
812,666
849,685
1,662,351
1,181,479
480,872
347,357
雲林
1,159,010
368,916
1,527,926
1,452,510
75,416
461,460
嘉南
1,216,600
1,107,476
2,324,076
2,326,801
-2,725
645,164
高雄
117,074
1,152,381
1,269,455
985,877
283,578
232,006
屏東
474,973
120,749
595,722
540,471
55,251
194,563
臺東
313,51655,922
369,438
337,670
31,768
88,008
花蓮
361,455
9,801
371,256
349,312
21,944
80,466
七星
1,122
271,635
272,757
267,867
4,890
42,671
瑠公
0
1,178,091
1,178,091
690,929
487,162
42,099
合計
5,847,134
8,134,461
13,981,595
13,957,962
23,633
3,103,573
※註：1.資料來源，農委會提供。
(二)對財務欠佳之農田水利會允宜研謀強化其營運效能，期日後改制為公務機關能減輕政府財政負擔
按農委會現行之規劃，17個農田水利會將於會長及會務委員任期屆滿後(109年9月30日)改制為公務機關，其改制後資產負債由政府概括承受，並設立作業基金管理，是以，農委會允宜對財務狀況欠佳之農田水利會加強輔導，並研謀適度之監督密度，期提升其營運效能，以減輕政府財政負擔。
綜上，農委會近年補助全國17個農田水利會之預算高逾48億元，惟仍有部分營運狀況未盡理想，不僅收入高度依賴政府補助，甚且連自籌收入尚不敷支應人事費用，該會允宜研謀適度之監管密度，期藉以提升營運效能，減輕政府年年鉅額補助之財政負擔。