農委會109年度於「農業發展」計畫下「補助農業特別收入基金」分支計畫，編列補助農業發展基金(以下簡稱農發基金)153億2,451萬7千元，係辦理農業貸款利息差額補貼、糧政業務、農漁民子女就學獎助學金、推廣有機肥料、離農獎勵等計畫所需經費，其中「糧政業務計畫」近5年度(103至107年度，以下同)除105年度外，年年超支，超支金額介於19億餘元至33億餘元間，允宜研謀改善。茲說明如下：
(一)糧政業務計畫主要係為調節供需、穩定糧價而辦理稻米收購業務，然近5年度決算幾乎年年超支，且超支金額高逾19億元
稻米為國人主食且為我國重要農作物，政府為掌握糧源、穩定糧價、確保農民收益，自63年起每年編列預算辦理稻穀保價收購制度，收購類型包含計畫收購、輔導收購、餘糧收購(避免稻農售穀價格低於直接生產成本)及災害稻穀收購等，經收之稻穀供應國內軍糈民食，辦理稻米收購所需經費係編列於農發基金之糧政業務計畫，以近5年度該計畫之預決算數觀之(詳附表1，除稻穀收購經費外尚包含用人費用、服務費用、購建固定資產、各項短絀等)，每年度預算數介於123.20億元至140.82億元間，決算數則介於140.17億元至167.28億元間，除105年度外年年超支，近5年度年平均超支金額高逾22億元。
附表1：103至107年度農發基金糧政業務計畫之預、決算彙整表 單位：新台幣千元
預決算數
103年度
104年度
105年度
106年度
107年度
預算(A)
12,487,869
13,164,468
14,082,115
13,356,405
12,320,591
決算(B)
15,798,077
15,125,279
14,017,637
16,728,724
15,234,735
超支數(C=B-A)
3,310,208
1,960,811
-64,478
3,372,319
2,914,144
※註：1.資料來源，農發基金各年度決算書。
2.表列預、決算數除稻穀收購經費外尚包含用人費用、服務費用、購建固定資產、各項短絀等費用支出。
(二)糧政業務計畫超支主要係因稻作各項保障高，農民耕作習慣改變不易，加上107年度全面辦理濕穀收購措施，致各類收購數量居高不下
依農委會所提供104年度至108年7月底止各類稻穀收購數量與經費及當年度期底庫存之公糧數量觀之(詳附表2)，無論係計畫、輔導或餘糧收購，104至107年度實際收購量均高於預計，且總收購量由104年度之36萬5,509公噸逐年增加至107年度之53萬7,026公噸(增幅46.93%)，致收購經費亦隨之增加至107年度之126.08億元(增幅41.22%)，而108年度迄7月底止收購量、收購經費已逾全年度預算數，致公糧庫存量已達108萬3,190公噸，約為108年底預計數39萬6,769公噸之2.73倍，據農委會之說明係因稻作各項保障高，農民耕作習慣改變不易，故稻作面積調降不如預期再加上107年度全面辦理濕穀收購措施且稻作豐產而致稻穀收購量持續增加。
附表2：104年度至108年7月底各類稻穀收購預計與實際量、價及年底庫存概況表 單位：公噸；新台幣千元
年 度
計畫收購稻穀量(A)
輔導收購稻穀量(B)
餘糧收購稻穀量(C)
災害稻穀收購量(D)
合 計
迄當年度期底庫存量(折糙量)
稻穀收購量(E=A+B+C+D)
稻穀收購金額
104
預計
177,000
62,500
12,500
1,000
253,000
6,331,500
626,022
實際
208,521
86,165
68,298
2,525
365,509
8,927,425
767,693
105
預計
205,000
71,000
14,000
1,000
291,000
7,287,400
595,481
實際
214,138
97,895
85,807
544
398,384
9,678,546
714,090
106
預計142,900
48,400
7,700
1,000
200,000
5,016,920
426,675
實際
216,699
112,995
137,391
644
467,729
11,211,190
797,634
107
預計
138,100
45,100
14,800
1,000
199,000
4,969,580
295,487
實際
195,153
111,272
230,261
340
537,026
12,607,708
892,484
108
預計
72,000
49,200
121,800
1,000
244,000
5,656,480
396,769
實際
155,318
91,157
240,814
674
487,963
11,348,750
1,083,190
※註：1.資料來源，農委會提供。
2.表列108年度預計數為全年度數據，實際數為108年1至7月底實際數。
綜上，近5年度農發基金之糧政業務計畫幾乎年年超支，為引導稻農生產優質稻穀並降低農民對稻穀保價收購制度之依賴，農委會自105年第2期作起試辦稻作直接給付與公糧保價收購雙軌並行並自107年起全面實施，惟迄108年7月底止實際收購數量及公糧庫存量已高於全年預計，為避免政府耗費鉅資收購之公糧去化不易進而造成資源浪費，該會允宜研謀改善。