民航基金109年度預算案於「管理及總務費用-會費、捐助、補助、分攤、救助(濟)與交流活動費-捐助、補助與獎助」編列民用航空運輸業(以下簡稱民航業)經營離島偏遠航線營運虧損補貼4億5,530萬元，及民航業經營離島地區定期航線獎助金1,500萬元。經查：
(一)辦理依據、條件及方式
民航局為照顧維持離島居民基本「行」之權利，多年來透過給予經營離島偏遠航線之民航業者營運虧損補貼及經營獎助金之方式，以吸引航空公司投入營運，其辦理依據、條件及方式詳如附表1：
附表1：民航業經營離島偏遠航線營運虧損補貼及經營獎助金之辦理依據、條件及方式情形表
項目
營運虧損補貼
經營獎助金
辦理
依據
發展大眾運輸條例第10條。
大眾運輸事業補貼辦法。
民用航空運輸業離島偏遠航線營運虧損補貼作業規定。
民用航空法第55條第5項及第6項。
民用航空運輸業經營離島航線獎助辦法。
民用航空運輸業經營離島地區定期航線獎助金分配作業要點。
辦理(補貼/
獎助)
條件
申請營運虧損補貼之航線條件限於經營臺灣往返蘭嶼鄉、綠島鄉、七美鄉、望安鄉航線或離島間之航線，平均每日航次數為2個單程航次以上，具固定航次，並以固定翼航空器經營者。但高雄與望安間航線，不受平均每日航次數之限制。
虧損路(航)線最高補貼金額=﹝(合理營運成本×W1)+（合理資本設備投資成本×W2）－實際營運收入﹞×（班或航次數）×（路或航線里、浬程）× 路(航)線補貼分配比率。(其中W1＋W2＝1；W1為合理營運成本權重值，W2為合理資本設備投資成本權重值。)
經營離島地區定期航線之離島係指連江縣之北竿鄉、澎湖縣之七美鄉與望安鄉、臺東縣之蘭嶼鄉與綠島鄉等地區。
業者經營離島地區定期航線具有下列情形之一者，得申請獎助金：
維持該等地區空中交通便捷確有績效者。
致力於該等地區航線之飛航安全及服務品質，成績卓著者。
其他對促進該等地區航空運輸水準有貢獻者。
辦理
方式
補貼款核銷時間：民航局每年6月30日及12月25日受理前半年補貼款之核銷申請。
審查機制：民航局受理業者營運虧損補貼(計畫)申請後，邀集有關機關代表、學者專家或社會公正人士審查，並經簽奉核可後實施。
受理時間：業者於每年11月30日前提出申請。
審查機制：民航局召開交通部民用航空局補貼及獎助審查會，依據年度獎助金預算及獎助原則進行分配審議作業。
※註：1.資料來源，民航基金提供資料及相關法令規定，本中心製表。
(二)政府對民航業虧損補貼金額占實際虧損數之比率呈現成長趨勢，至107年度達97.22%，業者之營運虧損幾近由政府負擔
由民航基金提供資料顯示(詳附表2)，103及104年度中央政府對離島空運航線之營運虧損補貼金額平均每年度約1.55億元，然自105年11月起因部分業者汰換新機，相關租金、保險等營運費用增加，致營運虧損加劇，爰自105年度起補貼金額即大幅成長，106年度虧損補貼金額達4.13億元，為103及104年度平均補貼數之2.66倍。另由近年度政府對國內離島航空運輸業營運虧損補貼金額占實際虧損數之比率觀之，德安航空公司之補助比率自103年度起逐年攀升，至107年度達97.22%，補助比率甚高，惟審計部於107年度審核報告指出，現行營運虧損補貼之審查機制，對於航空公司相關支出之真實性及必要性、有無隱藏性浪費、與境外公司是否存在非常規交易等，尚無法有效察覺，恐有使業者疏於成本控管或面臨道德風險之虞，允宜審慎檢視現行補貼制度之妥適性。
附表2：103至107年度對國內離島航空運輸業營運虧損補貼情形表
單位：新臺幣千元
年度
德安航空
立榮航空
合計
補貼
金額
實際
虧損數
補貼
占比
補貼
金額
實際
虧損數
補貼
占比
補貼
金額
實際
虧損數
補貼
占比
103年度
149,106
166,267
89.68%
21,969
32,660
67.27%
171,075
198,927
86.00%
104年度
139,096
145,485
95.61%
0
0
0%
139,096
145,485
95.61%
105年度
320,889
336,761
95.29%
0
0
0%
320,889
336,76195.29%
106年度
412,622
429,712
96.02%
0
3,981
0%
412,622
433,693
95.14%
107年度
375,408
386,161
97.22%
(註2)
8,364
-
-
-
-
※註：1.資料來源，民航基金提供。
2.表列虧損數僅含當年度接受中央政府營運虧損補貼之航線。
3.立榮航空107年度臺北-北竿航線營運虧損補貼金額尚在審核中。
(三)審計部指出現行民航業經營離島地區航線之獎助規定，尚無航線經營績效因子，允待研謀改善
依據審計部107年度審核報告指出，103至107年度德安航空公司經營受虧損補貼之離島偏遠航線，載客率逐年減少(詳附表3)，惟現行經營獎助金之獎助準則，係依班機準點率、班表執行率、有無航空器重大意外事故及嚴重旅客申訴案件等認定，尚無航線經營績效因子，允宜檢討研議將提升公司治理及經營績效等項目納入獎助機制。
詢據民航局說明，該局業已將審計部意見納為修正「民用航空運輸業經營離島地區定期航線獎助金分配作業要點」之參據，將於洽請業者就修正草案提供意見後，賡續進行法制作業，以期建立更公平合理之獎助機制。
附表3：德安航空公司受營運虧損補貼之各航線載客率
單位：%
航線
103年度
104年度
105年度
106年度
107年度
臺東-蘭嶼
85.51
84.13
89.44
82.57
78.87
臺東-綠島
86.56
80.73
78.49
71.65
75.48
高雄-七美
76.96
74.10
71.00
65.24
62.39
高雄-望安
68.50
61.01
46.78
46.64
43.12
澎湖-七美
55.74
39.08
36.24
31.80
30.43
總載客率
81.83
77.46
78.15
71.70
69.94
※註：1.資料來源，中華民國107年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報乙-494頁及民航基金提供資料。
綜上，離島偏遠機場之經營風險較高，且較易缺乏市場經濟性，為保障離島居民行之權利及促進離島經濟觀光發展，政府對離島航空運輸業之營運虧損或經營給予適當補貼或獎助，有其必要性及合理性。惟現行政府補貼營運虧損占實際虧損數之比率逐年攀升，然審查機制尚無法有效察覺支出之真實性及必要性等，未盡周妥；且目前經營獎助規定，尚無航線經營績效之評估因子等，均易肇致航空公司過度依賴政府補貼而未承擔公司經營績效責任，容待加強對業者之財務審查與稽核。