教育部109年度預算案「高等教育行政及督導－引導學校多元發展及提升教學品質」及「技術職業教育行政及督導－引導學校發展多元特色及教學創新」賡續編列102億5,000萬元及64億3,128萬9千元，合計166億8,128萬9千元，辦理高等教育深耕計畫(以下稱高教深耕計畫)。茲說明如下：
(一)為改善高教M型化現象，高教深耕計畫調整經費配置方式，以提供學生適足教育資源
近10餘年來教育部為推動我國高等教育發展，陸續推動邁向頂尖大學計畫(以下稱邁頂計畫)、獎勵大學教學卓越計畫(以下稱教卓計畫)、推動典範科技大學計畫等多項競爭型計畫，雖對提升我國高等教育品質頗有助益，惟過於強調績效，導致資源過度集中少數學校及大學M型化發展之後遺症。
107年度起教育部提出之高教深耕計畫，透過調整經費配置方式期能提供學生適足教育資源；該計畫期程自107年度至111年度，5年總經費836億元，107年度及108年度已編列333億6,257萬8千元，109年度賡續編列166億8,128萬9千元，其中分配予大學校院為102億5,000萬元，分配予技專校院為64億3,128萬9千元。該計畫分為2大部分，第一部分109年度預算案計編列111億3,128萬9千元，內容包括主冊(學校整體發展)、附冊(大學社會責任實踐計畫，以下稱USR計畫)及附錄(支持及協助學生發展)，其中分配予大學校院51億元，分配予技專校院60億3,128萬9千元；第二部分109年度預算案計編列55億元，內容包括補助辦理國際競爭及研究中心計畫，其中分配予大學校院51億元，分配予技專校院4億元(詳附表1)。
附表1：高教深耕計畫各年度預算編列概況 單位：新臺幣億元
面向
經費分配
總經費
108年度以前預算
109年度預算
大學校院
技專校院
大學校院
技專校院
第一部分
主冊-學校整體發展
440.00
88.00
86.93
44.00
43.31
補助重點：以協助學校發展多元特色，培育新世代優質人才為願景，並以學生學習成效為主體、教學為核心，培養學生關鍵能力與就業力。
附冊-USR計畫
60.00
11.00
12.00
5.00
6.00
補助重點：鼓勵學校以「在地連結」與「人才培育」為核心，以人為本，從在地需求出發，並透過人文關懷與協助解決區域問題之概念，善盡社會責任。
附錄
68.50
4.00
21.70
2.00
11.00
補助重點：獎勵大學提升弱勢學生入學機會、強化各校整體弱勢學生輔導機制及引導學校建立外部募款基金。
小計
568.50
103.00
120.63
51.00
60.31
第二部分
國際競爭
200.00
76.00
-
36.00
-
補助重點：協助具有多面向國際競爭力之大學，在優勢領域建立全球領先地位，提升整體國際競爭力，持續提供資源協助學校學術研究發展接軌國際。
研究中心計畫
65.00
25.00
8.00
15.00
4.00
補助重點：聚焦於發展具國際影響力及優勢之「特色研究」領域，並配合國家重要議題推動研究中心計畫，以回應社會及產業需求。
小計
265.00
101.00
8.00
51.00
4.00
業務費
2.50
1.00
-
0.50
-
合計
836.00
205.00
128.63
102.50
64.31
※註：1.資料來源，行政院核定之高教深耕計畫、教育部107年度至109年度預算書。
2.107年度及108年度為法定預算數，109年度為預算案數。
(二)高教深耕計畫經費分配考量學校規模及學生基本需求，資源過度集中少數學校情形雖逐漸調整，惟亦引發均等發展恐不利提升競爭力之疑慮
1.106年度以前高等教育之發展主要係辦理邁頂計畫及教卓計畫，107年度之後則由高教深耕計畫接續；由教育部提供上述計畫經費分配情形觀察，其中頂尖大學部分，高教深耕計畫107年度及108年度所獲經費149.28億元，占2年度經費總額224.73億元之66.43%，而106年度頂尖大學於邁頂計畫所獲經費55億元，占該年度邁頂計畫及教卓計畫總額70.48億元之78.04%，顯示以往資源過度集中少數學校情形正逐漸調整(詳附表2)。
2.高教深耕計畫對我國高等教育發展影響深遠，係受行政院管制之重要個案計畫，惟107年度評核等第為乙等；據行政院管制計畫評核報告略謂，高教深耕計畫執行績效多屬投入型指標，無法呈現具體實質績效，且該計畫偏向全面性提升大學品質及促進多元發展，試圖兼顧多重目標，故於推動均等發展之際，仍請前瞻規劃追求卓越。是以，高教深耕計畫之執行雖對以往資源集中少數學校現象有所調整，惟亦引發均等發展恐不利提升競爭力之疑慮，嗣後執行允宜審酌保障學生權益及提升國際競爭力之平衡點。
附表2：大學校院高教深耕計畫及邁頂計畫、教卓計畫經費分配概況比較表 單位：新臺幣億元
校別
高教深耕計畫107年度及108年度經費分配
邁頂計畫106年度經費分配
教卓計畫106年度經費分配
107年度
108年度
合計
政治大學
2.86
3.37
6.23
1.1
-
清華大學
10.00
11.50
21.50
7.6
-
臺灣大學
18.00
22.53
40.53
17.0
-
臺師大
2.07
2.28
4.35
1.3
-
成功大學
11.00
13.52
24.52
9.3
-
中興大學
3.52
4.03
7.55
1.8
-
交通大學
10.00
10.51
20.51
6.5
-
中央大學
4.15
4.19
8.34
3.9
-
中山大學
2.53
3.02
5.55
2.4
-
陽明大學
3.42
3.40
6.82
3.0
-
長庚大學
1.69
1.69
3.38
1.1
-
頂尖大學
小計
69.24
80.04
149.28
55.0
-
其餘大學
小計
37.66
37.79
75.45
-
15.48
合計
106.90
117.83
224.73
55.0
15.48
※註：1.資料來源，教育部提供。
2.邁頂計畫106年度法定預算60億元，本表所列分配經費不含頂尖研究中心等分配數及台灣科技大學分配數1億元。
3.教卓計畫106年度法定預算22.7億元，本表所列分配經費不含促進教學資源整合項目等分配數。
(三)國際競爭益趨激烈，近年大專校院學生休退學率攀升，允宜確實督導各大學發展多元特色，俾利培育及留住人才
1.教育雖不應僅以排名衡量，惟大學排名仍係展現國際競爭力重要參考指標。茲以邁頂計畫補助之12所頂尖大學(詳附表3之標註*學校)納入世界大學主要排名機構500名情形觀之，邁頂計畫第2期執行前之2010(-2011)年，Times(泰晤士高等教育)排名有4所、QS(英國高等教育調查機構)排名有9所、ARWU(上海軟科)排名有7所；邁頂計畫銜接高教深耕計畫執行後，Times排名(2020)有2所、QS排名(2020)有10所、ARWU(2019)排名有2所，未有顯著進展；復檢視臺灣大學、清華大學及交通大學3所大學執行邁頂計畫第2期及高教深耕計畫前後之排名，3所大學執行計畫後QS排名均上升；然Times排名均下降，臺大由115名降至120名，清大由107名降至351-400名，交大則由181名降至未列入500名內；ARWU排名臺大下降1個區間，由127名降至151-200名，清大及交大則未列入500名內。是以，邁頂計畫及高教深耕計畫之執行雖具成效，惟各國亦投入龐大經費提升高等教育品質，國際競爭益趨激烈。
2.復檢視大專校院學生休退學情形，依教育部統計，98學年度休學率5.6%、退學率5.5%，迄106學年度休學率及退學率分別增加為6.14%及7.19%(詳附表4)，其中106學年度因志趣不合因素而休、退學者達1萬1,000餘人及2萬3,000餘人，占總體休、退學學生比率逾20%，遠高於因經濟困難因素而休、退學比率3%。大專校院學生因志趣不合而辦理休、退學，係屬個人生涯規劃、並非負面事件，惟近年度休學率及退學率紛紛攀升，卻係強調均等發展之高教深耕計畫後續推展方向重要警訊，不僅顯示學生選讀校系未適才適性情形愈見普遍，亦反映我國高教環境面對國際競爭吸引力恐下滑之跡象，允宜儘速思考因應之道及發展大學多元特色，俾留住人才。
附表3：我國大專校院世界大學排名－排名500名內
校名
Times
QS
ARWU
2010
-2011
2020
2010
2020
2010
2019
*臺灣大學
115
120
94
69
127
151-200
*清華大學
107
351-400
196
173
314
-
*交通大學
181
-
327
227
313
-
*成功大學
-
-
283
225
256
301-400
*陽明大學
-
-
290
287
447
-
*臺灣科技大學
-
-
370
251
-
-
臺北醫學大學
-
351-400
-
379
-
-
*中央大學
-
-
398
427
443
-
*臺灣師範大學
-
-
451-500
331
-
-
*中山大學
163
-
401-450
410
-
-
*長庚大學
-
-
-
484
406
-
*中興大學
-
-
-
-
-
-
*政治大學
-
-
-
-
-
-
中國醫藥大學
-
-
-
-
-
301-400
高雄醫學大學
-
-
-
-
-
-
※註：1.資料來源，2010(-2011)年數據引用「教育統計指標之國際比較2016」之2010(-2011)年資料，其餘年度數據引用Times(泰晤士高等教育)、QS(英國高等教育調查機構)、ARWU(上海軟科)世界大學排名機構官網資料(查詢日：108年9月12日)。
2.本表校名列示獲邁頂計畫補助之頂尖大學(以*標於校名前，惟不另包括獲邁頂計畫補助研究中心之大學)及排名500名以內之大學。校名原則依「教育統計指標之國際比較2016」之順序列示。
3.本表年度原則以世界大學排名機構官網所列年度列示。
4.本表排名僅列各機構500名以內之排名，Times官網2010-2011年排名僅列至200名。
附表4：98學年度至106學年度大專校院學生休、退學情形
單位：人；%
學年度
休學情形
退學情形
新增休學人數
新增休學率
退學人數
退學率
98
74,825
5.60
74,135
5.50
99
74,234
5.50
77,814
5.80
100
77,714
5.70
79,370
5.90
101
81,249
6.00
84,709
6.30
102
78,201
5.81
87,540
6.50
103
77,468
5.78
86,820
6.48
104
79,286
5.95
88,315
6.63
105
80,256
6.13
90,455
6.91
106
78,220
6.14
91,531
7.19
※註：1.資料來源，教育部統計2014及教育統計2019摘錄。
2.新增休學人數係該學期新增辦理休學人數，新增休學率=新增辦理休學人數/該學年學生人數*100%。
3.退學人數係該學期退學人數，退學率=退學人數/該學年學生人數*100%。
綜上，高教深耕計畫著重學校校務發展，旨在提供學生適足教育資源，檢視107年度及108年度該計畫經費分配情形，頂尖大學所獲補助款比率已少於以往競爭型計畫所獲補助款比率，顯示資源過度集中少數學校情形正逐漸調整；惟近年各國投入龐大經費提升高等教育品質，致國際間爭取人才益趨激烈，而邁頂等競爭型計畫雖投入龐大經費，然我國大學納入世界大學排名500名內之學校數量未見顯著增加，且近年度大專校院學生休、退學比率上升，顯示學生選讀校系未適才適性情形愈見普遍，亦反映我國高教環境面對國際競爭吸引力下滑之跡象，允宜參考行政院管制計畫評核意見，高教深耕計畫應前瞻規劃並追求卓越，俾培育及留住人才。