109年度主計總處預算案「特種基金預算核編及執行」業務計畫編列277萬2千元，辦理特種基金預算之籌編、編印與執行等所需經費；另於「會計及決算業務」項下之「特種基金會計事務處理及決算核編」分支計畫編列64萬7千元，係辦理審核各特種基金會計報告等會計事務處理，並加強督導考核各特種基金會計制度實施狀況之查察等業務。若欲進一步掌握其執行實況，得依預算法第66條規定，隨時派員赴各機關實地調查。經查：
(一)部分非營業特種基金連年發生短絀，營運績效有待改善
中央政府78個非營業基金107年度決算營運結果，計有39個基金發生短絀，包括內政部所屬營建建設基金、國防部所屬國軍老舊眷村改建基金、教育部所屬國立大學校院校務基金(31家虧損)、國立社教機構作業基金、國立高級中等學校校務基金、法務部所屬矯正機關作業基金、經濟部所屬經濟作業基金、水資源作業基金及原住民族綜合發展基金等；另前揭基金連續3年發生短絀者包括營建建設基金、國軍老舊眷村改建基金、國立大學校院校務基金(26家)、國立社教機構作業基金、國立高級中等學校校務基金及水資源作業基金(詳附表1)，營運績效有待改善。
附表1：105年度至107年度非營業特種基金營運短絀統計表
單位：新台幣千元
基金名稱
105年度短絀
106年度短絀
107年度短絀
營建建設基金
-1,579,849
-4,090,754
-3,741,848
國軍老舊眷村改建基金
-4,025,584
-9,342,765
-4,676,067
國立大學校院校務基金(彙總）
-4,024,716
-3,612,217
-2,360,034
國立社教機構作業基金
-353,143
-348,497
-390,867
國立高級中等學校校務基金
-3,213,008
-2,703,273
-2,541,794
法務部矯正機關作業基金
8,151
2,045,986
-27,723
經濟作業基金
-72,086
1,224,908
-185,917
水資源作業基金
-884,281
-261,904
-875,854
原住民族綜合發展基金
327,532
-324,939
-468,181
※註：1.資料來源，整理自審計部105年度至107年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告資料(附冊-非營業部分)。
(二)部分基金固定資產建設改良擴充計畫執行率低於7成，且保留數逾可用預算數之3成，允宜加強預算控管措施
107年度非營業特種基金固定資產建設改良擴充計畫決算數630億5,050萬9千元，執行率69.79%，包括作業基金467億9,431萬1千元、執行率68.49%及特別收入基金162億5,619萬8千元、執行率73.84%；保留數為162億2,693萬7千元，占可用預算比率17.96%，其中作業基金121億4,435萬4千元，特別收入基金40億8,258萬3千元(詳附表2)。
附表2：107年度非營業特種基金固定資產建設改良擴充計畫執行情形表
單位：新台幣千元；%
基金別
可用預算數
決算數
執行率
保留數
保留數占可用預算數比率
合計
90,342,474
63,050,509
69.79
16,226,937
17.96
作業基金
68,327,296
46,794,311
68.49
12,144,354
17.77
特別收入基金
22,015,178
16,256,198
73.84
4,082,583
18.54
※註：1.資料來源，整理自審計部107年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告資料(附冊-非營業部分)。
各基金107年度固定資產建設改良擴充計畫執行率低於8成者計有22個，而執行率低於7成，且保留數逾可用預算數之3成者計有:國立成功大學附設醫院作業基金、農業作業基金、醫療藥品基金、故宮文物藝術發展基金、核子事故緊急應變基金、農業特別收入基金及衛生福利特別收入基金等7個(詳附表3)
附表3：107年度非營業特種基金固定資產建設改良擴充計畫執行率低於8成者單位：新台幣千元；%
基金別
可用預算數
A
決算數
B
執行率
B÷A
保留數
C
C÷A
營建建設基金
128
99
77.54
0
0
國立臺灣大學附設醫院作業基金
3,600,273
2,298,686
63.85
1,058,999
29.41
國立成功大學附設醫院作業基金
714,044
317,424
44.45
263,856
36.95
國立陽明大學附設醫院作業基金
306,978
172,470
56.18
126,732
41.28
國立社教機構作業基金
629,766
437,770
69.51
100,725
15.99
國立高級中等學校校務基金
4,292,669
2,672,228
62.25
894,542
20.84
經濟作業基金
794,246
567,455
71.45
127,866
16.10
交通作業基金
21,583,086
12,390,637
57.41
5,615,749
26.02
榮民醫療作業基金
5,913,996
4,673,902
79.03
592,757
10.02
科學工業園區管理局作業基金
5,358,649
3,643,259
67.99
285,278
5.32
農業作業基金
958,606
431,720
45.04
525,823
54.85
醫療藥品基金
2,220,420
1,402,202
63.15
690,464
31.10
管制藥品製藥工廠作業基金
221,543
159,192
71.86
55,275
24.95
國立文化機構作業基金
463,224
99,316
21.44
3,140
0.68
故宮文物藝術發展基金
244,070
59,616
24.43
184,452
75.57
學產基金
2,560
939
36.68
98
3.84
核能發電後端營運基金
354,107
37,811
10.68
840
0.24
航港建設基金
7,340,159
5,853,993
79.75
646,592
8.81
核子事故緊急應變基金
26,851
5,208
19.39
17,029
63.42
農業特別收入基金
3,037,537
1,292,655
42.56
1,337,583
44.04
就業安定基金
467,439
368,520
78.84
41,959
8.98
衛生福利特別收入基金
630,683
191,201
30.32
407,320
64.58
※註：1.資料來源，整理自審計部107年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告資料(附冊-非營業部分)
綜上，107年度部分非營業特種基金營運短絀或固定資產建設改良擴充計畫執行率偏低，允宜加強輔導各基金落實開源節流措施，改善營運短絀，及督促其切實依預算分期實施計畫定期檢討各項計畫執行情形，俾提升預算執行績效。