主計總處109年度預算案「中央總預算核編及執行」業務計畫項下「地方政府主計業務之督導與查核」分支計畫預算編列68萬9千元，辦理督導地方政府預算編製及執行等工作。中央政府為平衡地方財政，每年透過一般性補助款挹注直轄市及縣市政府財源，並訂定預警機制與相關考核規定，按考核結果增減分配補助款，109年度中央對地方政府一般性補助款編列1,429億元、專案補助款編列333億元，共1,762億元，占總預算歲出2兆1,022億元之8.38%。經查：
(一)主計總處賡續推動地方預算編列及執行之預警項目考核，以加強督導地方預算籌編與執行
依中央對直轄市與縣(市)政府計畫及預算考核要點規定，行政院評定各直轄市及縣(市)政府施政計畫及預算執行情形考核成績，據以增加或減少其當年度或以後年度所獲之一般性補助款。主計總處為避免地方政府未能衡酌財政負擔能力，競相編列超過一致標準之社會福利支出或未能節省人事費用及興建不符經濟效益之建設、過度辦理消費性活動，致使年度財務收支失衡現象更加窘迫，且以高估上級政府補助收入作為彌平差短達成年度預算平衡之假象，已於100年度建置地方政府預算編列及執行預警機制，並修正公布「行政院主計總處對地方預算編列及執行預警項目表」，自108年1月1日實施，期能導正地方政府財政持續惡化狀況，端正地方政府預算編列紀律。
(二)現行中央依考核結果對地方政府增減一般性補助款之比率甚低，激勵課責效果有限
依據101至107年度地方政府預算編列及執行預警結果總表分析，部分107年度預警項目缺失雖較106年度略有改善，惟各縣市皆有社會福利支出超過一致性標準編列之情形，且共同性費用項目編列超逾標準之縣市仍達18個，超編金額約1.1億元，尚有部分縣市預算發生差短或自有財源偏低，仍調降地方稅，影響財政健全等缺失，顯示財政紀律仍待加強。近2年度中央對地方政府計畫及預算考核結果增減一般性補助款分配數之情形如下(詳附表1)：
1.106年度一般性補助款實際撥付數1,327億6,977萬9千元考核結果增加者計有14市縣，減少者計有8市縣，增加最多者為基隆市415萬元(0.08%)，減少最多者為台中市768萬5千元(-0.09%)，僅相差1,183萬5千元。
2.107年度一般性補助款實際撥付數1,351億2,490萬4千元，考核結果增加者計有17市縣，減少者計有5市縣，其中增加最多者為花蓮縣198萬7千元(0.03%)，減少最多者為雲林縣582萬9千元(-0.08%)，相差781萬6千元，差距較106年度縮小，且相較於總額1,351餘億元之補助款，差距極微且占比偏低(詳附表1)，恐難具激勵課責效果。
附表1：106年度及107年度中央依考核結果對直轄市及縣市政府之一般性補助款增減分配金額及占比表 單位：新臺幣千元；%
年度
106年度
107年度
市縣別
依考核結果增減分配數(A)
實際撥付數(B)
增減比率(A/B)
依考核結果增減分配數(A)
實際撥付數(B)
增減比率(A/B)
合計
0
132,769,779
-
0
135,124,904
-
臺北市
2,763
9,145,060
0.03%
927
7,789,795
0.01%
新北市
2,052
8,265,542
0.02%
907
7,102,823
0.01%
桃園市
1,921
5,850,101
0.03%
699
5,274,516
0.01%
臺中市
-7,685
8,963,501
-0.09%
631
7,958,054
0.01%
臺南市
2,113
10,185,082
0.02%
861
10,939,675
0.01%
高雄市
2,989
13,805,275
0.02%
1,331
13,154,510
0.01%
基隆市
4,150
5,032,417
0.08%
1,697
5,465,157
0.03%
宜蘭縣
3,926
4,247,583
0.09%
1,780
4,687,698
0.04%
新竹縣
-4,130
2,756,628
-0.15%
981
3,048,449
0.03%
新竹市
2,235
2,544,229
0.09%
-5,109
2,468,944
-0.21%
苗栗縣
-1,057
4,521,597
-0.02%
-1,141
5,114,886
-0.02%
彰化縣
-7,194
9,170,161
-0.08%
1,589
10,000,549
0.02%
南投縣
3,048
6,468,742
0.05%
1,291
6,857,692
0.02%
雲林縣
-5,846
6,369,202
-0.09%
-5,829
6,966,570
-0.08%
嘉義縣
-4,766
6,307,634
-0.08%
1,009
6,744,024
0.01%
嘉義市
3,368
3,712,570
0.09%
1,620
3,965,239
0.04%
屏東縣
4,076
10,286,674
0.04%
1,899
11,084,857
0.02%
花蓮縣
3,859
5,393,097
0.07%
1,987
5,855,531
0.03%
臺東縣
3,632
4,640,145
0.08%
1,626
5,244,179
0.03%
澎湖縣
2,089
3,115,448
0.07%
706
3,369,140
0.02%
金門縣
-6,505
1,007,466
-0.65%
-4,424
1,034,716
-0.43%
連江縣
-5,038
981,625
-0.51%
-5,038
997,900
-0.50%
※註：1.資料來源，整理自行政院主計總處提供資料。
綜上，中央對地方政府之一般性補助款逾九成依公式設算，餘依考核結果增減分配，雖公式及保留之占比不同，將影響各地方政府之財政收入。惟106年度及107年度中央依考核結果對地方政府增減一般性補助款之比率皆未達1%，激勵課責效果有限，允宜研謀有效課責機制，俾督促地方政府嚴守財政紀律。