審計部審核中央政府總決算並依法提出審核報告，其內容除最終審定數額表外，並依決算法第23條：「審計機關審核各機關或各基金決算，應注意左列效能：一、違法失職或不當情事之有無。二、預算數之超過或剩餘。三、施政計畫、事業計畫或營業計畫已成與未成之程度。四、經濟與不經濟之程度。五、施政效能或營業效能之程度，及與同類機關或基金之比較。六、其他有關決算事項。」第24條：「審計機關審核政府總決算，應注意左列效能：一、歲入、歲出是否與預算相符，如不相符，其不符之原因。二、歲入、歲出是否平衡，如不平衡，其不平衡之原因。三、歲入、歲出是否與國民經濟能力及其發展相適應。四、歲入、歲出是否與國家施政方針相適應。五、各方所擬關於歲入、歲出應行改善之意見。」第26條：「審計長於中央政府總決算送達後3個月內完成其審核，編造最終審定數額表，並提出審核報告於立法院。」等規定提出重要審核意見。
參據審計機關重要審核意見追蹤查核情形表(詳附表1)，104年度至106年度中央政府總決算仍待繼續改善之項數雖較101年度至103年度為低，惟104年度分類項目新增處理中乙項，爰104年度至106年度仍待繼續改善及處理中項數占比仍逾3成，與101年度至103年度差距不大，顯示審計機關之督導功能容有強化空間，允宜賡續追蹤列管並督促各機關積極檢討改進。
附表1：審計機關重要審核意見追蹤查核情形表(中央政府總決算)
單位：項；%
年度
已改善辦理
仍待繼續改善
處理中
合計
項數
占比
項數
占比
項數
占比
項數
占比
101
178
52.35
162
47.65
(104年度新增)
340
100.00
102
249
65.70
130
34.30
379
100.00
103
219
59.19
151
40.81
370
100.00
104
239
65.30
98
26.78
29
7.92
366
100.00
105
227
67.16
88
26.04
23
6.80
338
100.00
106
218
62.46
92
26.36
39
11.17
349
100.00
※註：1.資料來源，審計部提供。
2.本表數據因四捨五入致有尾差。