109年度國防部主管之國防部、國防部所屬2個單位預算，於其預算書表中依規定格式均載有「年度施政目標」(共10項)、「年度重要施政計畫」(共8項)，所述內容由於彼此業務相互繫屬連貫，在個別單位預算書表中係為一致之表達。該等施政目標及計畫，依國防部於預算書中所述，係「本部依據行政院109年度施政方針，配合中程施政計畫及核定預算，並針對社經情勢變化及未來建軍整備發展需要，編定109年度施政計畫」。惟其有無確實依據行政院所定109年度施政方針，辦理該年度施政目標、計畫之調整擬定，似有疑慮。經查：
(一)各主管機關依規定應依行政院於各年度所定施政方針，擬定各該年度應配合實施之施政計畫
按預算法第30條規定：「行政院應於年度開始九個月前，訂定下年度之施政方針。」同法第32條第1項又規定：「各主管機關遵照施政方針，並依照行政院核定之預算籌編原則及預算編製辦法，擬定其所主管範圍內之施政計畫及事業計畫與歲入、歲出概算，送行政院。」可悉由行政院於年度前所訂定之下年度施政方針，係各主管機關擬定年度施政計畫暨籌編預算之重要依據。是以，行政院訂頒之109年度中央政府總預算編製辦法第12條第1項即明確規定：「各主管機關應依行政院訂定之本年度施政方針及中程施政計畫，擬定本年度施政計畫。」爰各主管機關允應依行政院於各年度所定施政方針，擬定各該年度應配合實施之施政計畫，始能適切達成該年度中央政府整體施政理念。
(二)行政院109年度訂定之施政方針有關國防業務部分，與108年度施政方針所定內容略有不同
檢視行政院109年度訂定之施政方針與國防業務有關部分，計有「前瞻國防及軍事戰略，依『防衛固守、重層嚇阻』戰略，發展聯合及不對稱戰力；…。」、「因應未來作戰需求，引導國防科技研發，帶動國防產業發展；…。」、「提升整體營地運用效益，優化官兵生活環境；…。」、「推動軍事交流合作，運用智庫研究能量，積極尋求具共同戰略利益國家；…。」等4項(詳附表1)。該等內容如與108年度行政院施政方針中同為4項與國防業務有關部分對照，可發現兩者略有不同。行政院在延續既有之重要國防施政項目基礎上，於各年度所定施政方針仍存有若干差異。如附表1之比較表所示，行政院109年度施政方針有關國防業務方面，第1項之「強化聯合情監偵預警能力，掌握區域情勢」、第2項之「貫徹機艦國造」、第3項之「推動精準醫療、智慧醫療管理」、第4項之「深耕全民國防教育，貫徹國防施政透明度，提升軍人形象」等，均為108年度所無，國防部依前述規定，允應據以調整年度施政目標之設定並配合修訂年度重要施政計畫。
附表1：行政院109年度與108年度施政方針有關國防業務部分之比較
行政院109年度施政方針有關國防業務部分
行政院108年度施政方針有關國防業務部分
1.前瞻國防及軍事戰略，依「防衛固守、重層嚇阻」戰略，發展聯合及不對稱戰力；完善配套措施，提升募兵、留營成效；強化聯合情監偵預警能力，掌握區域情勢；務實戰訓工作，快速、有效提升戰力。
1.前瞻國防及軍事戰略，妥善配置國防資源；依「防衛固守、重層嚇阻」軍事戰略，縝密檢討及發展不對稱戰力；完善配套措施，提升募兵、留營成效；有效運用替代役專長，提升政府服務效能及產業研發能量。
2.因應未來作戰需求，引導國防科技研發，帶動國防產業發展；貫徹機艦國造，厚植國防自主能量；落實國防科技管控，防杜機密外洩。
2.從制度面引導國防科技研發，帶動國防產業發展，厚植國防自主能量；落實安全管控機制，防杜國防科技研究成果及關鍵技術遭竊或不當移轉，確保國家安全與利益；掌握新型資安威脅，強化國軍資通安全應處能力。
3.提升整體營地運用效益，優化官兵生活環境；推動精準醫療、智慧醫療管理，落實官兵及眷屬照顧；協力災害防救、防疫等緊急支援任務，確保國人生命財產安全
3.加速國軍營舍整建，充實醫療資源，落實照顧官兵及眷屬；執行救災、救險及防疫作為，展現軍民一家精神。
4.推動軍事交流合作，運用智庫研究能量，積極尋求具共同戰略利益國家；拓展戰略對話與安全合作機會，維護臺海安全與亞太和平穩定；深耕全民國防教育，貫徹國防施政透明度，提升軍人形象。
4.積極尋求具共同戰略利益國家，拓展戰略對話與安全合作機會，推動國際間軍事交流合作，維護臺海安全與亞太和平穩定。
※註：1.資料來源，行政院全球資訊網＞政策與計畫＞施政方針與報告。
2.表內行政院109年度施政方針有關國防業務部分標示之陰影粗體文字，係108年度施政方針所無者。
(三)國防部主管109年度編定之施政目標及重要施政計畫項目，仍續與108年度相同，並未配合年度施政方針之調整適予修訂
惟查閱國防部主管之國防部、國防部所屬2個單位預算109年度預算書表，其載述之年度施政目標為：「一、整合三軍武器系統作戰能力，提升聯合作戰效能。二、勤訓精練，提升官兵基礎戰力。三、招募志願役人力，穩定留營成效。四、鼓勵官兵進修，以滿足各職類專業需求。五、凝聚官兵精神意志、弘揚武德。六、展望國防科技發展趨勢，支援建軍備戰目標。七、積極從事災害防救整備，強化國軍救災效能。八、持續推動與友盟國家軍事交流，拓展戰略對話。九、改善官兵生活環境，持恆推動各項官兵照護措施。十、妥適配置預算資源，提升預算執行效率。」等10項；年度重要施政(工作)計畫則為：「一、厚植聯合戰力。二、強化訓練作為。三、戮力兵制轉型。四、優化人才培育。五、積極國防自主。六、精進災害救援。七、拓展軍事交流。八、落實官兵照顧。」等8項，皆與108年度預算書表所列相同，顯未確實配合年度施政方針之調整而適予修訂，致前揭109年度行政院施政方針所定、有別108年度之重要事項，並未適切配合表達於國防部年度施政目標及計畫中，其109年度預算書表中所稱：「本部依據行政院109年度施政方針，…，編定109年度施政計畫」，與實際容未盡相符。
綜上，國防部109年度施政目標之設定及所提重要施政計畫，並未確實配合行政院揭示之本年度施政方針適予修訂，嗣後允宜檢討改進，俾利政府年度整體施政理念之達成。