國防部總督察長室(下稱總督察長室)為國防部本部單位之一，職司督(監)察、軍紀、施政研考等相關業務，109年度所需各項業務經費，係於國防部「國防政策規劃與督導」業務計畫中，與法律事務司併同編列4,500萬7千元。國防施政之督考與軍風紀之督察事項為該室主要權責，其業務功能能否有效發揮以嚴正軍隊紀律、策進國防施政，攸關外界對部隊風氣、國軍形象之觀感。惟查該室近年就所掌理業務之執行涉有若干缺失，亟待檢討改善，謹說明如下：
(一)總督察長室職司國防督考政策與制度、國防施政研考、軍風紀維護、財務專案督察等多項業務之規劃、督導或執行、考核
總督察長室係國防部依國防部組織法第3條規定所設4司7室之一，其掌理事項依國防部處務規程第8條規定，包括：「一、國防督考政策與制度、施政風險管理制度、施政績效、專案督考之研究、規劃、督導、…。二、重大施政指示、立法院與監察院審議意見、…及國防施政列管案件之督導。三、國防施政研考有關國防資源、資訊與研究發展等計畫至執行之督考成效評估、…及年度國防施政督考總報告之編纂。四、本部與所屬機關重大施政議題之評估、管制建議…之承轉、督導及考核。五、國軍戰術、技術督察政策及督察會報之規劃；執行重大飛行、航行、地面及裝備安全事件復查；…。六、國軍監察人員人事、教育、軍風紀維護及監辦之政策擬訂；…。七、本部所屬…與直屬單位監察（參）官、監察主管之人事…事項之規劃執行。八、國軍軍紀教育之規劃、督導；平、戰時國軍軍紀狀況彙整、分析及報告；訂頒軍紀要求、指示與國軍各級部隊軍紀安全評核審查…。九、受理重大軍風紀、申訴、陳情、檢舉及輿情案件之分辦；…；重大採購、研發、生產軍事投資案件之監辦與協調、督導及考核。十、國軍財務專案督察之規劃、執行、考核及建議。十一、其他有關督察事項。」
(二)總督察長室近年辦理國軍軍紀狀況之彙整報告未盡確實
按「平、戰時國軍軍紀狀況彙整、分析及報告」，係前揭國防部總督察長室規定職掌之一，當應完整蒐集呈報以反映實況，俾為未來策進相關作法或制度改革之參據。惟據審計部107年度中央政府總決算暨附屬單位決算及綜計表審核報告所載，總督察長室近年辦理該項業務核有下述情事：
1.總督察長室管制104至107年度之國軍酒駕477人次，較以交通部公路總局提供資訊檔案篩選具軍人身分酒駕4,720人次，差異甚巨，顯示國軍人員酒駕隱匿未報情形嚴重，暨部分已遭法院刑事判決者未列入軍紀狀況統計件數情事。
2.總督察長室統計國軍100至107年度涉犯賭博罪案件所載，其中103年度1人、104年度3人、107年度3人，惟依司法院103至107年度法學資料檢索系統裁判書查詢結果，國軍人員涉犯賭博罪業經法院判決者，104年度12人、105年度3人、106年度2人、107年度12人，除104年度1人列入統計外，其餘28人均未列入統計。
3.該室統計國軍105至107年度涉犯妨害性自主罪案件各計有3、1、2件，惟依司法院法學資料檢索系統裁判書查詢結果，國防部所屬人員涉犯妨害性自主罪案件（且能查出姓名及服役單位）同期間業經法院判決者各計有2、5、9件，其中屬營內發生之案件共計有9件，亦均未列入統計。
4.總督察長室出具之本(107)年度軍紀狀況統計報告內列之涉犯貪污治罪條例案件僅1件，又同期間列管接獲依上開規定回報之國軍人員疑涉貪污治罪條例案件計17件、地方法院第一審判決貪污治罪條例有罪者計5件。有關其差異原因，據稱係因上開17件案件僅為「疑似」涉犯貪污治罪條例者，因尚未經司法判決故無法逕行認定渠等屬違法案件，惟俟司法判決後又已逾案發年度，故皆不予列計，造成上開軍紀狀況統計報告內列之部分違法案件不具完整性，無法確實反映國軍實際之軍紀狀況。
基於以上各點陳述，審計部於審核報告中提出審核意見，認為總督察長室所提出之軍紀狀況統計報告「無法適正表達軍紀狀況及反映部隊管理軍紀之真實情況」、「難以有效檢討部隊管理及軍紀維護之癥結問題」。
(三)對審計部前密送之採購涉嫌不法案，總督察長室未依職責妥予查處，致國防部被監察院提出糾正
國防部所屬海軍司令部、空軍司令部、空軍軍官官校、空軍航空技術學校及軍備局生產製造中心等採購單位，前辦理「103年度教準部鎮海、嘉華營區營舍整修工程」、「105年度左支部左營廠區莫蘭蒂風損整修工程」等19件採購案，經審計部查核發現：
1.部分得標廠商標比均高於90%，部分廠商屢次以不合格標方式參標，不同投標廠商之投標文件有重大異常關聯等情，嚴重影響採購公平性，惟機關審標人員均未能發現及時處理，致政府採購法規定及工程會相關解釋令（函）形同具文。
2.經審計部密送國防部(總督察長室)查明，國防部卻僅依廠商回函說明，未督促所屬釐清是否涉及不法，並檢討相關人員責任。
3.總督察長室職掌該部軍風紀，本應藉其客觀超然之督察地位，統整發揮機關內控功能，秘密對涉嫌不法之採購案，進行財務稽核及軍紀監察；卻逕將審計部密函轉交所屬國防採購室辦理；國防採購室又層層下轉海軍司令部、空軍司令部、軍備局及其下屬採購單位。
案經審計部函報監察院並經該院107年10月18日審查決議調查，在完成調查後，監察院已於108年6月20日審議通過對國防部提出糾正，並於糾正案文中指出，全案「完全失去審計部密送總督察長室之原意，核有未當」，殊值國防部檢討。
綜上，總督察長室職司國防部督(監)察、軍風紀之管考等事項，為機關內控制度中極重要之權責單位，惟近年辦理國軍軍紀狀況之彙整報告未盡完整確實；又對審計部前密送之採購涉嫌不法案未依職責妥予查處，致國防部被監察院提出糾正，相關缺失均應檢討改善。