海軍司令部109年度於「一般裝備」業務計畫中，就「微型飛彈突擊艇」及「新一代飛彈巡防艦-原型艦籌建」續編第2年預算104萬1千元及9,051萬5千元，另就「高效能艦艇後續量產案（第一批）」續編第4年預算22億1,205萬6千元。按該3項軍事投資建案均規劃委由中科院統籌辦理，然揆各案計畫總經費配置狀況，除支付中科院「造艦管理」費用外，海軍另編「駐場監造」經費。按海軍既已將全案委託中科院統籌辦理，卻需另編經費委託第三方辦理監造技術服務，中科院是否確有儎台統籌辦理及監督能力，恐不無疑慮。經查：
(一)依國防部107年3月令頒規定，未來凡經評估中科院具研發產製能量或主要工項系統整合能力之重大軍備系統統獲個案，將委由中科院統籌辦理
依國防部107年3月30日令頒「國防部重大國防軍備籌建精進作法指導綱要計畫」，其就過往由各軍種辦理計畫擬訂、申購，並依權責續辦招標、訂約及履約管理等全盤獲得事宜提出精進作法，未來凡經評估中科院已具研發產製能量或具主要工項系統整合能力，投資金額達10億元(含)以上重大軍備系統統獲個案，將依相關法令規定按權責核定委由該院統籌辦理，並負責整合國內、外供應商源。
(二)高效能艦艇後續量產案於107年7月調整委託中科院統籌辦理後，海軍司令部另增列中科院造艦管理費3億元
海軍司令部「高效能艦艇後續量產案（第一批）」計畫於106年度開始編列預算後，因配合國防部「重大國防軍備籌建精進作法指導綱要計畫」，海軍司令部爰於107年7月3日修訂整體獲得規劃書，將籌獲方式由「儎台商購、戰系委製」調整為全案委中科院辦理，再由中科院與國內具建造能量船廠簽訂儎臺建造契約，計畫總經費並由原144億3,444萬7千元提高為164億205萬4千元，增列經費19億6,760萬7千元(詳附表1)。依海軍司令部提供修正計畫前後經費明細，除續編駐廠監造預算2億元外，另增列中科院造艦管理費3億元。雖海軍司令部說明表示，造艦管理費係中科院承接全案造艦事務統籌、整合及品質管制衍生之費用，駐廠監造費則係海軍司令部委託國內專業單位協助監督乙方造艦品質之用，然海軍司令部依國防部指導，將籌獲方式由「儎台商購、戰系委製」調整為全案委中科院辦理並增列3億元造艦管理費，其衍生相關經費之必要性，恐有待商榷。
附表1：海軍司令部「高效能艦艇後續量產案（第一批）」計畫107年度修訂整體獲得規劃書之修訂前、後預算需求差異狀況：
單位：新臺幣千元
項目
原核定預算
修訂後預算
預算增(減)數
戰系裝備款
8,496,407
10,439,760
1,943,353
儎臺建造款
4,433,310
4,371,000
(62,310)
整後支援款
1,242,046
1,028,610
(213,436)
造艦管理
-
300,000
300,000
精進設計
48,000
48,000
0
駐廠監造
200,000
200,000
0
資訊軟硬體
8,000
8,000
0
採購作業
6,684
6,684
0
合計
14,434,447
16,402,054
1,967,607
※註：1.資料來源：海軍司令部提供。
2.經電洽海軍司令部表示，「儎臺建造款」及「整後支援款」經費調整，係因推進系統等部分裝備有所調整所致。
(三)海軍司令部就委由中科院統籌辦理之軍艦籌建案，均自行編列駐場監造費，中科院是否確有軍艦儎台統籌建造監督能力，恐有疑慮
除上述「高效能艦艇後續量產案（第一批）」外，另查海軍「微型飛彈突擊艇」及「新一代飛彈巡防艦-原型艦籌建」等2案後續亦均規劃委由中科院統籌辦理。依海軍提供該2案計畫經費額度，除就中科院造艦管理費分別編列4億7,815萬8千元及2億7,366萬5千元外，另就海軍委託第三方辦理監造技術服務編列駐場監造費3億208萬5千元及2億8,000萬元(詳附表2)。按海軍既已將該等重大國防軍備籌建案委由中科院統籌辦理，其在支付中科院造艦管理費之際，仍需自行編列高額駐場監造費以委託第三方辦理儎台監造技術服務，中科院是否確有軍艦儎台統籌建造之監督能力，恐不無疑慮。
附表2：海軍司令部委由中科院統籌辦理計畫及其相關監造管理費編列情形 單位：新台幣千元
計畫名稱
計畫總經費
中科院「造艦管理費」額度海軍「駐場監造」費額度
高效能艦艇後續量產案（第一批）
16,402,054
300,000
200,000
微型飛彈突擊艇
31,638,443
478,158
302,085
新一代飛彈巡防艦-原型艦籌建
24,549,162
273,665
280,000
※註：1.資料來源：海軍司令部提供。
綜上，海軍司令部依國防部令頒「國防部重大國防軍備籌建精進作法指導綱要計畫」，將部分計畫經費逾10億元之重大軍備籌獲案委由中科院統籌辦理，然揆該軍就該等委由中科院統籌辦理建案中，仍就委託第三方辦理監造技術服務編列高額經費，中科院是否確有足夠能力擔負軍艦儎台之統籌建造及監督能力，恐不無疑慮。