中研院109年度預算案「科學研究基金」編列10億2,215萬7千元，較108年度10億3,340萬3千元減少1,124萬6千元(減幅1.09%)。經查：
(一)科研基金允宜妥善規劃整體財務資源，提升資源使用效率，以達成基金設立目的
「科學研究基金」主要係補助及投資中央研究院科學研究基金(以下簡稱科研基金)辦理「培育科技菁英」、「研發能量提升」、「科研環境領航」及「國家生技研究園區」等計畫。
109年度中央及地方政府預算籌編原則第5點規定：「中央及地方政府特種基金預算收支，依下列原則辦理：(一)…債務基金、特別收入基金及資本計畫基金應在法律或政府指定之財源範圍內，妥善規劃整體財務資源，並設法提升資源使用效率，以達成基金設立目的。…。」爰此，科研基金允宜妥善規劃整體財務資源，提升資源使用效率，以達成基金設立目的。
(二)科研基金之基金來源主要來自國庫撥補、政府機關補助及委託研究收入
中研院之科研基金為特別收入基金，基金來源逾9成係來自國庫撥補、政府機關補助及委託研究計畫。104年度至109年度分別為98.58%、98.29%、97.29%、97.10%、94.10%及93.42%(詳附表1)。
附表1：104至109年度科學研究基金之基金來源一覽表
單位：新臺幣千元；%
項 目
104年度
決算數
105年度
決算數
106年度
決算數
107年度
決算數
108年度
預算(案)數
109年度
預算(案)數
基金來源(2)
7,760,851
7,396,986
5,032,210
4,669,025
4,057,910
4,098,991
來自政府
科技部及其他單位補助及委託研究
2,366,574
2,380,763
2,433,523
2,544,104
2,400,000
2,450,000
國庫撥款收入
5,284,367
4,889,437
2,462,540
1,989,438
1,418,487
1,379,327
小 計(1)
7,650,941
7,270,200
4,896,063
4,533,542
3,818,487
3,829,327
基金來源來自政府之占比(1)/(2)
98.58
98.29
97.29
97.10
94.10
93.42
※註：1.資料來源，中研院提供；本報告整理。
(三)科研基金部分計畫之預算執行未達預期，致暫列賸餘經費留存基金，而容待後續執行，允宜依計畫期程，強化執行績效，並逐年檢討補助及投資金額，俾提升預算執行效能
106年度中研院補助及投資科研基金辦理培育科技菁英計畫等3項計畫，該3項計畫決算賸餘2億2,415萬2千元，加計國家生技研究園區計畫決算短絀13億919萬3千元，合計短絀10億8,504萬1千元；107年度中研院補助及投資科研基金辦理培育科技菁英計畫等3項計畫，該3項計畫決算賸餘1億4,059萬7千元，加計國家生技研究園區計畫決算短絀37億7,626萬4千元，合計短絀36億3,566萬7千元(詳附表2)。
中研院公務預算投資及補助科研基金，惟該基金執行之各項計畫多有賸餘，例如107年度培育科技菁英計畫執行率40.68%、臺灣人體生物資料庫計畫執行率81.59%，致計畫執行賸餘款留存基金；而國家生技研究園區計畫107年度辦理以往延宕工程，致大幅超逾預算支應，並減少期末基金餘額。爰此，科研基金部分計畫之預算執行未達預期，致賸餘經費留存基金，而容待後續執行，允宜按計畫進程，強化執行績效，並檢討補助及投資金額，俾提升預算執行效能。
綜上，科研基金之基金來源主要來自國庫撥補、政府機關補助及委託研究收入，惟科研基金部分計畫之預算執行未達預期，致賸餘經費留存，逐年累增，允宜按計畫執行績效，檢討補助及投資金額，俾提升預算執行效能。
附表2：106及107年度中研院補助科學研究基金研究計畫之預決算執行情形
單位：新臺幣千元
中研院
單位預算工作計畫
科研基金附屬單位
預算業務計畫
106年度
107年度
預算數
決算數
賸餘數
預算數
決算數
賸餘數
主題研究與人才培育-科學研究基金
培育科技菁英計畫
13,179
9,888
3,29113,000
5,288
7,712
研發能量提升計畫
創新轉譯農學研究計畫
106,599
91,215
15,384
-
-
-
重大疾病之新藥與疫苗研發計畫
186,425
181,594
4,831
149,074
135,875
13,199
深度減碳，邁向永續社會計畫
75,000
71,927
3,073
60,000
55,570
4,430
深度減碳之研發計畫
25,000
24,968
32
-
-
-
全球衛生安全-追求防疫一體之傳染病整合防治計畫
24,000
21,950
2,050
24,000
23,181
819
發展新世代臺灣癌症之精準醫療路徑圖計畫
-
-
-
105,024
102,724
2,300
新興農業生物技術計畫
-
-
-
112,000
102,424
9,576
動物保健產業及安全防護科技創新開發計畫
-
-
-
12,000
11,899
101
科研環境領航計畫
臺灣人體生物資料庫計畫
600,000
437,107
162,893
550,081
448,836
101,245
健康雲跨領域研究計畫
45,761
35,102
10,659
45,758
37,114
8,644
打造世界級蛋白質研發重鎮
138,000
121,187
16,813
120,796
131,762
(10,966)
生技醫藥轉譯創新發展計畫
98,046
92,920
5,126
100,290
96,929
3,361
農業資源循環暨農能共構之產業創新計畫
-
-
-
9,000
8,972
28
臺灣重要作物核心種源基因體資源開發及快速育種平臺之建置計畫
-
-
-
20,000
19,852
148
-
合 計(1)
1,312,010
1,087,858
224,152
1,321,023
1,180,426
140,597
國家生技研究園區計畫
科研環境領航計畫-國家生技研究園區計畫(2)
1,171,455
2,480,648
(1,309,193)
659,327
4,435,591
(3,776,264)
-
總 計(1)+(2)
2,483,465
3,568,506
(1,085,041)
1,980,350
5,616,017
(3,635,667)
※註：1.資料來源，中研院提供。
2.106及107年度中研院單位預算「主題研究與人才培育」工作計畫-「科學研究基金」分支計畫及「國家生技研究園區」工作計畫，自108年度改列「科學研究基金」工作計畫項下。