國研院109年度編列總收入70億626萬1千元，其中「政府補助預算收入」58億4,884萬6千元，占總收入之82.81%，為主要收入來源。經查：
(一)近年度設定獲得專利件數目標均已達成
國研院主要績效展現於服務、研發、育才及營運等範疇，其中於研發範疇之獲得專利數109年度目標值為165件。105年度至107年度獲得專利數目標值分別為138件、141件及151件，達成值分別為174件、179件及178件(詳附表1)，均已超逾目標值。
附表1：國研院105年度至107年度獲得專利件數目標達成情形
單位：件
項目
105年度
106年度
107年度
108年度
109年度
目標值
138
141
151
153
165
達成值
174
179
178
—
—
※註：1.資料來源，國研院各年度預算書，本報告整理。
(二)已取得專利應用情形未盡理想
1.國研院97年度至107年度研發共申請858件專利，取得667件專利，僅87件專利授權運用，占全部取得專利之13.04%。其中如太空中心已取得專利數38件，卻未曾授權等；國網中心取得76件，僅授權1件；儀科中心取得專利數257件，亦僅授權6件。
2.又國研院97年度至107年度專利權相關權利金收入為1億1,269萬7千元，低於專利申請及維護費合計數1億1,497萬5千元。檢視各中心除國震中心相關專利權利金收入高於專利申請及維護費合計數外，餘均低於專利申請及維護費合計數(詳附表2)，允宜持續強化專利之應用。
綜上，國研院專利相關權利金收入不敷申請及維護費，部分中心專利授權數偏低或未曾授權，允宜持續強化專利之應用。
附表2：國研院97年度至107年度專利申請運用及相關收支概況
單位：件、新臺幣千元
國研院各中心
申請數
獲證數
授權數
申請費(A)
維護費(B)
申請及維護費(C=A+B)
相關權利金收入
晶片
117
84
27
13,759
1,911
15,670
10,823
儀科
281
257
6
21,423
15,390
36,813
1,644
國網
121
76
1
10,861
4,916
15,777
4,200
國震
150
108
33
17,552
5,502
23,054
89,315
奈米
114
86
19
12,124
5,348
17,472
6,590
動物
4
4
0
201
35
236
0
太空
57
38
0
4,257
1,268
5,525
0
科政
1
1
0
42
11
53
0
海洋
13
13
1
262
98
360
125
颱洪
0
0
0
15
0
15
0
合計
858
667
87
80,496
34,479
114,975
112,697
※註：1.資料來源，國研院提供，本報告整理。
2.據國研院表示，颱洪中心及海洋中心於103年度技術合作研究產出研發成果，雙方分攤專利申請費用，並由海洋中心主辦專利申請，本筆專利申請僅統計於海洋中心專利申請件數。
3.本表不含外部使用者獲得專利數。