科學園區基金109年度預算案編列污水處理收入25億2,608萬9千元，污水處理成本26億8,067萬7千元，收支相抵後短絀1億5,458萬8千元，較108年度短絀數2億6,727萬6千元，減少1億1,268萬8千元（減幅42.16%）。查104至109年度污水處理收支相抵後皆呈短絀，徒增基金營運負擔。分述如下：
(一)污水處理費用均入不敷出，且實際(決算)短絀數呈增加趨勢
科學園區進駐廠商排放之工業污水，依科學工業園區污水處理及污水下水道使用管理辦法第5條第1項：「園區內公民營事業及機關學校之廢(污)水符合下水道可容納排入之水質標準(以下簡稱容許標準)者，始得排入污水下水道；未符合容許標準者，應設置預先處理設施，處理至符合容許標準後，始得排入污水下水道。…。」規定，園區將全區污水彙集至污水處理廠，俟處理符合放流標準後再行放流。
近年度科學園區基金污水處理決算均入不敷出，104年度污水處理短絀4億245萬9千元，至105年度短絀數增加為5億17萬1千元，106年度短絀數仍有4億8,359萬7千元，107年度短絀數再增加為5億6,117萬5千元（以上為決算數），實際發生之短絀數呈增加趨勢；108年度預算案編列短絀2億6,727萬6千元，109年度預算案編列短絀數1億5,458萬8千元，爰近6年每年皆短絀，累計近6年短絀數預計達23億6,926萬6千元(詳附表1)。
附表1：科學園區基金104至109年度污水處理收入與成本比較表 單位：新臺幣千元
年度
污水處理收入
污水處理成本
污水處理餘絀
104
決算
1,462,708
1,865,167
-402,459
105
決算
1,474,140
1,974,311
-500,171
106
決算
1,794,951
2,278,548
-483,597
107
決算
1,803,391
2,364,566
-561,175
108
預算案
2,494,655
2,761,931
-267,276
109
預算案
2,526,089
2,680,677
-154,588
合計數
11,555,934
13,925,200
-2,369,266
※註：1.資料來源，科技部提供。
(二)各園區污水處理收費未能確實反映成本，允宜管控成本並秉持使用者付費原則，持續檢討收費合理性
1.污水處理費未能確實反應成本，主要係因污水處理支出成本受污水處理廠設備、燃料費、水電費、專業服務費及污泥處理費等之成長而增加。污水處理收入則以廠商排放水量及水質計價，而廠商汙水排放量與產能及景氣有關，水質部分因廠商持續投入改善設備，使水質逐漸提升，致影響污水處理費之收取。另宜蘭園區及銅鑼園區之污水處理廠係分別於103年及104年新建啟用，因進駐廠商不足致收入減少，且需攤提建造成本及設備折舊費用，均為造成短絀之主因。
2.新竹科學園區管理局已於102年度完成各園區納管標準修訂及費用調整並公告實施。其中新竹園區103年度已達收支平衡，其餘園區倘依實際建置成本及水量計算，立即調高污水下水道使用收費標準，則進駐廠商所需分擔成本過高，將影響廠商進駐意願；宜俟入區廠商家數趨近飽和及營運水量成長後，再適時檢討調整污水下水道使用收費標準。中部科學園區管理局已於107年6月1日增訂及公告各園區納管水質暨收費標準，期能對污水處理收入有所助益。南部科學園區管理局於107年7月6日新修訂南部科學園區台南園區暨高雄園區污水下水道容許標準暨收費標準，收入尚能支應成本。
3.為降低科學園區基金成本負擔，開源節流並持續檢討污水處理收費合理性，各管理局依科學工業園區污水處理及污水下水道使用管理辦法第14條規定，訂定各園區基地下水道使用費計價基準，據以收費。查109年度預算案計有11個園區編列污水處理收入與支出，其中5個園區入不敷出，包括龍潭園區、銅鑼園區、宜蘭園區、虎尾園區及后里園區，上開園區之污水處理單位收入均遠低於單位成本(詳附表2)；為降低科學園區基金成本負擔，並符合使用者付費原則，允宜持續管控處理成本並檢討收費合理性。
附表2：109度科學園區基金各園區預計污水處理損益、單位收入與成本比較表
園區
衛星園區
汙水處理餘絀(千元)
每立方公尺
收入單價(元)
每立方公尺
處理成本(元)
新竹
科學
園區新竹園區
78,117
15.5
13.64
竹南園區
56,417
25.1
18.07
龍潭園區
-76,291
16.95
41.54
銅鑼園區
-65,224
26.5
145.63
宜蘭園區
-22,971
20
229.78
小計
-29,952
-
-
中部
科學
園區
臺中園區
73,390
15.94
14.00
后里園區
-173,822
15.94
34.26
虎尾園區
-38,798
11.00
92.77
小計
-139,230
-
-
南部
科學
園區
臺南園區
12,046
16.5
16.2
高雄園區
2,548
16.5
16.2
小計
14,594
-
-
三園區合計
-154,588
※註：1.資料來源，科技部提供。
綜上，科學園區基金污水處理費入不敷出，且實際短絀數呈增加趨勢，部分衛星園區污水處理收入未能反映處理成本，增加基金營運負擔，允宜採取開源節流，以收支平衡為目標，管控處理成本並檢討及調整園區納管容許標準及污水下水道使用費收費辦法，以定期檢討收入及支出之合理性，俾符合使用者付費原則。