海保署為強化台灣海洋環境保護及資源永續，並落實海洋保育工作，109年度預算案於「海洋保育業務」編列1億5,513萬4千元，較108年度預算數1億35萬元增加5,478萬4千元，增幅54.59%。經查：
(一)海洋保護區業務多有重疊且法令不一，亟待完備相關法制規範
我國海洋保護區分別依據野生動物保育法、漁業法、國家公園法、都市計畫法、文化資產保存法、發展觀光條例（含風景特定管理區管理規則、水域遊憩活動管理辦法）等不同目的事業主管法規劃設，中央權責機關分別為海保署、農業委員會漁業署、內政部營建署、農業委員會林務局、交通部觀光局。據海保署統計，截至107 年底止，各機關依上述目的事業主管法規劃設之海洋保護區，計有41 個，加計農業委員會（漁業署）依漁業法相關規定規範之「相關漁具漁法及特定漁業禁漁區」，我國海洋保護區面積為3 萬951.89平方公里，占我國12 浬海域面積（6 萬5,076.96 平方公里）之47.562%(詳附表1)。
據農業委員會漁業署全球資訊網公開資料顯示，現行與海洋保育有關之規範事項，散布於不同目的事業主管法規，權責機關依其主管法規，劃設不同類型海洋保護區，並配合各縣市政府轄管區域管理與執行，海洋保護區業務多有重疊且各權責機關法令不一，尚待檢討整合。
又依審計部抽查海洋委員會及所屬107年度財務收支之審核通知所載：「我國海洋保護區之認定標準及計算基礎未臻一致，且缺乏長期及完整之海域監測與調查資料，致無法評估海洋保護區管理成效…。」是以，該署允宜儘速協調相關權責機關意見，整合並劃設海洋保護區認定標準及計算基礎，以提升海洋保護區管理成效。
附表1：國內已有法令依據之海洋保護區資料彙整表
海洋保護區類型
權責機關
法令依據
面積(平方公里)
占現有海洋保護區面積比率
占12浬海域面積比率
備註
相關漁具漁法及特定漁業禁漁區
農委會漁業署
漁業法
26,453.86
85.468%
40.650%
漁業資源保育區
農委會漁業署
漁業法
50.86
0.164%
0.078%
國家公園海域保護區
東沙環礁國家公園
內政部營建署（海洋國家公園管理處）
國家公園法
3,534.89
11.421%
5.432%
澎湖南方四島國家公園
354.7333
1.146%
0.545%
該等海域範圍，除台江國家公園有4.3 km2 未與 3海浬禁漁區重疊外，餘均與禁漁區重疊。
台江國家公園
內政部營建署（台江國家公園管理處）
356.411
1.151%
0.548%
墾丁國家公園
內政部營建署（墾丁國家公園管理處）
148.9116
0.481%
0.229%
國家風景特定區
交通部觀光局
發展觀光條例
43.8974
0.142%
0.067%
野生動物保護區
海洋保育署
野生動物保育法
7.1521
0.023%
0.011%
自然保留區
農委會林務局
文化資產保存法
1.1718
0.004%
0.002%
總計
30,951.89
100.00%
47.562%
※註：1.資料來源，農委會漁業署；資料截至107年12月底止。
2.台灣距岸12浬內水域面積為6萬5,076.96平方公里。
(二)截至108年9月底該署現有預算員額進用率已逾8成，允宜持續配合業務需要有效運用人力
海保署成立後設立綜合規劃組、海洋生物保育組、海洋環境管理組等3個業務單位，另設立秘書室、人事室、政風室、主計室等幕僚單位，其中綜合規劃組、海洋生物保育組、海洋環境管理組、秘書室等4個單位之編制員額計103人。據海委會提供之資料，截至108年9月底止，海洋委員會及所屬實際員額1萬2,011人，占上述預算員額1萬2,626人，進用率95%。其中海保署現有員額66人，占預算員額81人之81%(詳附表2)，進用率已逾8成，允宜持續配合業務需要有效運用人力，以利海洋保育相關事務之遂行。
附表2：海洋委員會及所屬現有人力情形表 單位:人
單位單位數
編制員額
預算員額
實際員額
進用率
海洋委員會
1
147
124
118
95%
海洋保育署
1
103
81
66
81%
海巡署及所屬
10
註313,476
註412,343
註511,778
95%
國家海洋研究院
1
80
78
49
63%
合計
13
13,806
12,626
12,011
95%
※註：1.資料來源，海洋委員會提供；本中心整理。
2.行政院108年6月19日同意核增海委會預算員額12員，海巡署及所屬機關112員，海洋保育署預算員額24員。
3.海巡署編制員額13,476員，包含編制6,450員及編組7,026員。
4.海巡署編制員額12,343員，包含編制6,226員及編組6,117員。
5.海巡署編制員額11,778員，包含編制5,905員及編組5,873員。
6.資料截至108年9月底止。
7.預算員額進用率=現有員額/預算員額(%)。
綜上，海洋保育署截至108年8月底現有預算員額進用率已逾8成，允宜持續配合業務需要有效運用人力，以利海洋保育相關事務之遂行；另海洋保護區業務多有重疊且法令不一，亟待完備相關法制規範，以提升海洋保護區管理成效。