國家安全局(以下簡稱國安局)係單獨立法之機關，惟109年度預算仍循往例寄列於國防部主管預算內，其機密預算部分係以「定遠專案」代號寄列於國防部機密預算，公開預算部分則以「情報行政」業務計畫寄列於國防部所屬單位預算。經查：

(一)國安局隸屬於國家安全會議(以下簡稱國安會)，並非國防部

依憲法增修條文第2條第4項規定：「總統為決定國家安全有關大政方針，得設國家安全會議及所屬國家安全局，其組織以法律定之。」另國家安全會議組織法第8條規定：「國家安全會議及其所屬國家安全局應受立法院之監督，國家安全局組織另以法律定之。」復依國家安全局組織法第2條規定：「國家安全局隸屬於國家安全會議，…。」可悉，國安局係直接隸屬於國安會，國安會為其上級機關，並非國防部，其年度預算寄列於國防部，實有未妥。

(二)國安局機密預算之編列、執行及決算審查，得由有關機關以機密方式處理之，但公開部分仍應依照預算法之規定辦理

預算法第1條第1項規定：「中華民國中央政府預算之籌劃、編造、審議、成立及執行，依本法之規定。」又國家安全局組織法第9條第1項規定：「本局之部分預算得列為機密，應受立法院秘密審查；其預算編列、執行及決算審查，由有關機關以機密方式處理之。」100年12月30日修訂之國家安全局組織法，僅規範該局之機密預算得由有關機關處理之(目前為國防部)，其公開預算部分，仍應依預算法之規定辦理，不應再循往例，繼續寄列於國防部所屬單位預算內，允應儘速依規定檢討改正其預算編製方式。

(三)國安局係單獨立法之機關，宜獨立編製單位預算

依預算法第18條規定：「左列預算為單位預算：一、在公務機關，有法定預算之機關單位之預算。…。」另依109年度中央政府總預算編製辦法第3條第2項規定：「中央政府總預算機關單位之分級，區分為主管機關、單位預算及單位預算之分預算三級。」而「中央政府各級機關單位分級表」中規定單位預算具備之要件為：「單位預算之編列，…，應以編列機關之組織係單獨立法（僅指組織法、組織條例及組織通則）設置者為限…。」國安局之組織係以法律定之，並制定「國家安全局組織法」，當應依預算法之規定編列單位預算。

(四)國安會為國安局上級機關，宜善盡督導之責，督促國安局依規定編製單位預算

政府機關組織在設計上具有上下隸屬、層層節制之機制，以通力配合完成任務，達成國家整體利益為目標。在運作上，上級機關對下級機關有指揮監督之權責，下級機關則有服從上級機關指揮之義務。國安會為國安局之上級機關，允應行使其指揮監督之權，督促該局儘速依規定編製單位預算。

綜上，本院於103年度、104年度及105年度審查中央政府總預算案時均曾作成決議，要求國安局針對預算編製方式檢討改進，惟109年度國安局仍循往例將全部預算續寄列於國防部主管預算內，除未依法行政外，亦未依本院決議辦理。國安會為其上級機關，宜督促該局儘速依規定編製單位預算，以符體制。