離島建設基金109年度預計短絀8億9,330萬3千元，較108年度預算短絀增加7萬1千元，增幅0.01%。經查：
(一)成立迄今基金來源主要仰賴國庫撥款
離島基金自90年度成立，預計至109年度止，基金來源總額313億7,904萬5千元，主要收入係國庫撥款收入300億元，占比95.61%，其次為利息收入-基金孳息8億6,515萬5千元及雜項收入（主要係收回補助計畫結餘款）4億5,662萬元，占比分別為2.76%及1.46%，其他收入金額及占比均甚微（詳附表1）。
附表1：離島基金歷年基金來源明細表 單位：新臺幣千元
年度
國庫撥款
收入
利息收入－
基金孳息
雜項收入
違約罰款
收入
利息收入－
貸款
合計
90-99
30,000,000
466,276
390,556
22,049
6
30,878,887
100
0
74,106
25,739
0
4
99,849
101
0
71,677
6,199
6,632
3
84,511
102
0
66,019
6,521
2,471
3
75,014
103
0
58,165
2,442
10,025
2
70,634
104
0
47,594
1,556
4,381
2
53,533
105
0
35,623
4,500
9,803
2
49,928
106
0
26,673
5,075
713
1
32,462
107
0
18,142
752
976
1
19,871
108
0
478
6,640
0
98
7,216
109
0
402
6,640
0
98
7,140
合計
30,000,000
865,155
456,620
57,050
220
31,379,045
※註：1.資料來源，離島基金提供資料及108與109年度預算書。
2.107年度以前為決算數，108及109年度為預算案數。
(二)100年度起離島基金收入減少，致連年發生短絀，基金餘額逐年降低
國庫依離島建設條例於90至99年度撥足基金額度300億元，自100年度起不再撥補，離島基金之基金來源逐年減少，無法支應各項業務計畫所需經費，致連年發生短絀，基金餘額由100年度97億4,781萬3千元逐年縮減，預計至109年底基金餘額僅餘26億1,426萬4千元（詳附表2）。
附表2：離島基金100年至109年基金來源、用途及餘絀一覽表
單位：新臺幣千元
年度
基金來源
基金用途
本期賸餘(短絀-)
期末基金餘額
100
99,849
1,088,345
-988,497
9,747,813
101
84,511
965,491
-880,980
8,866,832
102
75,014
1,175,673
-1,100,658
7,766,174
103
70,634
892,080
-821,445
6,944,728
104
53,533
509,121
-455,588
6,489,140
105
49,928
664,419
-614,491
5,874,649
106
32,462
719,638
-687,176
5,187,473
107
19,871
806,544
-786,673
4,400,799
108
7,216
900,448
-893,232
3,519,595
109
7,140
900,443
-893,303
2,614,264
※註：1.資料來源，離島基金歷年預、決算書。
2.107年度以前為決算數，108及109年度為預算案數。
(三)以目前收支水準估算約可再維持營運3至4年
倘國庫不再撥補，以該基金107年度決算、108年度及109年度預算案之基金來源平均數0.11億元，估列未來年度收入，並以107年度決算、108年度及109年度預算案之基金用途平均數約8.69億元，估計未來支出水準，收支相抵後，估算平均年度短絀約8.58億元，以109年底預估基金餘額26.14億元，僅可再支應離島建設業務經費需求3.05年，允宜儘速妥謀善策，俾利基金之永續經營。
綜上，離島基金成立迄今主要財源為國庫撥款，自100年度起不再撥補，離島基金之基金來源逐年減少，連年發生短絀，基金餘額逐年降低，為協助離島地區永續發展，允宜儘速妥謀善策。