由於行政法人所辦理事項均屬公共事務，涉及公共利益甚深，為增進或維護其業務所涉公共利益，使各行政法人得以相對較行政機關更具效率地達成被賦予之任務目標，而不致成為政府之負擔或為民眾所詬病，英、日兩國對於行政法人之監督機制均至為重視。在內部監督方面，我國雖於行政法人法第4條第1項規定：「行政法人應擬訂人事管理、會計制度、內部控制、稽核作業及其他規章，提經董（理）事會通過後，報請監督機關備查。」然因仍欠缺由政府主導之通案性基本架構規定，恐形成各行政法人各行其是、內控機制寬嚴不一現象。另在外部監督方面，我國行政法人法雖明定監督機關對行政法人之監督權限並仿效英、日定有對其辦理績效評鑑之規定，然由於在整體外部監督體制有關利害衝突部分未能適予規範限制，致有如國家中山科學研究院以其監督機關之首長(國防部部長)兼為法定董事長之情事，形成「球員兼裁判」現象，恐不利外部監督機制之有效運作。