將人事制度鬆綁，俾使行政法人得以從專業考量彈性進用所需人員，不受如行政機關(構)之公務人員相關用人資格限制，乃行政機關何以需改制行政法人之重要考量因素。然為保障改制前原行政機關(構)現職公務人員之權益，對於該等隨同移轉至行政法人之公務人員，行政院係採「保留身分、權益不變」之原則辦理，惟此方式恐使該行政法人於改制初期產生下列兩種可能之弊病：

1.原行政機關(構)現職公務人員多數均隨同移轉至行政法人，使該行政法人之運作多仍由原機關(構)公務人員執行，其機關文化及做事方法與改制前並無二致，欲求專業化及效率之提升，短期內恐難以期待。

2.原行政機關(構)現職公務人員僅部分隨同移轉至行政法人，同時依需用進用若干專業性、不具公務人員身分人員，致該行政法人於改制之初，有具公務人員權益保障身分者與不具公務人員身分之專業人士兩類人員，共同執行該行政法人負責之公共事務，該兩類人員於同一組織適用兩套不同之人事及薪給制度，恐產生同工不同酬、彼此區分對立等組織管理上之困擾。

上揭兩種行政機關(構)改制行政法人初期人事管理上可能產生之弊病，對該法人之績效表現恐將產生相當程度之負面影響，當值行政院重視並研提相關對策。