由於農業用水標的乾旱忍受度較高，近年來政府因應乾旱之策略，係以稻作休耕停灌方式供應其他標的用水為主。統計全台近40年來因乾旱休耕停灌面積累計近35萬公頃(詳附表4-12)。經查：
(一)休耕停灌補償經費逐年提高
依照農業用水調度使用協調作業要點規定，現行農業停灌補償標準係以政府最近發布之農業年報所訂被調用地區之農家賺款，加計百分之5反映物價之成長為計算依據。由於97年以後農家賺款連年增加，致休耕補償經費逐年提高，如98年第1期稻作農家賺款每公頃僅7萬6千元；104年第1期已提高至8萬5千元；另104年第1期稻作休耕新增農貸利息由政府補貼之優惠，加重財政負擔。
(二)現行分攤休耕補助方式不符使用者付費原則
依照農業用水調度使用協調作業要點規定，因乾旱辦理農業用水調度移用，需水單位(即自來水公司)應就調用水源、調用期限、補償金額及補償給付方等先行與被調用水量者(如桃園、石門及新竹農田水利會)進行協商辦理，相關經費由需水單位負擔。
農委會考量公告停灌休耕有助調降稻米生產面積政策，爰依調整耕作制度活化農地計畫，與台水公司、經濟部等單位共同分擔補償費。統計91年度至100年度農委會分擔費用計達36億1,492萬元，占全部補償費之46.04％(詳附表4-13)。惟查調整耕作制度活化農地計畫係加強符合基期年休耕農田之農地管理，已由原計畫獎勵「水稻田休耕」改為獎勵「農地活化轉化」之政策目標，與停灌之目的有別，農委會卻仍依循慣例與其他用水單位共同分擔補償費，需水單位卻未建立機制向用水戶徵收調撥之用水費，不符使用者付費原則，實有欠妥。
附表4-12：全台近40年因乾旱公告事件稻作停灌地區及面積統計表
年度
乾旱缺水影響區域
公告稻作停灌地區及面積
69
中、南部
臺東、北基、石門農田水利會共停灌37,000公頃
73
中、南部
臺東、北基、桃園及石門農田水利會共停灌46,000公頃
74
嘉義、臺南
嘉南農田水利會停灌18,000公頃
77
中部
臺中農田水利會停灌7,000餘公頃
81
嘉義、臺南
嘉南農田水利會停灌17,000公頃
83
全臺灣
嘉南農田水利會停灌10,000公頃
85
西部地區
西半部各水利會公告停灌82,667公頃，實際停灌11,000公頃
91
桃園、新竹
石門及新竹農田水利會共停灌15,000公頃
92
桃園、新竹
桃園及新竹農田水利會共停灌27,646公頃
93
桃園、新竹、苗栗、嘉義、臺南
桃園、石門、新竹、苗栗及嘉南農田水利會共停灌65,385 公頃
95
桃園、新竹、苗栗
桃園、新竹及苗栗農田水利會共停灌30,828公頃
99
苗栗、嘉義、臺南
苗栗及嘉南農田水利會共停灌22,366公頃
104
桃園、新竹、苗栗、臺中、嘉南
桃園、新竹、苗栗、臺中及嘉南農田水利會共停灌43,659公頃
※註：1.資料來源，農委會提供，本研究整理。
附表4-13：近10年停灌休耕補償經費分擔表
年度
會別
公告停灌面積公頃）
實際停灌面積（公頃）
停灌補償費（新台幣萬元）/（比例）
農委會
水利署
台水公司
國科會
水利會
總計
91
石門、新竹
14,778
10,380
39,790
32,906
21,100
19,745
-
113,541
70.24%
35.04%
28.98%
18.58%
17.39%
-
100.00%
92
桃園、新竹
27,646
18,660
47,006
22,381
18,500
18,500
-
106,387
67.50%
44.18%
21.04%
17.39%
17.39%
-
100.00%
93
桃園、石門、新竹、苗栗、嘉南
65,385
45,289
135,836
60,367
60,158
22,769
-
279,130
69.27%
48.66%
21.63%
21.55%
8.16%
-
100.00%
95
桃園、新竹、苗栗
30,828
21,792
63,944
29,778
29,778
18,653
-
142,153
70.69%
44.98%
20.95%
20.95%
13.12%
-
100.00%
99
苗栗、嘉南
22,366
18,871
74,916
66,722
-
-
-
141,638
84.37%
52.89%
47.11%
-
-
-
100.00%
100
嘉南
644
563
2,341
-
-
-
44
2,385
87.42%
98.16%
-
-
-
1.84%
100.00%
104
桃園、新竹、苗栗、臺中、嘉南
43,659
-
-
-
-
-
-
-
總計
205,306
115,555
361,492
212,154
129,536
79,667
44
785,234
71.49%
46.04%
27.02%
16.50%
10.15%
0.01%
100.00%
※註：1.資料來源，農委會提供，本研究整理。
2.本表科技部包括原屬國科會預算經費。
3.嘉南農田水利會100年年第一期因白河水庫淤積嚴重，有644公頃農田一期非自願性被迫休耕停灌，並非乾旱所致，故與上表編製基礎不同。