河川流域之上、中、下游及海岸分屬不同機關主管，經費及人力等資源隨事權分散於各部會，管理範圍重疊、管制標準不一且未能整體評估流域治理與管理之輕重緩急需要，導致預算資源配置缺乏效率，說明如下：
(一)現行各目的事業分工治理方式，使得有限預算資源過於分散
同一集水區開發與利用，理應整體統籌規劃，俾有限預算資源作合理配置及有效運用；然目前卻由各機關單位採單一計畫、預算方式推動，同一集水區內各項計畫、預算間少有連結，例如水利署雖訂有各水庫之基本治理計畫，其內容是以水庫淤沙浚渫(維護水庫之有效容積)為主，與減少水庫集水區上游沙源【集水區保育(管理)、水土保持、崩塌地、林地(道路)土壤流失】、減低水庫來沙之落淤量(控制淤砂生產及其下移)、流域內污染源管制、河川生態保育(環境生態維護)等計畫缺乏適當連結機制，以致難以整體評估預算投入之關聯效益。
(二)水庫清淤僅能治標不治本，宜將防淤與排砂功能列入水庫設計時重要考量因素之一，以提升預算資源配置效率
面對政府財政日益困難，預算供給無法持續擴增，需求卻不斷擴大情況下，如何提升政府預算資源配置效率，允為現階段水資源開發利用重要課題之一。觀察水利署91-105年度水資源建設預算配置情形（詳附表4-20），其中集水與蓄水設施及水庫更新改善工程等經費達656.84億元，占總經費938.76億元之69.97％，而有關清(防)淤工程35.06億元，僅占總經費之3.73％，顯示近7成預算集中在水庫興(新)建與更新改善(維護)，此種預算資源配置之合理性，可資討論部分有二：
附表4-20：水利署水資源開發利用之設施經費表 單位：新台幣億元
年度
集水與蓄水設施
(1)
清淤防淤工程
(2)
水庫更新改善工程
(3)
區域水源調度工程
(4)
其他
(5)
水利設施
預算規模(6)=(1)+(2)+
(3)+(4) +(5)
91
29.08
0
2.00
13.60
27.15
71.83
92
24.55
0
0
17.27
13.98
55.80
93
32.00
0
1.80
4.00
5.65
43.45
94
36.50
0
4.39
4.80
13.50
59.19
95
5.55
0
33.81
9.57
18.63
67.56
96
4.95
0
35.67
3.90
1.24
45.76
97
9.00
0
34.78
15.10
0
58.88
98
12.00
0
17.07
31.93
3.44
64.44
99
15.80
0
29.25
10.31
1.43
56.79
100
16.12
0.37
73.25
4.05
2.45
96.24
101
13.51
0.20
20.60
3.26
2.22
39.79
102
23.19
2.20
22.26
0.81
1.47
49.93
103
31.90
6.83
30.03
9.67
1.44
79.87
104
18.16
13.48
29.47
11.29
2.69
75.09
105
11.26
11.98
38.89
7.15
4.86
74.14
合計
283.57
35.06
373.27
146.71
100.15
938.76
※註：1.資料來源，水利署提供。
1.水庫規劃興建時，多未將防淤與排砂功能納入考量：近年來政府雖投入大量預算在重要水庫集水區治理上，但其年平均淤砂量仍高出計畫淤砂量甚多，而大幅縮減水庫計畫壽命，以南化水庫為例，原設計總容量為1億5,441萬立方公尺，而該水庫於83年完工蓄水，至103年11月間，水庫實測有效容量僅餘9,713.4萬立方公尺，占設計總容量之62.91％，依此趨勢推估，若無有效減淤措施，30年後南化水庫將淤滿，嚴重影響用水權益；究其原因主要是水庫規劃興建時未能將強降雨氣候異常情形及陡峻山區易沖刷泥沙情況納入考量，致在水庫功能上未予積極規劃設置相關因應(應變)措施(如防洪防淤隧道)，經費配置比例顯非妥適。
2.現行排砂工程多僅能治標不治本：早期政府興建水庫往往只注重在大壩工程，後來由於石門水庫及曾文水庫壽命受到集水區淤沙之嚴重威脅，排砂工程始逐漸受到重視(如附表4-21之趨勢)，然觀察現階段所推動之各項排砂計畫，僅是治標手段，治理效果仍屬有限，以曾文水庫防淤隧道工程計畫為例，計畫完成後之排砂比增為32.17％(增加20.84％)，換算年排砂量約150萬噸，僅為該水庫年新增泥砂淤積量(年約720萬噸)之1/5，顯示目前預算配置多係針對已發生之問題加以修補，最多只能舒緩過去已經發生問題，而無法有效解決水庫淤積之源頭問題。