科專計畫之運作與管理流程概分為規劃、審查、執行、推廣等4個階段(詳圖2)，概述如次:

圖2:科專計畫運作流程圖

※註：1.資料來源，科技管理(許瓊文‧劉尚志‧蔡千姿‧龍仕璋合著)。

(一)規劃階段

透過產、官、學、研專家提出各項產業技術領域之發展策略規劃，擬定各領域之技術研發方向、重點、策略，以及各項資源之分配。

(二)審查階段

聘請產、官、學、研等各界熟悉產業技術研發及發展趨勢之專家參與技審會，針對各執行單位申請計畫進行審核，且分別就個別計畫面、領域面及整體面等三階段進行審核。

(三)執行階段

計畫核定後，由經濟部審查經費用途及編列標準，核定計畫金額，並完成簽約手續，另依規定辦理期中、期末及全程查證等，以瞭解計畫經費之運用情況，並確實瞭解研究計畫進行情形。

(四)推廣階段

研究機構應於成果完成後6個月內完成公開作業，並藉由成果彙編、成果專題報導及技術展示等，促使科專計畫研究成果有效移轉產業界。